Trama
Mentre il gruppo si trova in Colombia, il 4 novembre, l'ufficiale e vice-comandante Kazuhira Miller raggiunge Big Boss, presentandogli due ospiti inattesi che intendono parlargli. La reazione del soldato leggendario è ovviamente di diffidenza, dopo gli infelici trascorsi nell'esercito, ma acconsente ad incontrare gli sconosciuti.
È così che fa la conoscenza di Ramòn Gàlvez Mena, professore del Costa Rica, e di una sua studentessa, Paz Ortega Andrade. Gàlvez si presenta innanzi a Big Boss con una precisa richiesta: un gruppo di forze armate sconosciute ha infatti invaso il Paese del Costa Rica, e il professore ritiene che posano essere delle truppe legate alla CIA. La sua intenzione è quindi quella di ingaggiare gli MSF come vero e proprio deterrente, così da poter difendere la Costa Rica che - per costituzione - non può formare né avere un esercito. In cambio del lavoro di protezione e di indagine su quanto sta accadendo, Big Boss e i suoi uomini otterrebbero una nuova base operativa, distaccata nel bel mezzo dell'oceano, ed un elicottero che gli consenta di raggiungerla. Inoltre, lo stesso governo costaricano, seppur non ufficialmente, sarebbe disposto a fornire supporto agli MSF affinché riescano nella loro missione.
Dapprima, Big Boss si mostra estremamente titubante nell'accettare la richiesta, ma l'intervento della giovane Paz fa la differenza, quando la ragazza gli rivela il suo odio per la guerra, ed il suo eponimo desiderio di pace. Inoltre, la stessa studentessa rivela che, pochi giorni prima, era stata catturata dagli invasori del Costa Rica, mentre cercava un'amica scomparsa nei pressi di Puerto Limon, ed era stata poi torturata, prima di riuscire a scappare.
A far pressioni su Big Boss affinché accetti l'incarico è anche il vicecomandante Miller, che ritiene quella di Gàlvez un'offerta vantaggiosa ed una vera e propria occasione di crescita ed espansione per il business degli MSF. Big Boss, in realtà, teme che Gàlvez possa essere in qualche modo legato al KGB (ragione per cui nutrirebbe interesse nel cacciare la CIA dal Costa Rica), ed è quindi consapevole che schierarsi dalla sua parte significherebbe divenire ufficialmente nemico dell'America e dell'Occidente. A fronte dei suoi dubbi, Gàlvez gli rivela allora che i Sovietici intendono stabile un quartier generale in Sud America, e confessa che è stata proprio l'URSS a chiedergli di ingaggiare Big Boss per investigare sulle attività della CIA in Costa Rica. Inoltre, Paz fa udire all'ex Naked Snake un nastro registrato dalla sua amica scomparsa prima della sua cattura: sotto shock, il soldato leggendario si rende conto che, tra i rumori della foresta, emerge la voce di The Boss, che lui credeva di aver ucciso. Lo stesso Gàlvez conferma che la voce è autentica - come rivelano le analisi della traccia audio - e, quando fa per distruggere il nastro, viene fermato da Big Boss. Persuaso dalla voce della donna che lo ha reso il soldato che è, Snake decide di accettare la missione, dichiarando che "lo farò solo per la ragazzina, per Paz."
Solo sei giorni dopo, gli MSF si sono stabiliti in Costa Rica, nel loro nuovo quartier generale marino, che prenderà il nome di Mother Base. Celermente e senza troppe difficoltà, Big Boss si infiltra tra le truppe della CIA, raggiungendo una stazione radio militare: qui, interroga uno dei soldati e rinviene delle mappe degli accampamenti della CIA nella regione. Tutti gli indizi, oltre ad un inquietante mezzo volante che lo oltrepassa, alimentano il sospetto di Big Boss (e anche di Miller) che la CIA abbia introdotto in Costa Rica delle armi nucleari...
Rapidamente, il soldato leggendario raggiunge la loro ubicazione, salvando i sandinisti e la loro comandante, Amanda Valenciano Libre, dall'assalto degli invasori. Proprio la comandante conferma ufficialmente a Snake che le truppe sconosciute fanno parte delle forze CIA, e sospetta che queste ultime siano in Costa Rica per tentare un colpo di Stato simile a quello già effettuato in Cile. Inoltre, la stessa Valenciano Libre riflette con Big Boss sull'enorme presenza di tecnologie recenti negli equipaggiamenti e nelle attrezzature della CIA, che non possono essere state portate lì solo per fermare i Sandinisti: probabilmente, la CIA ha in mente ben altro che combattere semplicemente contro dei ribelli.
A questo punto, Snake e i Sandinisti vengono attaccati da dei droni volanti senza pilota, noti come Kidnapper, mentre l'inquietante mezzo aereo - già visto dall'uomo in precedenza - torna a svolazzare sopra di lui. Uno dei kidnapper riesce ad agguantare il fratello di Amanda, il piccolo Chico, e Snake e la donna non riescono ad evitare che lo porti via.
Dopo aver proseguito il suo percorso nella jungla e aver affrontato un mezzo corazzato LAV-Type G, Snake incontra nuovamente Amanda: ancora una volta, i due vengono assaltati da un kidnapper, che riesce a catturare Amanda e fa per portarla via. Snake riesce a liberarla, ma la donna precipita da un'altezza notevole e si rompe una gamba nella caduta. Ferita, la comandante rivela a Snake la posizione di una prigione nelle montagne, chiedendogli di recarcisi per liberare Chico, che molto probabilmente è prigioniero proprio in quell'area. Spinto anche dal fatto che il ragazzino conosca alla perfezione l'area di montagna dove dovrà infiltrarsi per scoprire le potenziali armi nucleari della CIA, Snake decide quindi di salvare Chico, raggiungendo l'area di Camino de Lava.
Ritrovato il fratellino di Amanda all'interno di una delle stanze-prigioni della zona, Chico rivela a Snake di aver visto un misterioso carico venire trasportato dapprima tramite una barca, poi da un treno ed infine da diversi camion, che hanno attraversato il tunnel che conduce al versante opposto del Monte Irazu.
Snake immagina che il carico, così impellentemente trasferito dalla CIA, potrebbe essere costituito da materiale nucleare, e domanda a Chico come sia l'area aldilà della montagna, non ottenendo però la risposta sperata: il ragazzino, infatti, gli rivela di non aver mai oltrepassato il Monte Irazu, adducendo come motivo il fatto che l'area sia protetta da un mostro, visto da lui con i suoi stessi occhi, noto come "el basilisco".
Infine, dopo aver rivelato a Big Boss di aver parlato, cedendo agli interrogatori della CIA, Chico chiede all'eroe leggendario di ucciderlo. La risposta di Snake, ovviamente, è negativa, e l'uomo - con un efficiente discorso - convince il ragazzino a dimostrare la sua forza divenendo finalmente un uomo. A seguito di questi eventi, Amanda Valenciano Libre e suo fratello Chico si uniscono ai MSF e si trasferiscono alla Mother Base, dove la donna potrà anche curare la gamba appena rotta.
Dopo diverse difficoltà che lo costringono a cercare un passaggio alternativo che lo conduca al versante opposto del Monte Irazu, Snake identifica in un garage di una base della CIA il camion che trasportava le testate nucleari, solo per scoprire che queste ultime sono state già trasferite. Infiltratosi nella base, Big Boss assiste allora ad un dialogo in corso tra il dottore ingegnere Huey Emmerich, costretto su una sedia a rotelle, ed il direttore della CIA assegnato alle operazioni in America Latina, Hot Coldman. Quest'ultimo dichiara di essere intenzionato a lanciare una testata nucleare sfruttando una misteriosa arma progettata dal dottor Emmerich, così da poter provare l'efficienza della teoria del deterrente nucleare, da lui caldamente sostenuta. Quando Huey rifiuta il piano di Coldman, intenzionato a tornare sulla sua poltrona di direttore della CIA con tutti gli onori del caso, l'uomo lo getta da una gradinata e lo abbandona lì, noncurante della sua disabilità.
Dopo aver assistito alla scena, Big Boss raggiunge il dottor Huey Emmerich, aiutandolo a rimettersi composto sulla sua sedia a rotelle. Il dottore, agitato, chiede all'uomo di fermare il lancio nucleare. Prima che riesca a fare qualsiasi cosa, però, Snake viene attaccato da un enorme veicolo senza pilota e comandato da IA, il Pupa, con il quale ingaggia una violenta battaglia, dalla quale uscirà però vincitore.
A seguito dello scontro, Huey rivela che il mezzo volante già visto da Snake diverse volte è in realtà un'altra arma IA da egli progettata, il Chrysalis, che - insieme al Pupa appena distrutto e al mastodontico carro armato Cocoon, costituiscono il fiore all'occhiello delle forze di attacco utilizzate dalla CIA. Inoltre, il dottor Emmerich spiega che Chrysalis, levandosi in volo, stava trasportando un'ulteriore e rivoluzionaria arma da lui costruita, nota con il nome in codice di Peace Walker: proprio su quest'ultima, la CIA ha caricato i suoi missili nucleari, preparandosi a lanciarli.
Il motivo per il quale Peace Walker venne sviluppato fu proprio per avvalorare la teoria della deterrenza: il carro armato bipede, infatti, avrebbe risposto con un lancio di rappresaglia a qualsiasi attacco e, essendo una macchina, avrebbe evitato tutte le incertezze che un umano avrebbe nello sferrare di sua spontanea volontà un attacco nucleare, conscio delle conseguenze. Le due gambe dell'arma, capace di lanciare missili stealth, sono state volute dal dottor Emmerich in persona, che le riteneva adatte allo spostamento nei territori impervi dell'America Centrale.
A fronte di questa descrizione, Snake comprende che il Peace Walker è il mostro "basilisco" del quale Chico gli aveva parlato, e nota la straordinaria somiglianza della nuova arma con il progetto "Metal Gear" del quale il dottor Aleksandr Leonovich Granin gli aveva parlato dieci anni prima.
Dapprima d'accordo con le teorie di Coldman, e successivamente convintosi che lanciare un vero attacco nucleare non sia il modo migliore di aiutare il mondo e la politica della deterrenza, Huey rivela a Snake che i missili nucleari e il Peace Walker sono diretti verso il confine del Costa Rica, con l'ultimo lancio di prova presto entro cinque giorni. L'ingegnere suggerisce anche a Snake di mettersi in contatto con la dottoressa Strangelove, che ha progettato il Pod Mammario dell'intelligenza artificiale del micidiale Peace Walker. Proprio questo pod è la parte più elevata del cervello dell'arma, ed ospita in sé le più complesse capacità decisionali. Subito dopo, Huey accetta di unirsi agli MSF e, giunto alla Mother Base, decide di cominciare i lavori per costruire una nuova arma bipede, questa volta per Big Boss e per i suoi uomini.
Mentre Snake si muove tra le antiche rovine di un tempio Maya in cerca di una scheda ID che gli consenta di accedere all'impianto delle IA, Miller scopre che il nastro con la voce di The Boss è proprio quello registrato da Cécile. Tuttavia, risulta che la francese non sia in realtà l'amica scomparsa di cui Paz aveva parlato, dal momento che le due non si erano mai incontrate prima, e in contraddizione con quanto dichiarato all'inizio dalla stessa Paz, che sosteneva che fosse stata una sua amica a registrare il nastro, profilo al quale invece Cécile - autrice della registrazione - non risponde.
Nonostante l'evidente incongruenza, Big Boss sceglie di procrastinare con Miller il momento in cui discutere della questione, e prosegue la sua infiltrazione verso l'impianto di ricerca, dove incontra anche un cavallo bianco Andaluso - della stessa specie di quello posseduto da The Boss. Poco dopo, viene fronteggiato da una donna avvolta in un impermeabile rosso, che si rivela essere la Dottoressa Strangelove. La dottoressa accusa Snake di essere venuto nell'impianto solo per distruggere il lavoro da lei svolto, e lo accusa con disprezzo dell'omicidio di The Boss, compiuto dall'eroe dieci anni prima. A causa della morte della leggendaria soldatessa, infatti, Strangelove ha perso la sua direzione ed il senso della sua vita, non trovando più le risposte che sperava di ottenere. A quel punto, ha deciso quindi di realizzare una intelligenza artificiale che riportasse in vita The Boss. È questo il suo attuale lavoro e Snake, nonostante l'odio della dottoressa nei suoi riguardi, acconsente a seguirla per scoprire di più su quanto ella conosce sul conto di The Boss.
Dopo la sua partecipazione al progetto Peace Walker, Strangelove ha chiesto in cambio alla CIA l'accesso a tutti i file più segreti del profilo di The Boss: ogni missione, nota, emozioni, tratto psicologico, tutto ciò che è dato sapere sull'eroina, è finito in mano alla dottoressa, che ha deciso di assegnare al Pod Mammario - che ora si trova proprio innanzi a lei e a Snake - proprio la personalità di The Boss, ricostruendola come intelligenza artificiale. A suo avviso, infatti, proprio una mente come quella di The Boss sarebbe l'ideale per il Peace Walker, che deve di volta in volta prendere la decisione esatta per i lanci di rappresaglia, senza mai esitare - per quanto doloroso dare via a un lancio nucleare possa essere.
Inoltre, Strangelove rivela la sua reale intenzione era quella di ripristinare il nome di The Boss nella storia, scoprendo il perché del suo tradimento, il perché della sua missione finale, il perché abbia accettato di farsi uccidere dal suo miglior discepolo. A fronte di questo discorso, Snake dichiara con rabbia di non essere interessato, e replica semplicemente appellando The Boss come "una traditrice". La voce del pod mammario - identica a quella di The Boss, e che si rivela quindi essere quella registrata inavvertitamente da Cécile - convince Snake ad introdursi nel pod stesso. L'intenzione dell'uomo, in stato confusionale e in preda alla rabbia, è quella di distruggerlo, ma la voce sintetizzata di The Boss riesce a dissuaderlo e, dopo essere tornato indietro con la memoria ai tragici eventi dell'Operazione Snake Eater, Big Boss perde i sensi, stremato.
Quando riprende conoscenza, l'eroe è stato trasportato in superficie nella base, e si trova di fronte ad uno scontro impari contro il Chrysalis, l'arma IA volante: dopo una battaglia all'ultimo sangue, Big Boss riesce ancora ad avere la meglio e, in una comunicazione codec, è costretto a sentire Miller accusarlo di non riuscire a mettersi l'anima in pace circa quanto successo dieci anni prima con The Boss. Snake cerca di dimostrare di essere in grado di scuotersi, e giura al vice-comandante che distruggerà anche il pod mammario che ha ricreato la personalità di The Boss, mettendo definitivamente fine alla questione. Inoltre, in cuor suo, l'eroe leggendario inizia a dubitare anche del Debriefing fornito da EVA al termine dell'Operazione Snake Eater, temendo che non riferisse il vero e che le intenzioni di The Boss fossero in realtà ben diverse da quanto la spia bionda gli aveva fatto credere.
Intanto, grazie all'aiuto di Huey, gli MSF riescono a localizzare la posizione finale del Peace Walker, dove è stato appena trasportato anche il pod mammario: si tratta di una base sotterranea, quindici miglia a nord rispetto all'ubicazione di Snake. Da qui, l'arma eseguirà il suo test finale, lanciando un missile nucleare.
Infiltratosi fino all'hangar dove è sito il Peace Walker, Snake si introduce nuovamente nel pod mammario, nel vano tentativo di mettersi in comunicazione con la riproduzione IA di The Boss, dimostrando ancora di non riuscire a darsi pace per il fatto di averla assassinata: quando non riesce però ad ottenere dal pod le risposte che sperava sull'Operation Snake Eater, Big Boss tenta di distruggere il pod stesso, con il solo risultato di venire scoperto ed accerchiato da Strangelove, Coldman e diverse truppe della CIA.
Coldman gli rivela che il progetto Peace Walker rientra nei piani di ristabilizzazione dell'egemonia statunitense a seguito della crisi missilistica cubana, e svela anche di essere stato il fautore e l'autore dell'Operazione Snake Eater. Perdendo il controllo e sfruttando una disattenzione, Snake tenta un attacco tramite CQC e, nella colluttazione, riesce ad impadronirsi della ID card di Strangelove, prima di essere gettato a terra e immobilizzato.
Fatto prigioniero, Snake viene rinchiuso in una cella e torturato tramite elettroshock proprio dalla dottoressa Strangelove, che vuole sapere da lui se The Boss morì davvero per il suo Paese o se era, invece, una traditrice. Il fatto che Snake rifiuti di parlare fornisce ugualmente a Strangelove le prove di cui aveva bisogno per completare la programmazione del pod mammario. Torturato fino allo svenimento, Big Boss rinviene in una cella ed utilizza la scheda ID rubata proprio a Strangelove per aprire la porta e fuggire.
Appena fuori, Snake scopre da Miller che Paz e Gàlvez sembrano essere scomparsi e che non riesce in alcun modo a contattarli. Sospettando che la sparizione possa essere dovuta alla follia e alla spietatezza di Coldman, Snake torna all'hangar del Peace Walker e lì incontra proprio il direttore, che tiene prigioniera Paz.
Coldman rivela a Snake che il pod mammario è stato finalmente completato - proprio grazie al suo interrogatorio - e con soddisfazione gli riferisce anche che il primo bersaglio del lancio nucleare del Peace Walker sarà la Mother Base, sede dei MSF. Il vento presente in quell'area dei Caraibi favorirà la diffusione del fallout nucleare, portando alla morte di tutti gli animali e delle piante circostanti nella regione, e liberando quindi ulteriore manodopera che possa mettersi al lavoro sulla produzione in massa del Peace Walker. Mentre l'enorme carro armato bipede nucleare si attiva e comincia a muoversi, Coldman riesce a dileguarsi con Paz.
Snake ingaggia un violento scontro con il Peace Walker cercando di attaccare e distruggere il pod mammario dell'IA, ma - quando i danni per l'arma cominciano ad essere ingenti - Coldman la attacca a bordo di un Hind D: il Peace Walker, sentendosi minacciato, cambia il suo obiettivo da Snake a Coldman, e comincia a seguirlo. In questo modo, il direttore sa che il carro armato sarò troppo veloce perché Snake possa recuperare terreno e, facendosi inseguire, lo porta letteralmente via.
Big Boss si lancia nella disperata rincorsa a bordo del cavallo di The Boss, ma - arrivato al ripido confine con il Nicaragua - il cavallo, stremato, perde le forze e frana a terra, ferendosi gravemente. Snake è costretto a finirlo per non farlo soffrire. Liberato l'animale delle sue fatiche, Snake scala il confine con le sue sole forze, per vedere dall'alto il Peace Walker che attraversa il Rio San Juan.
Snake e Miller comprendono che Coldman ha rapito Paz per ricattarli e tenerli fuori dall'affare Peace Walker e - considerando che la ragazza è in qualche modo legata al KGB tramite Gàlvez - vorrà probabilmente interrogarla sui piani dell'Unione Sovietica per far fronte all'esistenza del carro armato nucleare.
In questa inattesa situazione di confusione, Snake e gli MSF trovano nuovamente aiuto nei Sandinisti di Amanda, che riescono a rintracciare ancora la posizione del peace Walker: l'arma concepita da Huey e Strangelove è stata infatti portata in una base americana nei pressi del Lago Cocibolca. Grazie alle informazioni procurate da Huey, inoltre, gli MSF scoprono che il Peace Walker è ormai davvero pronto al lancio nucleare: Coldman conta di detonare la prima testata entro due giorni, utilizzando proprio il distaccamento statunitense come base. La data precisa del lancio, secondo i suoi piani, coinciderebbe precisamente con quella della discussione del trattato SALT II tra Sovietici e USA: nella riunione presso Vladivostok, i rappresentanti di entrambi i Paesi saranno impegnati a discutere la riduzione delle armi strategiche, e il contemporaneo verificarsi di un lancio inatteso da un base americana complicherebbe non poco le negoziazioni. A meno che, ovviamente, Coldman non voglia usare l'arma come asso nella manica per gli USA, piegano l'URSS alla sua volontà...
All'interno della stessa base, però, Snake sbatte la faccia su un'amara sorpresa: per quanto la base fosse americana, infatti, le truppe che la sorvegliano sono inconfondibilmente sovietiche. Non riuscendo a comprenderne il motivo, il soldato leggendario avanza fino a quando non riviene un monitor che trasmette l'immagine in tempo reale di Paz: la ragazza avverte Snake del fatto che Coldman si è già recato alla torre di comunicazione per immettere la sequenza di lancio. Non avendo più tempo a disposizione, Snake deve muoversi immediatamente per fermarlo, ma l'allarme risuona lungo l'intera base: le sirene assordanti accompagnano la discesa in campo delle forze più pesanti delle squadre d'assalto sovietiche, e Big Boss - per raggiungere la torre di comunicazione - deve farsi largo tra truppe nemiche e addirittura contro un Hind D che sorvegliava il tetto dell'edificio.
Quando Snake raggiunge la torre, ci trova dentro Coldman e Paz, e viene circondato dalle truppe sovietiche. L'uomo della CIA gli rivela che è arrivato troppo tardi, dal momento che ha già immesso nel Peace Walker i dati di un falso attacco dei Sovietici contro gli USA: in questo modo, rilevando la minaccia, il carro armato bipede risponderà con un vero lancio nucleare, scegliendo il bersaglio ottimale tra una lista precedentemente immessa nella macchina. I dati di questa lista sono stati modificati in maniera tale che il Peace Walker scelga necesariamente di colpire la Mother Base degli MSF.
Grazie a questo lancio dimostrativo, secondo Coldman, terminerà il terrore nucleare: tutti si renderanno conto che una macchina come il Peace Walker non ha esitazione nel lanciare un contro-attacco nucleare e - per evitare quindi di condannarsi a morte - faranno a meno di utilizzare i missili atomici per nuocere ai loro nemici. In questo modo, precisa Coldman, "arriveremo alla vera pace".
Tramite una valigetta ammanettata al suo polso, Coldman si prepara ad inserire gli ultimi dati utili per il lancio, quando compare sulla scena il professor Gàlvez. Solo a quel punto, Snake e Paz si rendono conto che quest'ultimo è sempre stato dalla parte di Coldman: il professore, il cui vero nome è Vladimir Alexandrovich Zadornov, annuncia però il suo successo nell'occupare la base USA con le sue truppe, rivelando che il suo piano era - fin dall'inizio - prendere possesso del Peace Walker, raggirando Coldman. La sua idea è quella di lanciare un missile nucleare contro Cuba, facendolo partire proprio dalla base americana: in questo modo, il mondo assisterebbe ad una testata lanciata dagli USA contro un regime pro-americano che capeggia però un Paese profondamente concorde con l'URSS. Una simile mossa scatenerebbe sentimenti anti-americani in tutto il Sud America, causando una frattura insanabile ed uno sbilanciamento delle simpatie nettamente in favore dell'URSS, che potrebbe così vincere senza troppe difficoltà la Guerra Fredda.
Zadornov mette in mano a Paz una pistola e le ordina di uccidere Coldman: davanti all'esitazione della ragazza - che non si sblocca nemmeno al ricordo delle torture subite - è lui stesso a premere il grilletto dell'arma che lei tiene tra le mani, scaricando due colpi non mortali contro il petto dell'americano. Ferito e terrorizzato, Coldman sottostà alle richieste di Zadornov ed inserisce il dischetto richiesto all'interno del computer che sta nella valigetta legata al suo polso. Zadornov costringe Strangelove a modificare la sequenza di lancio, impostando Cuba come target, ed infine si rivolge a Snake, riferendogli che morirà ufficialmente per mano della CIA, proprio come accadde a Ernesto "Che" Guevara. La morte di un simile eroe per mano americana non farà che diffondere ulteriormente sentimenti anti-americani nei ribelli, che finiranno col rovesciare il regime pro-americano e spianeranno ulteriormente la strada alla vittoria dell'URSS.
Quando Zadornov si prepara ad uccidere Snake, le truppe riordinate da Master, con forze congiunte degli MSF e dei FSLN, fanno irruzione nella stanza, ingaggiando uno scontro vitorioso contro le truppe sovietiche. Amanda ha la meglio su Zadornov e lo costringe in ginocchio e, proclamando la vittoria per il fatto che i Sandinisti sono riusciti a tornare in Nicaragua, dichiara che essi non hanno più intenzione di essere marionette del KGB, mentre le sue truppe, cantando, inneggiando a "Vic Boss!".
Bloccati sia Coldman che Zadornov, gli MSF si preparano a rientrare alla base - trasportando i due prigionieri su un elicottero. Mentre si prepara a sua volta a partire, Snake viene fermato da Strangelove, che si scusa con lui per averlo torturato e gli spiega che tutto ciò che voleva era riportare in vita, in qualche modo, The Boss, ricreandola come intelligenza artificiale.
Mentre, sull'elicottero di rientro alla Mother Base, Master e Paz sono impegnati a parlare, il ferito ma ancora vivo Coldman riesce a completare l'immissione dei dati per il lancio nella sua valigetta, attivando definitivamente il Peace Walker. Il lancio, però, era stato già impostato non più per la Mother Base, ma per Cuba. Coldman ride insanamente mentre il Peace Walker si prepara a sferrare l'attacco nucleare, rivelando che i falsi dati dell'attacco nucleare da parte dell'URSS - al quale il Peace Walker crede di rispondere, ma che in realtà è solo virtuale, generato al computer - saranno inviati contemporaneamente anche al NORAD, il Comando di Difesa Aerospaziale del Nord-America, che potrebbe quindi decidere di lanciare una testata di rappresaglia - vera - per rispondere al falso attacco URSS orchestrato da Coldman. I dati del falso attacco sono infatti indistinguibili da quelli di uno reale, e Washington potrebbe seriamente decidere di sferrare un lancio nucleare di rappresaglia per difendersi. Non rendendosi conto di questo rischio, Coldman dichiara che semplicemente - in quanto umani - gli uomini di Washington non saranno in grado di prendere una simile decisione, mentre il Peace Walker non avrà problemi a rispondere all'attacco: proprio questo - la capacità di prendere sempre la decisione migliore, senza farsi influenzare dalle emozioni - rende il carro armato bipede il perfetto deterrente nucleare.
Ricevuti i dati di minaccia dal NORAD, gli uomini alla Casa Bianca si vedono costretti ad agire in assenza del Presidente - impegnato nelle discussioni per START II - e decidono di entrare nello stato di allerta DEFCON 3, il massimo consentito in tempi di pace. Miller spiega disperatamente la situazione a Coldman, cercando di convincerlo ad inserire la sequenza di blocco del lancio, ma l'uomo rimane fermo nella sua volontà, dichiarando che - alla fine - Washington non avrà il coraggio di sferrare un lancio di rappresaglia, al contrario del Peace Walker. Infine, salutando il mondo con la V della vittoria replicata con l'indice ed il medio, e sussurrando la parola "pace", Coldman muore dissanguato per le ferite riportate, portando via con sé, per sempre, il codice di blocco del lancio nucleare.
Snake ingaggia uno scontro impari contro il Peace Walker, cercando di distruggerlo prima che lanci su Cuba, e - colpendolo - riesce a distogliere la sua attenzione dal lancio, poiché il carro armato si concentra prima sulla minaccia più vicina, ovvero Snake. Al termine dello scontro, il Pod risulta gravemente danneggiato e il Peace Walker rimane innocuo al suolo, ma i danni da esso riportati non riescono a bloccare la trasmissione dei dati del falso lancio nucleare da parte dell'URSS. Anzi, ricevendo la conferma da parte del NOARD che 1500 missili ICBM (in realtà solo virtuali) stanno attraversando il Polo Nord nel tentativo di colpire la Costa Occidentale USA, la Casa Bianca ordina di passare al livello di emergenza critico DEFCON 2 e si prepara a contro-colpire l'Unione Sovietica, caricando a sua volta i suoi missili ICBM.
Disperato, Snake scopre da Huey che il pod mammario è così resistente da poter resistere ad un attacco nucleare, e che non c'è quindi modo di distruggerlo e di fermare la trasmissione dei dati del falso lancio che esso sta comunicando al NORAD. L'unica soluzione che i due uomini riescono a escogitare è far cadere il carro armato nel lago, in maniera tale che il contatto con l'acqua danneggi i sensori dell'IA, e che la pressione delle profondità faccia il resto. Tuttavia, Snake, Master e Huey si chiedono come potrebbero mai riuscire a spingere in acqua un colosso di rottami come il Peace Walker. Nello stesso momento, a Washington, i membri del quartier generale non riescono a mettersi in contatto con il Presidente, e decidono di loro iniziativa di effettuare il lancio di rappresaglia contro l'URSS.
Disperato, Big Boss chiede ad Huey di metterlo in contatto direttamente con la Casa Bianca: qui riesce a comunicare via radio con il direttore delle operazioni, al quale rivela di essere Big Boss in persona, e per provare la sua identità racconta del debriefing segreto avuto con l'ex presidente Johnson al termine dell'Operazione Snake Eater, quando il soldato leggendario ricevette la medaglia ed il titolo per aver ucciso The Boss. Il direttore delle operazioni attualmente in essere, infatti, era presente alla cerimonia, e non può che ammettere di stare realmente parlando con Big Boss, a fronte di quel racconto così dettagliato. Confermata la sua identità, l'eroe leggendario chiede subito di annullare il lancio di rappresaglia, poiché i missili ICMB URSS che gli Stati Uniti vedono arrivare sono in realtà dei falsi, semplicemente simulati dall'IA del Peace Walker.
Non potendo far altro che fidarsi di un eroe come Big Boss, il direttore comunica al suo staff di annullare il lancio di rappresaglia, ma alcuni suoi collaboratori disobbediscono all'ordine e, ponendolo sotto la minaccia delle armi, dichiarano che non saranno certo loro a lasciare senza fare nulla che i missili URSS distruggano gli Stati Uniti d'America e le loro famiglie. Pertanto, il direttore non riesce a fermare il lancio a causa dell'insubordinazione dei suoi collaboratori.
La situazione è disperata e non ci sono più spiragli di speranza. Gli USA sferreranno un attacco nucleare all'ignara URSS, accusata di un lancio che non ha mai compiuto, che si vedrà a sua volta costretta a rispondere con un attacco atomico di rappresaglia contro gli Stati Uniti.
Improvvisamente, il pod mammario del Peace Walker si apre spontaneamente, consentendo a Snake di accedere al suo interno e di cercare di rimuovere tutte le schede di memoria per disattivarlo e far cessare quindi la trasmissione dei dati del falso lancio contro la Cota Occidentale USA. Purtroppo, però, la strategia non si rivela vincente, dal momento che probabilmente il pod rettile ha preso a trasmettere lui i dati del falso lancio.
Non potendo più fare nulla per evitare il disastro nucleare, il pod mammario, modellato sulla personalità e la volontà di The Boss, fa alzare il Peace Walker sui suoi passi e, cantando con la voce della leggendaria eroina la canzone "Sing" dei The Carpenter, l'enorme carro armato di getta di sua spontanea volontà nel lago attiguo all'area in cui è avvenuto lo scontro con Snake, cortocircuitandosi volontariamente per fermare la trasmissione dei dati del falso lancio.
Stupefatta insieme a Big Boss, Strangelove comprende che il Peace Walker ha eseguito la volontà che anche The Boss avrebbe avuto di evitare il disastro nucleare. Perfetto clone della donna che l'ha ispirato, il pod mammario ha quindi evitato spontaneamente l'apocalisse atomica.
Finalmente, il NORAD cessa di ricevere il segnale di tracciamento dei missili ICBM sovietici e, sui suoi radar, l'ubicazione delle bombe atomiche viene rimpiazzata dal simbolo della Pace. Comprendendo che Big Boss aveva quindi ragione, la Casa Bianca annulla il lancio di rappresaglia contro l'URSS, evitando la guerra nucleare.
Miller dice a Snake che la volontà manifestata dal pod mammario, modellato su quella di The Boss, rivela definitivamente l'innocenza della leggendaria eroina nell'Operazione Snake Eater. Strangelove comprende a quel punto che, dopo essere stata nello spazio, The Boss ha potuto conoscere una bellezza che stava al di fuori dalla guerra, la bellezza del mondo, ed ha cominciato a cantare così che tutti potessero sentirla. Il suo desiderio, di smettere di combattere e di avere la pace, ha avuto in dono anche la sua stessa vita per poter essere compiuto, e la sua volontà continua a sopravvivere innanzi a qualsiasi cosa.
Snake, dopo aver salutato per l'ultima volta The Boss, rimuove dalla sua fronte la bandana che le aveva strappato dieci anni prima, durante la Missione Virtuosa, e lascia che il vento gliela porti via di mano, trascinandola con il suo soffiare.
Parlando con Kaz, Big Boss svela all'amico di aver trovato finalmente il suo senso, e di voler vivere la sua vita diversamente rispetto a quanto fatto da The Boss. L'eroe sente che l'eroina ha in qualche modo tradito lui e tutto ciò che lei ha fatto come soldato, accettando semplicemente di abbassare le armi e di morire per il suo Paese. Con questa nuova consapevolezza, l'eroe leggendario chiede finalmente di essere chiamato da tutti, per sempre, non più Snake, ma
BIG BOSS. Un titolo conquistato con esperienza e con dolore. Un titolo che rappresenterà per sempre la sua volontà ed i suoi intenti, forse ancora più determinati di quelli di The Boss. Sicuramente, non meno umani.
Nell'attesa che il mondo, un giorno, possa finalmente conoscere la Pace.
Mentre la vita sulla Mother Base prosegue, Zadornov riesce misteriosamente a scappare dalla sua cella per ben sei volte. Big Boss lo localizza e lo recupera puntualmente, ma - quando il sovietico riesce a fuggire addirittura per la settima volta - il leader dei MSF inizia ad insospettirsi. Messosi sulle tracce di Zadornov, questa volta lo ritrova nascosto all'interno del poligono della Mother Base e, quando il sovietico fa per attaccarlo, Big Boss si vede costretto a sparargli per difendersi e lo uccide. Zadornov muore dicendo al leader dei MSF di essere riuscito a completare la sua missione - una missione di cui Big Boss non sa nulla, quando Kaz lancia l'allarme, avvertendo che il Metal Gear ZEKE ha cominciato a muoversi dal suo hangar e sta emergendo in superficie, in cima alle piattaforme della Mother Base, senza che nessuno gli abbia chiesto di farlo.
Big Boss si lascia alle spalle il corpo di Zadornov e raggiunge di corsa l'area in cui il Metal Gear ZEKE si è diretto, solo per scoprire che, a controllarlo, è Paz. Quando Miller cerca di bloccare l'enorme arma, scopre che i controlli remoti non funzionano più. Soddisfatta, Paz rivela di aver modificato gli assetti dello ZEKE mentre i MSF erano impegnati a ricercare Zadornov dopo le sue innumerevoli fughe, e per questo motivo non è più possibile controllarlo in maniera remota. Davanti ad un incredulo Big Boss, Paz annuncia di essere pronta a riportare lo ZEKE "ai suoi proprietari, a Cipher", e rivela di chiamarsi in realtà Pacifica Ocean. Il suo ruolo di ragazzina ambasciatrice della pace era semplicemente una montatura, e Pacifica afferma che presto compirà la sua missione, il vero Progetto Peace Walker. Con una lingua al veleno, la ragazza accusa anche Big Boss di aver preso la decisione sbagliata quando, due anni prima, abbandonò Zero, suo ex comandante presso la FOX Unit, formando i MSF. Dopo la morte di The Boss, i due amici e commilitoni hanno affrontato in modo diverso il dolore e - dopo aver scelto di ereditare in maniera diversa la volontà di The Boss - si sono separati, divenendo rivali.
Pacifica invita Big Bos ad unirsi a Cipher e a seguire la sua volontà: l'agenzia della quale parla, infatti, si è portata avanti e vuole riunire sotto al suo nome tutte le altre agenzie di intelligence esistenti. L'intento finale è quello di radunare in sé tutte le informazioni possibili, ed utilizzarle per guidare il mondo e le persone che lo compongono, che rimarrebbero ovviamente ignare del progetto in essere. Grazie a questo controllo totale, finalmente, il mondo potrebbe conoscere l'illusione della pace, nascerebbe un mondo senza più confini, realizzando finalmente quella che, secondo Cipher, era la vera volontà di The Boss. Qualora gli MSF decidessero di obbedire a Cipher, potrebbero fare da deterrente contro le forze nemiche del nuovo ordine mondiale da costituire, sopratutto grazie alla leggendaria e influente figura di Big Boss.
La proposta di Pacifica e di Cipher è chiara: obbedire a questi ultimi nella formazione del nuovo ordine mondiale, mantenendo il controllo dell'intera squadra MSF e del Metal Gear ZEKE. Non lasciandosi incantare dalle parole di Pacifica, che lo accusa di non essere in grado di fare ciò che The Boss fece, Big Boss rifiuta l'offerta. A quel punto, Pacifica tenta di lanciare una testata conto la Costa Orientale USA, così che gli MSF possano essere accusati di estremismo e quindi distrutti dalle autorità competenti. Big Boss non si lascia però impressionare e, ingaggiato lo scontro con lo ZEKE, lo distrugge prima che Pacifica riesca a fare qualsiasi cosa.
L'esplosione dell'enorme arma scaraventa Pacifica - che dichiara anche di odiare il suo nome, legato all'idea di pace - nell'oceano, e i MSF non riescono a rinvenirne il corpo, ingoiato dalle acque. Gli uomini di Big Boss recuperano i resti dello ZEKE, che viene rimesso in piedi e ristabilito grazie al lavoro di Huey e Strangelove, che sembrano aver finalmente trovato un'intesa nonostante dei dissapori avuti in passato.
Poche ore dopo la battaglia e la distruzione dello ZEKE, Kazuhira Miller decide di parlare francamente con Big Boss, e gli rivela che aveva scoperto da tempo gli intenti e la vera identità di Paz, oltre al fatto che Cipher corrispondesse a Major Zero: quest'ultimo ha infatti appoggiato i MSF fin dall'inizio, consentendogli di espandersi, per poi chiedergli di allearsi tramite Pacifica e fungere da deterrente per i suoi scopi.
Big Boss lo guarda con rabbia ma non ha reazioni violente contro il suo vice, che pure non è stato sincero con lui. Successivamente, Kaz riflette con Snake sul fatto che l'azione in Costa Rica dei MSF ha cambiato per sempre il modo di concepire le operazioni mlitari. Inoltre, lo stesso Kaz ritiene che, non appena la Guerra Fredda terminerà, nessuno avrà più bisogno di chiedere il loro aiuto di mercenari, con l'estinguersi dei conflitti locali. Big Boss non presta troppa attenzione al suo discorso, dichiarando semplicemente che, poiché i MSF hanno un potenziale di fuoco e di battaglia estremamente notevole, è possibile che presto qualcuno cerchi di eliminarli per ristabilire gli ordini di potenza militare mondiali. A suo modo di vedere, inoltre, lo scopo dei MSF rimane quello di operare militarmente al di fuori di qualsiasi società.
Big Boss parla ai suoi uomini tramite un microfono, arringando le truppe, al termine definitivo della crisi nucleare del Costa Rica. Il carismatico leader annuncia che i Militaires Sans Frontières opereranno ancora per chi avrà bisogno di loro, senza piegarsi a nessuna nazione o ideologia. Molto presto, anche loro, avranno un luogo in cui stare.
Un luogo al quale appartenere.
Una nazione chiamata OUTER HEAVEN.
UN ESERCITO SENZA CONFINI
Anno 1974. Lasciate definitivamente le Forze Armate degli Stati Uniti, il leggendario soldato Big Boss ha formato la sua truppa, i Militaires Sans Frontières, che combattono sotto al suo comando e passano le loro giornate ad addestrarsi in attesa di entrare in azione.Mentre il gruppo si trova in Colombia, il 4 novembre, l'ufficiale e vice-comandante Kazuhira Miller raggiunge Big Boss, presentandogli due ospiti inattesi che intendono parlargli. La reazione del soldato leggendario è ovviamente di diffidenza, dopo gli infelici trascorsi nell'esercito, ma acconsente ad incontrare gli sconosciuti.
È così che fa la conoscenza di Ramòn Gàlvez Mena, professore del Costa Rica, e di una sua studentessa, Paz Ortega Andrade. Gàlvez si presenta innanzi a Big Boss con una precisa richiesta: un gruppo di forze armate sconosciute ha infatti invaso il Paese del Costa Rica, e il professore ritiene che posano essere delle truppe legate alla CIA. La sua intenzione è quindi quella di ingaggiare gli MSF come vero e proprio deterrente, così da poter difendere la Costa Rica che - per costituzione - non può formare né avere un esercito. In cambio del lavoro di protezione e di indagine su quanto sta accadendo, Big Boss e i suoi uomini otterrebbero una nuova base operativa, distaccata nel bel mezzo dell'oceano, ed un elicottero che gli consenta di raggiungerla. Inoltre, lo stesso governo costaricano, seppur non ufficialmente, sarebbe disposto a fornire supporto agli MSF affinché riescano nella loro missione.
A far pressioni su Big Boss affinché accetti l'incarico è anche il vicecomandante Miller, che ritiene quella di Gàlvez un'offerta vantaggiosa ed una vera e propria occasione di crescita ed espansione per il business degli MSF. Big Boss, in realtà, teme che Gàlvez possa essere in qualche modo legato al KGB (ragione per cui nutrirebbe interesse nel cacciare la CIA dal Costa Rica), ed è quindi consapevole che schierarsi dalla sua parte significherebbe divenire ufficialmente nemico dell'America e dell'Occidente. A fronte dei suoi dubbi, Gàlvez gli rivela allora che i Sovietici intendono stabile un quartier generale in Sud America, e confessa che è stata proprio l'URSS a chiedergli di ingaggiare Big Boss per investigare sulle attività della CIA in Costa Rica. Inoltre, Paz fa udire all'ex Naked Snake un nastro registrato dalla sua amica scomparsa prima della sua cattura: sotto shock, il soldato leggendario si rende conto che, tra i rumori della foresta, emerge la voce di The Boss, che lui credeva di aver ucciso. Lo stesso Gàlvez conferma che la voce è autentica - come rivelano le analisi della traccia audio - e, quando fa per distruggere il nastro, viene fermato da Big Boss. Persuaso dalla voce della donna che lo ha reso il soldato che è, Snake decide di accettare la missione, dichiarando che "lo farò solo per la ragazzina, per Paz."
UN PAESE SENZA UN ESERCITO
Per riuscire a prendere tutti i contatti necessari con il territorio per indagare al meglio sulle attività della CIA, Miller suggerisce a Big Boss di entrare in contatti con i guerriglieri Sandinisti che popolano la regione in cui gli MSF stanno operando, dopo essere fuggiti dal regime di Somoza in Nicaragua. Intanto, Paz comincia ad offrire il suo supporto via radio alle truppe di Big Boss, mentre Miller scopre che in Sandinisti sono sotto attacco.Rapidamente, il soldato leggendario raggiunge la loro ubicazione, salvando i sandinisti e la loro comandante, Amanda Valenciano Libre, dall'assalto degli invasori. Proprio la comandante conferma ufficialmente a Snake che le truppe sconosciute fanno parte delle forze CIA, e sospetta che queste ultime siano in Costa Rica per tentare un colpo di Stato simile a quello già effettuato in Cile. Inoltre, la stessa Valenciano Libre riflette con Big Boss sull'enorme presenza di tecnologie recenti negli equipaggiamenti e nelle attrezzature della CIA, che non possono essere state portate lì solo per fermare i Sandinisti: probabilmente, la CIA ha in mente ben altro che combattere semplicemente contro dei ribelli.
A questo punto, Snake e i Sandinisti vengono attaccati da dei droni volanti senza pilota, noti come Kidnapper, mentre l'inquietante mezzo aereo - già visto dall'uomo in precedenza - torna a svolazzare sopra di lui. Uno dei kidnapper riesce ad agguantare il fratello di Amanda, il piccolo Chico, e Snake e la donna non riescono ad evitare che lo porti via.
Dopo aver proseguito il suo percorso nella jungla e aver affrontato un mezzo corazzato LAV-Type G, Snake incontra nuovamente Amanda: ancora una volta, i due vengono assaltati da un kidnapper, che riesce a catturare Amanda e fa per portarla via. Snake riesce a liberarla, ma la donna precipita da un'altezza notevole e si rompe una gamba nella caduta. Ferita, la comandante rivela a Snake la posizione di una prigione nelle montagne, chiedendogli di recarcisi per liberare Chico, che molto probabilmente è prigioniero proprio in quell'area. Spinto anche dal fatto che il ragazzino conosca alla perfezione l'area di montagna dove dovrà infiltrarsi per scoprire le potenziali armi nucleari della CIA, Snake decide quindi di salvare Chico, raggiungendo l'area di Camino de Lava.
Ritrovato il fratellino di Amanda all'interno di una delle stanze-prigioni della zona, Chico rivela a Snake di aver visto un misterioso carico venire trasportato dapprima tramite una barca, poi da un treno ed infine da diversi camion, che hanno attraversato il tunnel che conduce al versante opposto del Monte Irazu.
Snake immagina che il carico, così impellentemente trasferito dalla CIA, potrebbe essere costituito da materiale nucleare, e domanda a Chico come sia l'area aldilà della montagna, non ottenendo però la risposta sperata: il ragazzino, infatti, gli rivela di non aver mai oltrepassato il Monte Irazu, adducendo come motivo il fatto che l'area sia protetta da un mostro, visto da lui con i suoi stessi occhi, noto come "el basilisco".
Infine, dopo aver rivelato a Big Boss di aver parlato, cedendo agli interrogatori della CIA, Chico chiede all'eroe leggendario di ucciderlo. La risposta di Snake, ovviamente, è negativa, e l'uomo - con un efficiente discorso - convince il ragazzino a dimostrare la sua forza divenendo finalmente un uomo. A seguito di questi eventi, Amanda Valenciano Libre e suo fratello Chico si uniscono ai MSF e si trasferiscono alla Mother Base, dove la donna potrà anche curare la gamba appena rotta.
Dopo aver assistito alla scena, Big Boss raggiunge il dottor Huey Emmerich, aiutandolo a rimettersi composto sulla sua sedia a rotelle. Il dottore, agitato, chiede all'uomo di fermare il lancio nucleare. Prima che riesca a fare qualsiasi cosa, però, Snake viene attaccato da un enorme veicolo senza pilota e comandato da IA, il Pupa, con il quale ingaggia una violenta battaglia, dalla quale uscirà però vincitore.
A seguito dello scontro, Huey rivela che il mezzo volante già visto da Snake diverse volte è in realtà un'altra arma IA da egli progettata, il Chrysalis, che - insieme al Pupa appena distrutto e al mastodontico carro armato Cocoon, costituiscono il fiore all'occhiello delle forze di attacco utilizzate dalla CIA. Inoltre, il dottor Emmerich spiega che Chrysalis, levandosi in volo, stava trasportando un'ulteriore e rivoluzionaria arma da lui costruita, nota con il nome in codice di Peace Walker: proprio su quest'ultima, la CIA ha caricato i suoi missili nucleari, preparandosi a lanciarli.
A fronte di questa descrizione, Snake comprende che il Peace Walker è il mostro "basilisco" del quale Chico gli aveva parlato, e nota la straordinaria somiglianza della nuova arma con il progetto "Metal Gear" del quale il dottor Aleksandr Leonovich Granin gli aveva parlato dieci anni prima.
Dapprima d'accordo con le teorie di Coldman, e successivamente convintosi che lanciare un vero attacco nucleare non sia il modo migliore di aiutare il mondo e la politica della deterrenza, Huey rivela a Snake che i missili nucleari e il Peace Walker sono diretti verso il confine del Costa Rica, con l'ultimo lancio di prova presto entro cinque giorni. L'ingegnere suggerisce anche a Snake di mettersi in contatto con la dottoressa Strangelove, che ha progettato il Pod Mammario dell'intelligenza artificiale del micidiale Peace Walker. Proprio questo pod è la parte più elevata del cervello dell'arma, ed ospita in sé le più complesse capacità decisionali. Subito dopo, Huey accetta di unirsi agli MSF e, giunto alla Mother Base, decide di cominciare i lavori per costruire una nuova arma bipede, questa volta per Big Boss e per i suoi uomini.
L'EROE FANTASMA
Mentre cerca di raggiungere la struttura dove sono state progettate le IA, il 19 novembre, Snake incontra una donna da sola nella foresta, che dichiara di essere un'ornitologa francese. Cécile Cosima Caminades, questo il suo nome, viene soccorsa da Big Boss, e gli rivela di essere stata lei a registrare, per errore, il nastro in cui l'uomo ha udito, oltre a quella di un'altra donna, anche la voce di The Boss. Il suo intento era, in realtà, quello del registrare il verso del quetzal, che abita proprio nell'America Centrale. Subito dopo aver eseguito l'accidentale registrazione, Cécile è stata catturata, legata, bendata e condotta in un luogo sconosciuto, dove una donna - l'altra voce misteriosa della registrazione - si è presa cura di lei. Appena tornata in forze, la francese è riuscita a liberarsi e a fuggire, rubando una scheda ID che le ha aperto l'uscita. Di lì in poi, si è smarrita nella jungla e, esausta, è stata infine ritrovata da Snake. L'eroe capisce che la ragazza deve essere l'amica scomparsa di cui Paz gli aveva parlato, e la fa trasportare quindi alla Mother Base, dove potrà ricevere le cure del caso e decidere se trattenersi e collaborare con gli MSF, o se preferisce invece tornare finalmente a casa.Mentre Snake si muove tra le antiche rovine di un tempio Maya in cerca di una scheda ID che gli consenta di accedere all'impianto delle IA, Miller scopre che il nastro con la voce di The Boss è proprio quello registrato da Cécile. Tuttavia, risulta che la francese non sia in realtà l'amica scomparsa di cui Paz aveva parlato, dal momento che le due non si erano mai incontrate prima, e in contraddizione con quanto dichiarato all'inizio dalla stessa Paz, che sosteneva che fosse stata una sua amica a registrare il nastro, profilo al quale invece Cécile - autrice della registrazione - non risponde.
Nonostante l'evidente incongruenza, Big Boss sceglie di procrastinare con Miller il momento in cui discutere della questione, e prosegue la sua infiltrazione verso l'impianto di ricerca, dove incontra anche un cavallo bianco Andaluso - della stessa specie di quello posseduto da The Boss. Poco dopo, viene fronteggiato da una donna avvolta in un impermeabile rosso, che si rivela essere la Dottoressa Strangelove. La dottoressa accusa Snake di essere venuto nell'impianto solo per distruggere il lavoro da lei svolto, e lo accusa con disprezzo dell'omicidio di The Boss, compiuto dall'eroe dieci anni prima. A causa della morte della leggendaria soldatessa, infatti, Strangelove ha perso la sua direzione ed il senso della sua vita, non trovando più le risposte che sperava di ottenere. A quel punto, ha deciso quindi di realizzare una intelligenza artificiale che riportasse in vita The Boss. È questo il suo attuale lavoro e Snake, nonostante l'odio della dottoressa nei suoi riguardi, acconsente a seguirla per scoprire di più su quanto ella conosce sul conto di The Boss.
Dopo la sua partecipazione al progetto Peace Walker, Strangelove ha chiesto in cambio alla CIA l'accesso a tutti i file più segreti del profilo di The Boss: ogni missione, nota, emozioni, tratto psicologico, tutto ciò che è dato sapere sull'eroina, è finito in mano alla dottoressa, che ha deciso di assegnare al Pod Mammario - che ora si trova proprio innanzi a lei e a Snake - proprio la personalità di The Boss, ricostruendola come intelligenza artificiale. A suo avviso, infatti, proprio una mente come quella di The Boss sarebbe l'ideale per il Peace Walker, che deve di volta in volta prendere la decisione esatta per i lanci di rappresaglia, senza mai esitare - per quanto doloroso dare via a un lancio nucleare possa essere.
Inoltre, Strangelove rivela la sua reale intenzione era quella di ripristinare il nome di The Boss nella storia, scoprendo il perché del suo tradimento, il perché della sua missione finale, il perché abbia accettato di farsi uccidere dal suo miglior discepolo. A fronte di questo discorso, Snake dichiara con rabbia di non essere interessato, e replica semplicemente appellando The Boss come "una traditrice". La voce del pod mammario - identica a quella di The Boss, e che si rivela quindi essere quella registrata inavvertitamente da Cécile - convince Snake ad introdursi nel pod stesso. L'intenzione dell'uomo, in stato confusionale e in preda alla rabbia, è quella di distruggerlo, ma la voce sintetizzata di The Boss riesce a dissuaderlo e, dopo essere tornato indietro con la memoria ai tragici eventi dell'Operazione Snake Eater, Big Boss perde i sensi, stremato.
Quando riprende conoscenza, l'eroe è stato trasportato in superficie nella base, e si trova di fronte ad uno scontro impari contro il Chrysalis, l'arma IA volante: dopo una battaglia all'ultimo sangue, Big Boss riesce ancora ad avere la meglio e, in una comunicazione codec, è costretto a sentire Miller accusarlo di non riuscire a mettersi l'anima in pace circa quanto successo dieci anni prima con The Boss. Snake cerca di dimostrare di essere in grado di scuotersi, e giura al vice-comandante che distruggerà anche il pod mammario che ha ricreato la personalità di The Boss, mettendo definitivamente fine alla questione. Inoltre, in cuor suo, l'eroe leggendario inizia a dubitare anche del Debriefing fornito da EVA al termine dell'Operazione Snake Eater, temendo che non riferisse il vero e che le intenzioni di The Boss fossero in realtà ben diverse da quanto la spia bionda gli aveva fatto credere.
LA RINASCITA DI UNA NAZIONE
Il 21 novembre, Snake riesce a raggiungere la base sotterranea, inseguendo a bordo di quello che sembra essere il vecchio cavallo di The Boss i mezzi che stanno trasportando il Peace Walker. Arrivato in cima a un dirupo, l'uomo scorge il Peace Walker venire trasferito alla base sotterranea tramite un montacarichi e, mentre cerca di seguirlo, viene scoperto dai kidnapper e attaccato dall'ultima delle tre armi IA di cui Huey gli aveva parlato: Cocoon. Lo scontro con il mastodontico carro armato è impietoso, ma Snake riesce ancora una volta a fare onore al titolo di Big Boss e ad avere la meglio. Subito dopo lo scontro, infine, il soldato riesce ad introdursi nella base.Infiltratosi fino all'hangar dove è sito il Peace Walker, Snake si introduce nuovamente nel pod mammario, nel vano tentativo di mettersi in comunicazione con la riproduzione IA di The Boss, dimostrando ancora di non riuscire a darsi pace per il fatto di averla assassinata: quando non riesce però ad ottenere dal pod le risposte che sperava sull'Operation Snake Eater, Big Boss tenta di distruggere il pod stesso, con il solo risultato di venire scoperto ed accerchiato da Strangelove, Coldman e diverse truppe della CIA.
Coldman gli rivela che il progetto Peace Walker rientra nei piani di ristabilizzazione dell'egemonia statunitense a seguito della crisi missilistica cubana, e svela anche di essere stato il fautore e l'autore dell'Operazione Snake Eater. Perdendo il controllo e sfruttando una disattenzione, Snake tenta un attacco tramite CQC e, nella colluttazione, riesce ad impadronirsi della ID card di Strangelove, prima di essere gettato a terra e immobilizzato.
Fatto prigioniero, Snake viene rinchiuso in una cella e torturato tramite elettroshock proprio dalla dottoressa Strangelove, che vuole sapere da lui se The Boss morì davvero per il suo Paese o se era, invece, una traditrice. Il fatto che Snake rifiuti di parlare fornisce ugualmente a Strangelove le prove di cui aveva bisogno per completare la programmazione del pod mammario. Torturato fino allo svenimento, Big Boss rinviene in una cella ed utilizza la scheda ID rubata proprio a Strangelove per aprire la porta e fuggire.
Appena fuori, Snake scopre da Miller che Paz e Gàlvez sembrano essere scomparsi e che non riesce in alcun modo a contattarli. Sospettando che la sparizione possa essere dovuta alla follia e alla spietatezza di Coldman, Snake torna all'hangar del Peace Walker e lì incontra proprio il direttore, che tiene prigioniera Paz.
Snake ingaggia un violento scontro con il Peace Walker cercando di attaccare e distruggere il pod mammario dell'IA, ma - quando i danni per l'arma cominciano ad essere ingenti - Coldman la attacca a bordo di un Hind D: il Peace Walker, sentendosi minacciato, cambia il suo obiettivo da Snake a Coldman, e comincia a seguirlo. In questo modo, il direttore sa che il carro armato sarò troppo veloce perché Snake possa recuperare terreno e, facendosi inseguire, lo porta letteralmente via.
Big Boss si lancia nella disperata rincorsa a bordo del cavallo di The Boss, ma - arrivato al ripido confine con il Nicaragua - il cavallo, stremato, perde le forze e frana a terra, ferendosi gravemente. Snake è costretto a finirlo per non farlo soffrire. Liberato l'animale delle sue fatiche, Snake scala il confine con le sue sole forze, per vedere dall'alto il Peace Walker che attraversa il Rio San Juan.
Snake e Miller comprendono che Coldman ha rapito Paz per ricattarli e tenerli fuori dall'affare Peace Walker e - considerando che la ragazza è in qualche modo legata al KGB tramite Gàlvez - vorrà probabilmente interrogarla sui piani dell'Unione Sovietica per far fronte all'esistenza del carro armato nucleare.
In questa inattesa situazione di confusione, Snake e gli MSF trovano nuovamente aiuto nei Sandinisti di Amanda, che riescono a rintracciare ancora la posizione del peace Walker: l'arma concepita da Huey e Strangelove è stata infatti portata in una base americana nei pressi del Lago Cocibolca. Grazie alle informazioni procurate da Huey, inoltre, gli MSF scoprono che il Peace Walker è ormai davvero pronto al lancio nucleare: Coldman conta di detonare la prima testata entro due giorni, utilizzando proprio il distaccamento statunitense come base. La data precisa del lancio, secondo i suoi piani, coinciderebbe precisamente con quella della discussione del trattato SALT II tra Sovietici e USA: nella riunione presso Vladivostok, i rappresentanti di entrambi i Paesi saranno impegnati a discutere la riduzione delle armi strategiche, e il contemporaneo verificarsi di un lancio inatteso da un base americana complicherebbe non poco le negoziazioni. A meno che, ovviamente, Coldman non voglia usare l'arma come asso nella manica per gli USA, piegano l'URSS alla sua volontà...
L'ILLUSIONE DELLA PACE
Il 23 Novembre, Big Boss riesce a raggiungere il Nicaragua. Mentre Coldman e i suoi preparano il lancio, l'eroe leggendario ordina l'abbandono precauzionale della Mother Base, che sarà il bersaglio delle eventuali testate nucleari. Tuttavia, le truppe degli MSF vogliono fidarsi del loro comandante, e rifiutano di abbandonare la base, sicure che Snake riuscirà ad impedire il lancio. Mentre i Sandinisti del Fronte di Liberazione Nazionale (FSLN) guidati da Amanda decidono invece di abbandonare la base, Miller prepara un team degli MSF all'azione, in caso Snake dovesse aver bisogno di aiuto dentro alla base statunitense.All'interno della stessa base, però, Snake sbatte la faccia su un'amara sorpresa: per quanto la base fosse americana, infatti, le truppe che la sorvegliano sono inconfondibilmente sovietiche. Non riuscendo a comprenderne il motivo, il soldato leggendario avanza fino a quando non riviene un monitor che trasmette l'immagine in tempo reale di Paz: la ragazza avverte Snake del fatto che Coldman si è già recato alla torre di comunicazione per immettere la sequenza di lancio. Non avendo più tempo a disposizione, Snake deve muoversi immediatamente per fermarlo, ma l'allarme risuona lungo l'intera base: le sirene assordanti accompagnano la discesa in campo delle forze più pesanti delle squadre d'assalto sovietiche, e Big Boss - per raggiungere la torre di comunicazione - deve farsi largo tra truppe nemiche e addirittura contro un Hind D che sorvegliava il tetto dell'edificio.
Quando Snake raggiunge la torre, ci trova dentro Coldman e Paz, e viene circondato dalle truppe sovietiche. L'uomo della CIA gli rivela che è arrivato troppo tardi, dal momento che ha già immesso nel Peace Walker i dati di un falso attacco dei Sovietici contro gli USA: in questo modo, rilevando la minaccia, il carro armato bipede risponderà con un vero lancio nucleare, scegliendo il bersaglio ottimale tra una lista precedentemente immessa nella macchina. I dati di questa lista sono stati modificati in maniera tale che il Peace Walker scelga necesariamente di colpire la Mother Base degli MSF.
Zadornov mette in mano a Paz una pistola e le ordina di uccidere Coldman: davanti all'esitazione della ragazza - che non si sblocca nemmeno al ricordo delle torture subite - è lui stesso a premere il grilletto dell'arma che lei tiene tra le mani, scaricando due colpi non mortali contro il petto dell'americano. Ferito e terrorizzato, Coldman sottostà alle richieste di Zadornov ed inserisce il dischetto richiesto all'interno del computer che sta nella valigetta legata al suo polso. Zadornov costringe Strangelove a modificare la sequenza di lancio, impostando Cuba come target, ed infine si rivolge a Snake, riferendogli che morirà ufficialmente per mano della CIA, proprio come accadde a Ernesto "Che" Guevara. La morte di un simile eroe per mano americana non farà che diffondere ulteriormente sentimenti anti-americani nei ribelli, che finiranno col rovesciare il regime pro-americano e spianeranno ulteriormente la strada alla vittoria dell'URSS.
Quando Zadornov si prepara ad uccidere Snake, le truppe riordinate da Master, con forze congiunte degli MSF e dei FSLN, fanno irruzione nella stanza, ingaggiando uno scontro vitorioso contro le truppe sovietiche. Amanda ha la meglio su Zadornov e lo costringe in ginocchio e, proclamando la vittoria per il fatto che i Sandinisti sono riusciti a tornare in Nicaragua, dichiara che essi non hanno più intenzione di essere marionette del KGB, mentre le sue truppe, cantando, inneggiando a "Vic Boss!".
Bloccati sia Coldman che Zadornov, gli MSF si preparano a rientrare alla base - trasportando i due prigionieri su un elicottero. Mentre si prepara a sua volta a partire, Snake viene fermato da Strangelove, che si scusa con lui per averlo torturato e gli spiega che tutto ciò che voleva era riportare in vita, in qualche modo, The Boss, ricreandola come intelligenza artificiale.
Mentre, sull'elicottero di rientro alla Mother Base, Master e Paz sono impegnati a parlare, il ferito ma ancora vivo Coldman riesce a completare l'immissione dei dati per il lancio nella sua valigetta, attivando definitivamente il Peace Walker. Il lancio, però, era stato già impostato non più per la Mother Base, ma per Cuba. Coldman ride insanamente mentre il Peace Walker si prepara a sferrare l'attacco nucleare, rivelando che i falsi dati dell'attacco nucleare da parte dell'URSS - al quale il Peace Walker crede di rispondere, ma che in realtà è solo virtuale, generato al computer - saranno inviati contemporaneamente anche al NORAD, il Comando di Difesa Aerospaziale del Nord-America, che potrebbe quindi decidere di lanciare una testata di rappresaglia - vera - per rispondere al falso attacco URSS orchestrato da Coldman. I dati del falso attacco sono infatti indistinguibili da quelli di uno reale, e Washington potrebbe seriamente decidere di sferrare un lancio nucleare di rappresaglia per difendersi. Non rendendosi conto di questo rischio, Coldman dichiara che semplicemente - in quanto umani - gli uomini di Washington non saranno in grado di prendere una simile decisione, mentre il Peace Walker non avrà problemi a rispondere all'attacco: proprio questo - la capacità di prendere sempre la decisione migliore, senza farsi influenzare dalle emozioni - rende il carro armato bipede il perfetto deterrente nucleare.
Snake ingaggia uno scontro impari contro il Peace Walker, cercando di distruggerlo prima che lanci su Cuba, e - colpendolo - riesce a distogliere la sua attenzione dal lancio, poiché il carro armato si concentra prima sulla minaccia più vicina, ovvero Snake. Al termine dello scontro, il Pod risulta gravemente danneggiato e il Peace Walker rimane innocuo al suolo, ma i danni da esso riportati non riescono a bloccare la trasmissione dei dati del falso lancio nucleare da parte dell'URSS. Anzi, ricevendo la conferma da parte del NOARD che 1500 missili ICBM (in realtà solo virtuali) stanno attraversando il Polo Nord nel tentativo di colpire la Costa Occidentale USA, la Casa Bianca ordina di passare al livello di emergenza critico DEFCON 2 e si prepara a contro-colpire l'Unione Sovietica, caricando a sua volta i suoi missili ICBM.
Disperato, Snake scopre da Huey che il pod mammario è così resistente da poter resistere ad un attacco nucleare, e che non c'è quindi modo di distruggerlo e di fermare la trasmissione dei dati del falso lancio che esso sta comunicando al NORAD. L'unica soluzione che i due uomini riescono a escogitare è far cadere il carro armato nel lago, in maniera tale che il contatto con l'acqua danneggi i sensori dell'IA, e che la pressione delle profondità faccia il resto. Tuttavia, Snake, Master e Huey si chiedono come potrebbero mai riuscire a spingere in acqua un colosso di rottami come il Peace Walker. Nello stesso momento, a Washington, i membri del quartier generale non riescono a mettersi in contatto con il Presidente, e decidono di loro iniziativa di effettuare il lancio di rappresaglia contro l'URSS.
Disperato, Big Boss chiede ad Huey di metterlo in contatto direttamente con la Casa Bianca: qui riesce a comunicare via radio con il direttore delle operazioni, al quale rivela di essere Big Boss in persona, e per provare la sua identità racconta del debriefing segreto avuto con l'ex presidente Johnson al termine dell'Operazione Snake Eater, quando il soldato leggendario ricevette la medaglia ed il titolo per aver ucciso The Boss. Il direttore delle operazioni attualmente in essere, infatti, era presente alla cerimonia, e non può che ammettere di stare realmente parlando con Big Boss, a fronte di quel racconto così dettagliato. Confermata la sua identità, l'eroe leggendario chiede subito di annullare il lancio di rappresaglia, poiché i missili ICMB URSS che gli Stati Uniti vedono arrivare sono in realtà dei falsi, semplicemente simulati dall'IA del Peace Walker.
Non potendo far altro che fidarsi di un eroe come Big Boss, il direttore comunica al suo staff di annullare il lancio di rappresaglia, ma alcuni suoi collaboratori disobbediscono all'ordine e, ponendolo sotto la minaccia delle armi, dichiarano che non saranno certo loro a lasciare senza fare nulla che i missili URSS distruggano gli Stati Uniti d'America e le loro famiglie. Pertanto, il direttore non riesce a fermare il lancio a causa dell'insubordinazione dei suoi collaboratori.
La situazione è disperata e non ci sono più spiragli di speranza. Gli USA sferreranno un attacco nucleare all'ignara URSS, accusata di un lancio che non ha mai compiuto, che si vedrà a sua volta costretta a rispondere con un attacco atomico di rappresaglia contro gli Stati Uniti.
Non potendo più fare nulla per evitare il disastro nucleare, il pod mammario, modellato sulla personalità e la volontà di The Boss, fa alzare il Peace Walker sui suoi passi e, cantando con la voce della leggendaria eroina la canzone "Sing" dei The Carpenter, l'enorme carro armato di getta di sua spontanea volontà nel lago attiguo all'area in cui è avvenuto lo scontro con Snake, cortocircuitandosi volontariamente per fermare la trasmissione dei dati del falso lancio.
Stupefatta insieme a Big Boss, Strangelove comprende che il Peace Walker ha eseguito la volontà che anche The Boss avrebbe avuto di evitare il disastro nucleare. Perfetto clone della donna che l'ha ispirato, il pod mammario ha quindi evitato spontaneamente l'apocalisse atomica.
Finalmente, il NORAD cessa di ricevere il segnale di tracciamento dei missili ICBM sovietici e, sui suoi radar, l'ubicazione delle bombe atomiche viene rimpiazzata dal simbolo della Pace. Comprendendo che Big Boss aveva quindi ragione, la Casa Bianca annulla il lancio di rappresaglia contro l'URSS, evitando la guerra nucleare.
Snake, dopo aver salutato per l'ultima volta The Boss, rimuove dalla sua fronte la bandana che le aveva strappato dieci anni prima, durante la Missione Virtuosa, e lascia che il vento gliela porti via di mano, trascinandola con il suo soffiare.
Parlando con Kaz, Big Boss svela all'amico di aver trovato finalmente il suo senso, e di voler vivere la sua vita diversamente rispetto a quanto fatto da The Boss. L'eroe sente che l'eroina ha in qualche modo tradito lui e tutto ciò che lei ha fatto come soldato, accettando semplicemente di abbassare le armi e di morire per il suo Paese. Con questa nuova consapevolezza, l'eroe leggendario chiede finalmente di essere chiamato da tutti, per sempre, non più Snake, ma
Nell'attesa che il mondo, un giorno, possa finalmente conoscere la Pace.
FINALE SEGRETO - OUTER HEAVEN
In seguito a quanto accaduto con la crisi in Costa Rica e in Nicaragua che ha coinvolto il Peace Walker, Paz è stata espulsa dalla sua scuola, perché in qualche modo associata alla figura di Zadornov. Dopo la morte di Coldman, inoltre, Strangelove ha deciso a sua volta di unirsi ai MSF e di aiutare Huey e gli altri ingegneri nella costruzione del micidiale Metal Gear ZEKE, la nuova arma bipede che il dottor Emmerich aveva dichiarato di voler realizzare per Big Boss. Il gruppo militare ha inoltre recuperato la testata atomica del Peace Walker dal fondo del Lago Cocibolca, e ha deciso con il bene placet di Big Boss in persona di installarla proprio a bordo dello ZEKE, così che il carro armato di nuova fattura possa costituire il deterrente nucleare dei MSF.Mentre la vita sulla Mother Base prosegue, Zadornov riesce misteriosamente a scappare dalla sua cella per ben sei volte. Big Boss lo localizza e lo recupera puntualmente, ma - quando il sovietico riesce a fuggire addirittura per la settima volta - il leader dei MSF inizia ad insospettirsi. Messosi sulle tracce di Zadornov, questa volta lo ritrova nascosto all'interno del poligono della Mother Base e, quando il sovietico fa per attaccarlo, Big Boss si vede costretto a sparargli per difendersi e lo uccide. Zadornov muore dicendo al leader dei MSF di essere riuscito a completare la sua missione - una missione di cui Big Boss non sa nulla, quando Kaz lancia l'allarme, avvertendo che il Metal Gear ZEKE ha cominciato a muoversi dal suo hangar e sta emergendo in superficie, in cima alle piattaforme della Mother Base, senza che nessuno gli abbia chiesto di farlo.
Big Boss si lascia alle spalle il corpo di Zadornov e raggiunge di corsa l'area in cui il Metal Gear ZEKE si è diretto, solo per scoprire che, a controllarlo, è Paz. Quando Miller cerca di bloccare l'enorme arma, scopre che i controlli remoti non funzionano più. Soddisfatta, Paz rivela di aver modificato gli assetti dello ZEKE mentre i MSF erano impegnati a ricercare Zadornov dopo le sue innumerevoli fughe, e per questo motivo non è più possibile controllarlo in maniera remota. Davanti ad un incredulo Big Boss, Paz annuncia di essere pronta a riportare lo ZEKE "ai suoi proprietari, a Cipher", e rivela di chiamarsi in realtà Pacifica Ocean. Il suo ruolo di ragazzina ambasciatrice della pace era semplicemente una montatura, e Pacifica afferma che presto compirà la sua missione, il vero Progetto Peace Walker. Con una lingua al veleno, la ragazza accusa anche Big Boss di aver preso la decisione sbagliata quando, due anni prima, abbandonò Zero, suo ex comandante presso la FOX Unit, formando i MSF. Dopo la morte di The Boss, i due amici e commilitoni hanno affrontato in modo diverso il dolore e - dopo aver scelto di ereditare in maniera diversa la volontà di The Boss - si sono separati, divenendo rivali.
Pacifica invita Big Bos ad unirsi a Cipher e a seguire la sua volontà: l'agenzia della quale parla, infatti, si è portata avanti e vuole riunire sotto al suo nome tutte le altre agenzie di intelligence esistenti. L'intento finale è quello di radunare in sé tutte le informazioni possibili, ed utilizzarle per guidare il mondo e le persone che lo compongono, che rimarrebbero ovviamente ignare del progetto in essere. Grazie a questo controllo totale, finalmente, il mondo potrebbe conoscere l'illusione della pace, nascerebbe un mondo senza più confini, realizzando finalmente quella che, secondo Cipher, era la vera volontà di The Boss. Qualora gli MSF decidessero di obbedire a Cipher, potrebbero fare da deterrente contro le forze nemiche del nuovo ordine mondiale da costituire, sopratutto grazie alla leggendaria e influente figura di Big Boss.
L'esplosione dell'enorme arma scaraventa Pacifica - che dichiara anche di odiare il suo nome, legato all'idea di pace - nell'oceano, e i MSF non riescono a rinvenirne il corpo, ingoiato dalle acque. Gli uomini di Big Boss recuperano i resti dello ZEKE, che viene rimesso in piedi e ristabilito grazie al lavoro di Huey e Strangelove, che sembrano aver finalmente trovato un'intesa nonostante dei dissapori avuti in passato.
Poche ore dopo la battaglia e la distruzione dello ZEKE, Kazuhira Miller decide di parlare francamente con Big Boss, e gli rivela che aveva scoperto da tempo gli intenti e la vera identità di Paz, oltre al fatto che Cipher corrispondesse a Major Zero: quest'ultimo ha infatti appoggiato i MSF fin dall'inizio, consentendogli di espandersi, per poi chiedergli di allearsi tramite Pacifica e fungere da deterrente per i suoi scopi.
Big Boss lo guarda con rabbia ma non ha reazioni violente contro il suo vice, che pure non è stato sincero con lui. Successivamente, Kaz riflette con Snake sul fatto che l'azione in Costa Rica dei MSF ha cambiato per sempre il modo di concepire le operazioni mlitari. Inoltre, lo stesso Kaz ritiene che, non appena la Guerra Fredda terminerà, nessuno avrà più bisogno di chiedere il loro aiuto di mercenari, con l'estinguersi dei conflitti locali. Big Boss non presta troppa attenzione al suo discorso, dichiarando semplicemente che, poiché i MSF hanno un potenziale di fuoco e di battaglia estremamente notevole, è possibile che presto qualcuno cerchi di eliminarli per ristabilire gli ordini di potenza militare mondiali. A suo modo di vedere, inoltre, lo scopo dei MSF rimane quello di operare militarmente al di fuori di qualsiasi società.
Un luogo al quale appartenere.
Una nazione chiamata OUTER HEAVEN.
