Nome in codice: Snake
Titolo: Big Boss
Team: FOX Unit
Ruolo: Protagonista

Il leggendario soldato Naked Snake, protagonista della tragica Missione Virtuosa e dell'eroica Operazione Snake Eater, al termine del quale fu insignito dal presidente dagli Stati Uniti in persona del titolo di Big Boss. Sei anni dopo quegli eventi, Snake è imprigionato in una cella in Sud America (penisola di San Hieronymo), dove l'esperto in interrogatori della FOX Unit, il tenente Cunningham, cerca inutilmente di estorcergli l'ubicazione della parte mancante dell'Eredità dei Filosofi. Quando Snake riesce ad uscire dalla sua cella, scopre che la FOX Unit e le truppe dell'Armata Rossa inviate nella penisola di San Hieronymo stanno fomentando una rivolta, e che perfino Major Zero è stato arrestato con l'accusa di essersi schierato dalla parte dei ribelli. L'accusa di rivolta ricade ovviamente sullo stesso Snake, che addirittura viene imputato come la mente della cospirazione. Per provare la sua innocenza, il leggendario Big Boss non può far altro che scoprire chi davvero si celi dietro alla rivoluzione.

Nome in codice: --
Titolo: --
Team: Berretti verdi
Ruolo: Primo alleato di Snake

Il giovane Roy Campbell è l'unico sopravvissuto del team di Berretti Verdi inviato alla penisola di San Hieronymo per affrontare la crisi rivoluzionaria in corso. Dopo l'uccisione dei suoi compagni, il futuro colonnello di Fox-Hound è stato imprigionato nella cella di fronte alla quale è stato invece rinchiuso Big Boss. Proprio mentre quest'ultimo evade, aiuta Campbell a fuggire e lo porta con sé come alleato.

Nome: --
Nome in codice: Gene, Viper
Team: --
Ruolo: FOX Unit

Gene è un carismatico leader militare che sembra aver pianificato la rivolta di San Hieronymo. Deluso dal suo Paese, è seguito dai suoi fedelissimi per la sua incredibile capacità oratoria, e per il suo intento di costruire un mondo su misura per i soldati. Grande guerriero, gelido e deciso, non sveste mai il suo impermeabile (simile a quello indossato a Shadow Moses dai membri di Fox-Hound) che cela il colore distintivo sulla spalla destra della sua uniforme.

Nome: Cunningham
Nome in codice: Boa
Titolo: Tenente
Team: FOX Unit

Ex ufficiale della CIA, ora in servizio presso la FOX Unit in veste di esperto in interrogatori. Cunningham è famoso per i suoi brutali metodi di tortura, attraverso i quali estorce alle sue vittime le informazioni desiderate. Conosciuto anche con il nome in codice di Boa e principale seguace di Gene, il tenente ha perso una gamba in battaglia, anni addietro, ed oggi è costretto ad utilizzarne una di legno come rimpiazzo. Il colore che contraddistingue la spalla della sua uniforme è il giallo. Curioso notare che questo afroamericano condivida il nome e l'aspetto con Benson Cunningham, personaggio presente in Policenauts, titolo di Kojima risalente al 1994.

Nome: --
Nome in codice: Python, Anti-Snake
Titolo: --
Team: FOX Unit

Ex compagno di Snake ai tempi del Vietnam, è ossessionato da quest'ultimo ed intende sconfiggerlo una volta per tutte, al punto da farsi chiamare l'anti-Snake. Durante la sua permanenza in Vietnam subì un gravissimo infortunio, con la conseguenza di perdere la capacità di autoregolare la temperatura del suo corpo. Per evitare di morire con il continuo innalzarsi della temperatura corporea, quindi, Python si serve di una speciale tuta refrigerante in cui circola l'azoto liquido e delle installazioni metalliche situate sul suo cranio. Queste apparecchiature gli conferiscono la capacità di congelare qualsiasi cosa.

Nome: --
Nome in codice: Null, Soldato perfetto
Titolo: --
Team: FOX Unit

Unico elemento capace di sopravvivere all'utopico progetto statunitense della creazione del soldato perfetto, Null è un giovane militare che vive per compiere le missioni assegnategli, al termine delle quali viene inserito in uno spaventoso serbatoio simile a una bara e lì lasciato, affinché la sua memoria venga resettata e non provi alcuna emozione in battaglia. Null è abilissimo con le pistole mitragliatrici e combatte senza mai rinunciare alla sua katana, grazie alla quale può respingere i proiettili dei suoi avversari.

Nome: Elisa / Ursula
Nome in codice: --
Titolo: --
Team: FOX Unit

Elisa ed Ursula sono due sorelle gemelle sopravvissute ad un'esplosione nucleare sugli Urali e dotate di poteri ESP come la premonizione e capacità psicocinesi. Furono inserite in un laboratorio della Germania Est affinché i loro poteri fossero sottoposti ad esperimenti e potenziati. Successivamente, Gene conobbe le due sorelle e scelse di portarle con sé. Ursula divenne così l'unico membro donna operativo della FOX Unit, mentre Elisa venne assegnata alla custodia e allo sviluppo del progetto "Null".