Nome in codice: Snake, Big Boss
Vero nome: John, Jack
Età: 40 anni
Ruolo: protagonista
Soldato istruito da The Boss, compì l'ardua missione di uccidere la donna, sua ispirazione, nel corso dell'Operazione Snake Eater. Quel rimorso lo perseguiterà per anni, spingendolo a cambiare la sua vita. Forma gli MSF insieme a Kaz Miller e si stabilisce nella Mother Base nell'oceano del Sud America. Può contare su oltre 300 uomini che lo venerano e pendono dalle sue labbra. Comandante carismatico e indiscusso, il Boss deve infiltrarsi a Camp Omega per recuperare Chico e Paz e riportarli a casa. Mentre il ragazzino è uno dei suoi, la ragazza è una talpa che ha tradito gli MSF, lavorando per l'organizzazione Cipher. Le informazioni in suo possesso sono di vitale importanza, e Big Boss deve impedire che qualcun altro ne entri in possesso.

Soprannome: Kaz
Età: 29 anni
Ruolo: alleato Codec, co-comandante degli MSF
Ex militante dei JSDF, lavora come mercenario dopo la perdita dei suoi genitori. In Colombia, incontrò Big Boss in battaglia e tentò di ucciderlo facendosi saltare in aria con una granata, ma il Boss lo fermò e, apprezzando il suo temperamento combattivo, lo portò con sé a formare gli MSF. Durante l'incidente del Peace Walker, Kaz favorisce la crescita e lo sviluppo della Mother Base, facendosi notare per il suo carisma e per le sue spiccate doti da imprenditore. La guerra, a suo dire, può diventare un business, e gli MSF devono essere in prima fila quando questo succederà.

Soprannome: Chico
Vero Nome: Ricardo Valenciano Libre
Età: 13 anni
Ruolo: Sandinista, prigioniero a Camp Omega
Figlio del comandante sandinista, è appassionati di storie legate a mostri, ufo e al sovrannaturale. Dopo che Big Boss soccorse sua sorella Amanda e salvò Chico dalla prigione in Costa Rica, il ragazzino si è unito agli MSF. Qui conosce Paz Ortega Andrade, e si invaghisce di lei. Rimarrà innamorato anche quando si scoprirà che la fanciulla era una spia inviata da Cipher e, quando si scopre che lei è ancora viva, partirà da solo alla volta di Camp Omega per salvarla. Andando incontro alla sua stessa prigionia.

Soprannome: Paz
Vero Nome: Paz Ortega Andrade (copertura), Pacifica Ocean
Età: 25 anni
Ruolo: Agente di Cipher
Pacifica Ocean è un agente di Cipher che si infiltrò negli MSF facendosi passare per la studentessa Paz Ortega Andrade. Dopo aver tentato di attaccare Big Boss e i suoi con lo ZEKE, cadde nell'oceano e venne data per morta. Ripescata da un pescatore belizano ancora in vita, la ragazza venne poi catturata da Skull Face e detenuta nel tremendo Camp Omega. L'obiettivo dell'uomo è quello di torturarla per costringerla a rivelare tutto ciò che sa di Big Boss e di Zero. Il Boss deve trarla in salvo prima che Skull Face compia il suo piano.

Soprannome: Skull Face
Vero Nome: sconosciuto
Età: sconosciuta
Ruolo: comandante XOF
Il suo passato è ignaro: l'uomo sembra conoscere l'ungherese, quando conferisce ai suoi un ordine in quella che potrebbe essere la sua lingua originaria, e svela di aver perso la faccia durante un bombardamento in una fabbrica di armi, probabilmente quando era ancora bambino. L'incendio lo sfigurò, ed egli fu uno dei pochi a sopravvivere. Effettivamente, l'evento avvalora l'ipotesi che Skull Face possa essere ungherese, dal momento che nel 1944 lo stesso Paese subì dei bombardamenti.
In ogni caso, da allora, il suo Paese ha perso la sua identità, proprio come lui, e la sua convinzione è che sia sopravvissuto per un solo motivo: vendicarsi e portare avanti la volontà di coloro che non ce l'hanno fatta.
Non si conoscono altri dettagli sul suo conto, ma sembra che la fama dei suoi interrogatori - e quella del team di supersoldati che lo circonda - lo precedano.