Trama
Attraverso le sue parole, l'anziana Leggenda scopre che, nel precario equilibrio di guerra globale, cinque gruppi PMC sembrano avere in mano, da soli, un'enorme fetta dell'economia bellica. L'affare non suonerebbe in maniera così strana, se solo le cinque Compagnie Militari Private non appartenessero tutte ad una catena maggiore, la Outer Haven, che fa capo ad un unico ed ulteriore leader: Liquid Ocelot. Liquid Snake, la vecchia nemesi di Snake, il suo perfido ed inarrestabile gemello, che ha ormai preso il sopravvento sul corpo di Revolver Ocelot attraverso il braccio che quest'ultimo si era impiantato, pare essere sul punto, secondo Campbell, di lanciare una rivolta attraverso i suoi letali gruppi armati, sconvolgendo per sempre l'ordine mondiale. Le parole e gli intenti del colonnello sono diretti, lapidari: è necessario uccidere Liquid prima che la rivolta prenda piede, se si vuole salvaguardare l'ordine globale. Conscio di sapere dove trovare ancora, dentro sé, la forza di combattere un'ultima lotta per la salvezza del mondo, il Vecchio Snake parte alla volta del Medio Oriente, luogo in cui pare Liquid Ocelot si trovi, per affrontare la sua ennesima missione. Un vero e proprio omicidio su commissione, uno sporco lavoro per un sicario, non appoggiato ufficialmente da nessuna autorità mondiale.
Conscio di poter ora procurarsi, attraverso Drebin, qualsiasi arma di cui necessita, Snake riesce infine ad entrare in contatto con i suoi informatori, il RAT Patrol Team 01 del CID USA. Con suaenorme sorpresa, scopre che il comandante del piccolo manipolo di soldati non è altri che Meryl Silverburgh, sua ex compagna, sua alleata a Shadow Moses e figlia del colonnello Campbell. Felice di rincontrare Snake, seppur sconvolta per il suo invecchiamento precoce, Meryl presenta all'eroe i suoi compagni di team: un cecchino di colore amante dei tatuaggi e dalla profonda fede religiosa, Ed, un gigante sudcoreano, Jonathan, ed un imbranato tecnico esperto in trappole, Johnny "Akiba" Sasaki, che sia lei che Snake avevano già avuto modo di incontrare sull'isola di Shadow Moses. La giovane leader spiega a Snake di essere stata inviata in Medio Oriente con il suo team per monitorare le attività delle PMC presenti nell'area e, sopratutto, per una valutazione sull'effettiva minaccia che le armate di Liquid Ocelot potrebbero costituire in caso di rivolta. Venuto a conoscenza, attraverso Meryl, dell'ubicazione di Liquid, Snake fa il possibile per raggiungerlo e, trovatoselo innanzi, si apposta per falciarlo con un colpo letale. Quando sta però per tirare il grilletto, l'eroe rimane sorpreso ed esita: tutti i PMC che si trovavano attorno a lui, ignari della sua presenza, iniziano a contorcersi e ad urlare, come impazziti. Tra essi, anche il RAT Patrol Team 01. Nel bel mezzo di un inspiegabile ed improvviso agonizzare di decine e decine di soldati, Snake si accorge di essere a sua volta vittima di strani dolori e di una violentissima debolezza, al punto da trascinarsi a stento nella direzione di Liquid, con l'intenzione di finirlo. Le forze, però, gli abbandonano il corpo, e tutto ciò che Snake riesce a fare, prima di perdere misteriosamente i sensi in seguito alle tremende convulsioni che lo hanno scosso, è scorgere accanto a sé la dottoressa Naomi Hunter, che gli raccomanda di "adempiere al suo destino", prima di abbandonarlo lì. Ormai quasi incosciente, Snake si vede soccorrere da Akiba che, contrariamente a tutti gli altri soldati, non sembra riportare alcun malessere. Mentre Akiba lo trascina in salvo, Snake perde conoscenza.
Guardingo, Snake continua ad avanzare, finché non viene contattato dal colonnello Campbell che, con collegamento audiovisivo, gli presenta un nuovo membro dello staff della missione: la psicologa Rosemary. Snake è stupito dal riconoscere in lei l'ex-fidanzata di Raiden, e di scoprire che quest'ultima è invece divenuta la moglie dello stesso colonnello Campbell, ulteriore motivo per cui sua figlia, Meryl Silverburgh, lo odia profondamente, definendolo un "donnaiolo pezzo di merda".
Dopo aver fatto la conoscenza di Rosemary, che gli chiede di tenere segreta la notizia del suo matrimonio con Campbell, Snake riesce a giungere fino al laboratorio in cui Naomi è tenuta prigioniera. La donna spiega che i misteriosi sintomi da cui i soldati sono stati affetti in Medio Oriente non erano dovuti ad un tentativo di manipolazione delle loro nanomacchine da parte di Liquid, ma semplicemente alla loro disattivazione: il rilascio improvviso delle emozioni e dei ricordi che queste sopprimevano all'interno dei loro corpi ha generato una vera e propria distruzione fisica e psicologica delle truppe. Si tratta dell'ennesima conferma, per Snake, che la guerra ha perso di vista ogni moralità: i soldati odierni uccidono senza remore per la mancanza di emozioni al loro interno, dovuta al controllo totale e dalle regolazioni che il sistema SOP - attraverso le nanomacchine - procura. Ma, se le nanomacchine verranno un giorno disattivate - proprio come, momentaneamente, ha fatto Liquid - le emozioni ed i ricordi repressi perché emotivamente shockanti verrebbero a galla tutti simultaneamente, causando in essi un disordine interiore senza precedenti.
Per eseguire ulteriori accertamenti su di Snake, Naomi lo sottopone a delle visite e gli preleva un campione di sangue. Al termine dei controlli, la dottoressa constata che l'invecchiamento precoce di Snake non è dovuto alla longeva presenza del virus FOXDIE, che lei stessa gli iniettò a Shadow Moses, con l'intento di vendicare l'uccisione del fratello Frank: la quarantenne senilità di Snake è invece semplicemente il processo ed il corso naturale a cui l'uomo è stato destinato fin dal giorno della sua nascita per clonazione, attraverso il progetto Les Enfantes Terribles. Consci di stare clonando un soldato leggendario come Big Boss, gli scienziati responsabili del progetto crearono i suoi figli sterili e con una breve durata della vita, in maniera tale che i loro geni - così preziosi a livello bellico e strategico - non cadessero nelle mani sbagliate. Con freddezza, Naomi diagnostica che a Snake rimangano più o meno sei mesi di vita, ormai. Già di per sé raggelato dalla notizia, Snake deve però affrontarne subito un'altra: i recettori del FOXDIE all'interno del suo corpo, nel corso dei 9 anni trascorsi dal giorno in cui vennero impiantati, hanno cominciato a mutare, e ben presto saranno totalmente rovinati. Le conseguenze di questa mutazione del virus saranno catastrofiche: i recettori non distingueranno più gli originari bersagli del virus, contagiando quest'ultimo a chiunque si avvicini a Snake, ed uccidendolo per apoptosi cellulare. Questo contagio incontrollato, che potrebbe dar vita ad una vera e propria epidemia mondiale, dovrebbe - secondo i calcoli di Naomi - avere inizio entro al massimo tre mesi. Distrutto dal Fato che gli è stato riservato, Snake scopre che l'unica via per evitare l'epidemia è la morte del corpo di colui che ospita il virus, ossia di se stesso. Con decisione, promette a Naomi che, al termine della missione, "ci libererò io entrambi dalla maledizione delle nanomacchine". Come se non bastasse, a quanto risulta dalle analisi, Naomi constata che nel corpo di Snake sia stato iniettato da poco un nuovo tipo di FOXDIE, i cui effetti sono totalmente sconosciuti.
Le notizie che Naomi ha da dargli, però, non sono ancora finite: la donna rivela che Liquid, disattivando le nanomacchine, non sta cercando di distruggere il sistema SOP controllato dai Patriots - delle misteriose entità che gestiscono il flusso della vita e delle informazioni a livello globale - ma semplicemente di prenderne il controllo. Il nome del suo progetto è fin troppo esplicativo: Guns of the Patriots. Il controllo del Sistema dei Patriots gli consentirebbe, infatti, di far sopravvivere unicamente il suo esercito e, dunque, di gestire a tutti gli effetti a suo piacimento l'intero globo. Quando Snake fa per portare in salvo Naomi, i due vengono però assaliti da alcuni membri dei corpi speciali delle truppe di Liquid, la FROG Unit, che Snake è costretto ad eliminare, ma solo per trovarsi innanzi ad un nuovo nemico: è Laughing Octopus, una delle donne della Beauty and the Beast Unit. Esitando innanzi alla totale follia che la guerra ha suscitato nella donna, Snake riesce comunque ad averne ragione.
Abbandonato il laboratorio, il Serpente si mette rapidamente sulle tracce della dottoressa, solo per ritrovarla prigioniera di una sua vecchia conoscenza: Vamp. Il sinistro vampiro, sopravvissuto miracolosamente a ben due proiettili in piena fronte, che gli furono riservati da Raiden e proprio da Snake su Big Shell, spinge Naomi all'interno di uno degli elicotteri di Liquid e, comunicando con quest'ultimo attraverso il suo cellulare, ordina di dare il via al secondo esperimento. Prima che qualsiasi cosa possa accadere, Snake tira con il suo fidato M4 dritto alla testa del rumeno, senza ottenere i risultati sperati: l'apparentemente immortale esperto di coltelli si accascia semplicemente senza sensi, sopravvivendo per l'ennesima volta. Quando le convulsioni lo fanno di nuovo loro preda, Snake comprende che quello che Vamp ha chiamato "secondo esperimento" è cominciato: tutte le truppe de Le Pieuvre Armement che si trovano attorno a lui mostrano i medesimi sintomi mostrati dalla Praying Mantis e dal RAT Patrol Team 01 in Medio Oriente, venendo rapiti da dolori improvvisi e da urla disperate. Per ovviare alle sue convulsioni, Snake utilizza un particolare e potentissimo farmaco in siringa che Naomi gli ha fornito mentre erano al laboratorio. Ripresosi dallo shock della nuova disattivazione delle nanomacchine, l'eroe trova l'insperato aiuto di Drebin che, pilotando il suo mezzo blindato, aiuta Naomi ad abbandonare l'elicottero di Vamp e offre un utile passaggio a Snake, scortandolo fino al punto d'incontro con Otacon, che li attende con il suo elicottero. In mezzo a soldati impazziti per via degli effetti collaterali dell'esperimento, e fuggendo da alcuni sistemi d'attacco militare automatizzati conosciuti come Gekko, Snake vede, poco lontano da sé, un vecchio amico: Raiden. Il ragazzo, che sembra aver assunto le sembianze di un ninja, maneggiando la sua spada si scontra acrobaticamente con i Gekko, coprendo le spalle a Snake, mentre questo è in fuga. L'ex-compagno di Rosemary si trova però in difficoltà quando è costretto al faccia a faccia con il redivivo Vamp e, al termine dello scontro con l'immortale, ha appena le forze di raggiungere Snake, Otacon e Naomi sull'elicottero. Sussurrando semplicemente "Big Mama, Europa dell'Est", il ragazzo sembra prossimo alla morte, quando lascia arrendere il suo collo e, dopo aver vomitato sangue, si accascia sotto gli sguardi impotenti di Naomi e Snake.
Durante la prima notte di viaggio aereo, però, avviene una svolta: Otacon e Naomi, mentre Sunny e Raiden sono addormentati e Snake finge di esserlo, entrano in confidenza e la donna, civettuola quanto basta per turbare il dottor Emmerich - del quale si è infatuata fin da quando lo ha scorto in Sud America - alla fine lo trascina con sé all'interno del loro elicottero, posteggiato nel ventre del Nomad. È lì che i due, mentre il viaggio prosegue, trascorrono una dolce ed intima notte insieme.
Giunto alla stazione della città in cui troverà Big Mama, Snake viene aiutato da Meryl ad eludere i controlli della PMC che si occupa del coprifuoco locale: la Raven Sword. La ragazza trattiene Snake a parlare per un po', e cerca in tutti i modi di farlo rinunciare al suo incarico, affermando che se ne occuperà lei in via ufficiale: dopo il disordine causato da Liquid in Medio Oriente, pare infatti che il presidente USA si sia convinto della minaccia che le truppe di quest'ultimo costituiscono per l'intero pianeta, e ha fornito alla Silverburgh un'intera squadra congiunta di truppe dell'Esercito e della Marina. Sorridendo, Meryl afferma di avere ora così tanti uomini da non sapere cosa farci, e che non vi è quindi alcun bisogno per Snake di mettersi inutilmente a rischio solamente per compiere un incarico da sicario. Il Serpente non si lascia però convincere dalla premura della ragazza che, infastidita e ancora visibilmente sensibile all'amore nei suoi confronti, si congeda invitandolo semplicemente ad aprire gli occhi innanzi alla realtà e a non intralciare le azioni delle forze armate da lei coordinate.
Ben attento a tenersi lontano dagli uomini di Raven Sword, Snake pedina con circospezione uno dei membri dell'Esercito del Paradiso Perduto, giungendo così fino al covo in cui potrà incontrare Big Mama. Una volta trovatosi innanzi alla donna, l'uomo è costretto a fare, attraverso le parole di quest'ultima, una scoperta sconvolgente: Big Mama non è altri che sua madre, la donna che prestò il grembo, nel 1972, al progetto Les Enfantes Terribles, partorendo due gemelli, Solid Snake e Liquid Snake. Big Mama, rivolgendosi maternamente al figlio con l'appellativo di 'David', gli rivela inoltre di essere EVA, la donna che, nel 1964, conobbe ed affiancò Big Boss - padre di Snake - per conto della Cina nell'Operazione Snake Eater, nell'area sovietica di Tselinoyarsk. Fu allora che EVA si innamorò di quello che era conosciuto con l'originario nome di Naked Snake: pochi anni dopo, furono loro due, insieme a Major Zero, Para-Medic, SIGINT e al giovane Ocelot - tutti ex collaboratori di Big Boss - a fondare i Patriots. Ciascuno di essi voleva infatti eternare il messaggio che la leggendaria eroina The Boss aveva lasciato ai posteri, morendo durante l'Operazione Snake Eater. Ben presto, però, le visioni dell'uno si scontrarono con quelle dell'altro, e Big Boss e Major Zero entrarono in inimicizia: smanioso di controllo militare il primo, vorace di un ordine globale e geometrico il secondo, i due uomini separarono i loro sentieri, e Zero approfittò di un grave incidente di Big Boss per dare il via, quando questi era in coma, al progetto Les Enfantes Terribles: dopo l'abbandono dei Patriots da parte di Big Boss, infatti, il maggiore inglese voleva eternare l'icona che quest'ultimo era divenuto, e creare delle sue copie perfette, dei cloni esattamente identici all'originale, sarebbe stato l'ideale per fare in modo che il mondo rimanesse devoto - ed obbediente - ad una imperitura leggenda. Major Zero era però così ossessionato dal controllo del presente e del futuro che realizzò una digitalizzazione del suo sistema di gestione dell'ordine mondiale, che sarebbe proseguito, anche dopo la sua morte, attraverso dei proxy, delle intelligenze artificiali (IA). Queste IA sopravvivono tutt'oggi, e sono costituite da quattro unità secondarie: GW, TJ, TR e AL (iniziali dei presidenti scolpiti sul monte Rushmore). Le quattro unità secondarie sono infine gestite da un'unità virtuale madre, JD, ossia John Doe. Così, guidate da JD, le IA di GW, TJ, TR e AL monitorano notte e giorno le informazioni, l'ordine, l'economia ed ogni singolo aspetto della vita quotidiana globale. Sebbene Snake ed Otacon fossero convinti di aver distrutto GW sulla Big Shell, in realtà il virus che questi ultimi avevano fatto infiltrare nel sistema è riuscito unicamente a deframmentare l'IA, senza distruggerla: per di più, ora GW - che gestisce le informazioni militari del mondo - è in mano a Liquid Ocelot: quando questi riuscirà ad avere accesso al Sistema, potrò controllare la guerra su scala mondiale. Big Mama mostra a Snake la pisside - un furgone - in cui è tenuto il cadavere biomorto di Big Boss, quando il suo nascondiglio viene scoperto dalle truppe di Liquid. Come nel 1964, la donna torna in sella alla sua moto Triumph e, aiutata da Snake, cerca di sfuggire all'assedio di Raven Sword, della FROG Unit e, sopratutto, delle truppe aeree - gli Slider - coordinate da Raging Raven, un'altra delle donne della Beauty & the Beast Unit.
La moto di Big Mama viene però coinvolta in un violentissimo incidente, e la donna - pur rimanendo cosciente - è gravemente ferita. Snake affronta e sconfigge Raging Raven, e porta sua madre alle sponde del fiume Volta, dove la pisside di Big Boss era stata portata in salvo con successo. Al loro arrivo al fiume, però, la scoperta è sconvolgente: Liquid si è già impadronito del corpo di Big Boss, e ne ha estratto tutti i dati necessari ad assumere il controllo globale del Sistema. Dopo uno scontro impari con il fratello, in cui Solid esce piuttosto malconcio, Liquid sale a bordo della sua nave militare e fa per allontanarsi lungo il Volta, portando con sé non solo alcune soldatesse della FROG Unit ed il fedelissimo Vamp, ma anche - con l'enorme stupore di Snake - la dottoressa Naomi Hunter, che sembra aver cambiato improvvisamente bandiera. Il tragitto di Liquid è però bloccato da un nemico inaspettato: il RAT Team Patrol 01, a bordo di una nave d'attacco, intima l'alt e, quando l'ordine viene ignorato da Liquid, Meryl chiama in schiera tutte le truppe che il presidente USA le ha fornito. Il dispiegamento di forze è impressionante: navi, elicotteri ed enormi jeep sbarrano qualsiasi possibile via di fuga a Liquid e i suoi che, impossibilitati a qualsiasi reazione, devono smettere di avanzare.
Ma Meryl ed i suoi uomini non possono nemmeno sospettare quanto sta per accadere: quando Snake, insieme a Big Mama, riesce a trascinarsi a bordo della nave del RAT PT 01, Liquid inizia a gesticolare in maniera preoccupante: prima ancora che Meryl ed i suoi riescano a sparare, il perfido gemello di Snake prende in mano il Sistema. Il risultato è terribile: tutte le armi ed i mezzi delle forze USA vengono bloccati e resi innocui all'istante, e Liquid - soddisfatto - non può non sottolineare di aver finalmente il controllo totale dell'SOP. Ordinando anche l'ennesimo violento rilascio delle emozioni dei soldati proprio attraverso l'SOP, l'uomo non si accontenta di vederli dimenarsi ed urlare, ordinando alle sue FROGS di aprire il fuoco su questi ultimi e sterminarli. Se Meryl, nonostante la crisi emotiva dovuta all'SOP, riesce a mettersi al riparo e a spingere a terra Akiba prima di farlo, Ed e Jonathan vengono investiti dalla violentissima raffica che gli viene riservata. Il massacro delle centinaia di soldati USA è totale e sanguinario, e Naomi - responsabile della mostruosità che il controllo delle nanomacchine ha causato - può solo chiudere gli occhi e lasciarsi divorare dai sensi di colpa. In mezzo alle urla e agli spari, Liquid alza le mani al cielo ed urla: "Stai guardando, Zero? Ammira la vittoria! Ammira... Guns of the Patriots!". Nel suo folle ruggito di trionfo, il suo piano è chiaro: distruggere i Patriots di Zero, ed assumere il totale controllo del Sistema. Con innanzi a sé un'infinita distesa di cadaveri, l'appetito sanguigno di Liquid Ocelot non è ancora pago: rivolge i cannoni verso la nave del RAT PT 01, e la centra in pieno. Ed e Jonathan vengono subito sbalzati nelle acque del Volta, mentre Akiba, nel vano tentativo di soccorrere Meryl, viene ingoiato dalle acque del fiume, e, in un disperato abbraccio, trascina la donna con sé. Sulla nave del RAT PT 01, accasciati e feriti, non rimangono che Snake e Big Mama. Mentre li oltrepassa con il suo mezzo, Liquid restituisce loro i resti del cadavere di Big Boss: in un gesto di una spietatezza estrema, ordina a Vamp di gettare tra le fiamme che si sono sprigionate in seguito all'esplosione sulla nave del RAT PT 01 ciò che rimane del vecchio eroe leggendario, e a nulla serve il vano tentativo di Big Mama di gettarsi sul fuoco per salvare il cadavere dell'amato. Disperato, Snake si fa a sua volta divorare dalle fiamme per spingere via sua madre: il fuoco avvolge e ustiona gravemente entrambi, al punto che Snake rimane sfigurato sulla parte sinistra del volto. Soddisfatto, Liquid se ne va lungo il Volta, lasciandosi alle spalle centinaia di morti, un uomo ed una donna consumati dalle fiamme e, sopratutto, un cadavere indegnamente carbonizzato. Lo scenario del Volta si dipinge di morti che galleggiano nelle sue acque e di gemiti disperati dei feriti. Ed e Jonathan, sopravvissuti alla raffica e alla cannonata, sono riusciti perlomeno a trascinarsi sulle sponde del fiume, mettendosi in salvo. Diversa, invece, la sorte di Meryl e Akiba: il secondo, cosciente ed immune agli effetti destabilizzanti dell' SOP, è riuscito a trascinare la prima fino alla riva del fiume. In pochi istanti, però, il giovane si accorge che la ragazza ha smesso di respirare, e solo quando le palpa sul collo una debole pulsazione del cuore, prende coraggio per tentare una disperata rianimazione. Con la voce strozzata per la paura di perderla, Akiba mette da parte il rispetto gerarchico che li divide e, effettuando il massaggio cardiaco e la respirazione bocca a bocca, la chiama semplicemente per nome, implorandola di non lasciarlo. È solo grazie alla sua premura e alla sua prontezza che, dopo diversi istanti di incoscienza, Meryl riprende a respirare. Debolissima ma ancora viva, la ragazza riesce solo a tirarlo a sé e a baciarlo sulle labbra per ringraziarlo. Akiba la aiuta a tirarsi su e, timidamente, le chiede di chiamarlo Johnny.
Anche Snake e Big Mama, intanto, sono riusciti a riguadagnare la riva del fiume: feriti allo stremo delle forze, i due si abbracciano e, quando la donna cerca per un'ultima volta la mano del figlio, allo stremo delle forze, riesce solamente ad arrendersi alla morte. Incapace di fare qualsiasi cosa, Snake può unicamente lasciarsi soccorrere dall'onnipresente Drebin, che lo porta via dal bagno di sangue che il Volta è diventato.
Ma come si può abbattere un satellite se tutte le armi di distruzione di massa che potrebbero servire allo scopo sono state necessariamente disattivate sul Volta, per impedire le reazioni di qualsiasi truppa dotata di armamenti con ID? In un mondo in cui la guerra è stata arrestata dalle folli gesta di un solo uomo - Liquid, che ha disattivato l'SOP, e con esso tutte le nanomacchine e le armi marchiate da ID - esiste solamente un'arma non marchiata, con capacità di lancio nucleare: il cannone a rotaia del vecchio Metal Gear REX. Il sospetto di Otacon viene confermato da una comunicazione di Mei Ling, ora giovane comandante della Marina, che spalleggiò Snake via radio a Shadow Moses, nove anni prima: stando a quanto la ragazza è riuscita a scoprire dalla sua nave da guerra, la Missouri - che staziona generalmente alle Hawaii come nave scuola - pare proprio che Liquid sia diretto a Shadow Moses, dove il REX giace abbandonato. Facendo fronte anche alla rassegnazione di Otacon, alle cui parole "Abbiamo perso, non abbiamo mai avuto la possibilità di farcela" semplicemente risponde "Non si tratta di vincere o perdere: noi abbiamo iniziato tutto questo, ed è nostro dovere mettergli termine", Snake deve anche sedare l'interminabile dolore di Raiden che, martoriato dalla sua debolezza e dalla sua solitudine, prega l'eroe di portarlo con sé a Shadow Moses. Ma la risposta del Serpente è lapidaria: "Tu puoi ancora brillare nelle tenebre. Io non ho futuro". Ed il suo volto divorato dal fuoco, liberato dalle bende, è il punto definitivo della questione: senza paura, Snake trova la forza di tornare a Shadow Moses, il luogo in cui, nove anni prima, ha visto cominciare quell'incubo chiamato Liquid.
Avanzando nei meandri della base tormentato dai ricordi e dalle martellanti voci di Otacon, Fox, Liquid, Meryl, Mei Ling, Campbell, Raven e Wolf, il Serpente trova ad attenderlo al Nevaio l'ennesimo membro della Beauty & the Beast Unit: Crying Wolf. Al termine dell'epico scontro, è ancora una volta lui ad uscirne vincitore, e si addentra sempre più in profondità nella base, la cui sorveglianza è stata affidata alle truppe elettroniche automatiche della PMC Werewolf, ovviamente di proprietà di Liquid. Consapevole che si troverà ben presto davanti a Naomi, e mentre muove gli ultimi passi per raggiungere ciò che rimane del REX, Snake è scosso da un flashback della donna, dalle parole che, vivide e lapidarie, Naomi stessa gli rivolse nove anni prima: "Tu uccidesti mio fratello. Io giurai vendetta". E alla sua replica, "Non posso morire proprio ora", Snake ricorda ancora la gelida risposta della Hunter: "Io giurai vendetta".
Avanzando, il Serpente raggiunge finalmente quella che fu l'arena del suo scontro con il Metal Gear, scoprendo che il cannone a rotaia del REX è già stato rimosso e portato via da Liquid. Mentre si domanda come sia ora possibile cercare di fermare la sua nemesi, Snake è costretto ad un micidiale e violento scontro con Vamp: ingegnandosi, l'uomo comprende che l'immortalità del rumeno è dovuta unicamente alle sue nanomacchine - capaci di rimarginare le ferite in tempi inumani - e, utilizzando una delle siringhe che Naomi gli fece avere in Sud America, gliele disattiva. Sorpreso dalla sua astuzia, Vamp non può però ultimare lo scontro con Snake: alla disperata ricerca della sua morte, ingaggia battaglia con Raiden che, dopo essersi ristabilito dalle ferite, ha raggiunto Shadow Moses per aiutare Snake. Mentre i due maestri dell'arma bianca si contendono la vita e la morte, Snake respinge l'attacco di un'orda di Gekko kamikaze, lì inviati da Liquid affinché causassero l'esplosione e la distruzione totale di Shadow Moses. Sconfitta momentaneamente la minaccia, l'eroe assiste al colpo finale di Raiden su Vamp, che crolla a terra sconfitto e, finalmente, moribondo. Nella sanguinosa scena, Naomi compare alle spalle di Snake, informandolo che Liquid si è impadronito di una nave-fortezza, dalla quale lancerà il suo attacco contro il satellite JD: la Outer Haven. Proprio all'interno della sua nave, Liquid custodisce anche il cervello centrale di GW. Mentre ricorda a Snake che entro pochi mesi il suo FOXDIE mutato diventerà un'arma di distruzione di massa - e che gli sarà necessario uccidersi prima che questo avvenga - Naomi decide di espiare tutti i peccati di cui le sue nanomacchine l'hanno macchiata: rivela così di essere affetta da un cancro mortale, che solo le sue stesse nanomacchine sono riuscite a rallentare. Decisa, utilizza una delle sue iniezioni per disattivare l'azione inibitrice di queste ultime, consegnandosi alle lente mani della morte.
Disperato, attraverso l'occhio elettronico del suo nuovo Metal Gear MK III, Otacon assiste alla lenta e dolorosa agonia della donna di cui si era innamorato. Naomi si accascia con quiete, quando Raiden le comunica un messaggio da parte di Sunny: "le ho cucinate bene", apparentemente riferito alle uova che la bambina aveva appreso come preparare proprio grazie alla dottoressa.
Prima di spirare, mentre Snake e Raiden decidono di abbandonare la base - ormai prossima all'esplosione a causa di una nuova ondata di Gekko Kamikaze - a bordo del redivivo Metal Gear REX, Naomi sussurra le sue ultime parole, rivolgendole simbolicamente ad Otacon: "promettimi che porterai avanti il nostro intento". Nonostante il suo atteggiamento, ambiguo fino al momento della sua morte, è manifesta la sua intenzione di volere la distruzione di Liquid e dei suoi progetti. Mentre copre la fuga di Snake, Raiden assiste all'esplosione della base di Shadow Moses e, facendo per abbandonarla, rimane schiacciato sotto un cumulo di macerie, che lo bloccano sull'uscita. Rimasto solo, Snake si ritrova faccia a faccia con un Metal Gear RAY pilotato da Liquid, che ingaggia lo scontro: è il primo dei due ad avere la meglio, ma a caro prezzo.
Quando, abbandonando il REX, fa per inseguire il fratello in fuga, Snake è ferito e debolissimo. L'emersione della Outer Haven dalle acque dell'Alaska, a pochi metri da lui, lo consegna definitivamente alla debolezza: Snake crolla in ginocchio, e la gigantesca fortezza marittima gli si fa addosso per travolgerlo, squarciando l'isola di Shadow Moses. Assistendo alla scena, Raiden - pur di liberarsi dalle macerie che lo hanno sepolto e pur di aiutare Snake - recide con la spada il suo braccio destro - intrappolato sotto ai massi - e si getta addosso all'Outer Haven. Proprio come fece Gray Fox a Shadow Moses, Raiden trattiene con le sue sole forze l'enorme mezzo, invitando Snake a fuggire e mettersi in salvo. La spinta della fortezza però si rivela troppo forte perfino per il potente esoscheletro di Jack che, infilzandosi un piede al suolo per sostenere lo sforzo, è infine costretto a cedere, e viene violentemente travolto e stritolato dalla Haven, sotto gli impotenti occhi di Snake. Il suo ultimo urlo, così spontaneo e disperato, si incide per sempre nelle orecchie del Serpente: "Rose". Stremato dalla fatica, Snake si accascia innanzi a tutto ciò che gli rimane di Raiden - la sua spada - mentre la Haven si allontana e si inabissa nuovamente nel Mare di Bering, non lasciandosi però minimamente spaventare dall'arrivo della nave scuola di Mei Ling, la Missouri, che si avvia verso la costa di Shadow Moses per recuperare il povero Old Snake...
Nonostante i tentativi di persuasione di Otacon quando i due rimangono da soli nella sala, Snake è deciso: sarà lui a sacrificarsi per superare il corridoio a microonde. Poche ore dopo, la Haven è immobile ed apre la sua calotta, mentre la Missouri la raggiunge e la affianca. Sul ponte della nave di Mei Ling, Snake, Meryl e Johnny si avviano verso le catapulte e, simbolicamente, verso una vera e propria missione suicida. Mentre imperversa una battaglia navale tra i due colossi del mare, il colonnello Roy Campbell parla alla squadra d'attacco, ricordando a questi ultimi che si tratta della loro ultima possibilità di salvare il mondo da Liquid. Infine, l'anziano veterano rivolge delle parole alla figlia, affermando che "non importa ciò che accadrà, io ti sarò accanto fino alla fine. Tu sei il mio orgoglio e la mia gioia". Nonostante quello che lei definisce odio per suo padre, Meryl si lascia commuovere e, determinata ad uscire viva dalla Haven, alza lo sguardo al cielo e si asciuga le lacrime, richiamando a sé tutto il coraggio di cui necessita per sopravvivere.
Quando la Haven e la Missouri sono perfettamente allineate, il momento del lancio è giunto: le catapulte vengono attivate, ed i tre membri della squadra d'attacco sono lanciati verso la fortezza mobile di Liquid. Sfortunatamente, Johnny prende una traiettoria errata e si schianta sul bordo della Haven, precipitando verso l'oceano. La catapulta di Meryl, invece, difetta lievemente al momento del lancio, imponendole una traiettoria differente rispetto a quella di Snake e, quindi, separandoli. I due prendono ad avanzare separatamente sul ponte, quando una comunicazione con Meryl viene sospesa da un turbinare di spari. Preoccupato, Snake si inoltra lungo il ponte eludendo le centinai di membri della FROG Unit che lo presidiano, e raggiunge la spettacolare sala comandi della Haven, un ambiente ottagonale al cui centro giganteggia un ologramma del globo terrestre. È lì che il Serpente rinviene il corpo di Meryl, e - prima di poterla soccorrere - è aggredito dalle FROGS. Affrontato l'assedio di queste ultime, si ritrova però innanzi ad un nuovo nemico: Screaming Mantis, l'ultimo e principale membro della Beauty & the Beast Unit. Sottoponendola ad un controllo mentale attraverso le nanomacchine, Mantis costringe Meryl a tirarsi su e a spararsi alla tempia con la sua Deagle. Prima che questa possa farlo, però, uno stoico Johnny - che ha riguadagnato con le sue sole forze l'interno della Haven - centra con il suo M82A2 il punto debole di Mantis, facendole perdere il controllo di Meryl. Ma la perfida donna ha ancora parecchie carte da giocare: costringe a rialzarsi le FROGS sconfitte e, controllandole, le spinge a far fuoco su di Meryl. Johnny, disperato, le fa da scudo, e viene investito da una violentissima raffica, da cui Meryl, gettandosi al suo braccio e spingendolo via, riesce a sottrarlo solo dopo diversi istanti, rimanendo a sua volta seriamente ferita.
Rimasto il solo in forze, Snake riesce ad avere la meglio sulla Bestia e sulla Bella e, quando fa per proseguire, incrocia Meryl che, ferita, si è trascinata fin quasi sulla porta che le avrebbe permesso di proseguire. Nonostante le ferite, la ragazza si decide a proteggere Snake dall'assedio delle nuove FROGS in arrivo, coprendogli le spalle e conscia che potrebbe trattarsi del suo definitivo addio all'eroe della sua infanzia. Dopo un pianto liberatorio, Meryl apre il fuoco sulle FROGS e corre al riparo e - convinta anche che Johnny sia rimasto ucciso nello scontro con Mantis - rivolge al suo eroe delle simboliche e decise parole, prima che questo si congedi, andando avanti: "ci incontreremo ancora... dall'altra parte."
Da sola, e senza più alcun SOP su cui contare, Meryl resiste all'assedio delle decine di FROGS, fin quando non scopre di avere un solo proiettile rimanente, a fronte delle centinaia di nemici che continuano ad assediarla. Richiamando a sé il coraggio, si espone per esplodere l'ultimo colpo e, rimasta disarmata, evita disperatamente la raffica che le viene esplosa contro. Quando sta però per essere colpita, Johnny, pur ferito, fa l'ennesimo ritorno, sorprendendo i nemici alle spalle e soccorrendo Meryl, portandole anche nuove munizioni. Combattendo al suo fianco, Johnny rivela a Meryl di aver sempre evitato le iniezioni di nanomacchine e che, per questo motivo, non riusciva a coordinarsi tramite SOP con il resto del RAT PT 01. L'altra faccia della medaglia, scaturita dalla semplice paura di Akiba per gli aghi, è che gli esperimenti che Liquid ha condotto in Medio Oriente e in Sud America, e lo sconvolgimento sul Volta, non hanno avuto effetti su di lui. Nel bel mezzo della loro resistenza, Johnny rivela a Meryl di essere sempre stato innamorato di lei, fin dai tempi di Shadow Moses, e le domanda di sposarlo. Dopo un po' di esitazione, e proseguendo la sparatoria fino al punto da venire nuovamente feriti entrambi, Meryl acconsente, e affermando "voglio essere una sposa, è il mio sogno da quando ero ragazzina", chiude la bocca a Johnny con un bacio, prima di riprendere a lottare al suo fianco contro le FROGS, che proseguono il loro spietato assedio.
Superate le prime difficoltà, intanto, Snake - già allo stremo delle forze - viene soccorso da Raiden, sopravvissuto al drammatico travolgimento da parte della Haven, che cerca in tutti i modi di convincerlo a lasciare che sia lui ad affrontare il corridoio a microonde. Nonostante la debolezza, Snake non si abbatte, e lascia dietro di sé un Jack senza più braccia, disposto a lottare contro le FROGS presenti in quel corridoio anche solo tenendo la sua spada con la bocca, pur di coprire Snake.
Il corridoio a microonde è la vera agonia dell'eroe che, affiancato da Otacon attraverso il MK III, perde via via le forze, strisciando verso il suo obiettivo - la sala di GW - con la sola forza di volontà. Mentre il corpo e l'uniforme di Snake cadono a brandelli, la Missouri di Mei Ling viene letteralmente invasa dai Metal Gear RAY della Haven, che si preparano a distruggerla. Raiden viene disarmato ed infilzato dalle lame dei nemici, mentre Meryl e Johnny vengono ripetutamente trapassati dai proiettili delle troppo numerose FROGS che stanno affrontando. Finalmente, uno Snake quasi agonizzante riesce a raggiungere la Sala Server di GW e, attraverso il MK III, introduce il cluster worm all'interno del cervello elettronico di quest'ultima. Mentre Otacon programma l'azione del virus, Snake viene sepolto da un'invasione di aggressivi Gekko nani, Raiden - a terra - sta per essere finito dai nemici, un RAY sta per polverizzare la cabina di comando della Missouri con il suo idrogetto e Meryl esplode l'ultimo proiettile ancora a sua disposizione, prima di afferrare la mano di Johnny e attendere di essere uccisa insieme a lui.
Ma la tempestività del cluster worm salva la vita a ciascuno di loro: infettato GW, i Ray, i Gekko e le FROGS impazziscono letteralmente, cessando i loro attacchi e divenendo innocui. Sorpreso, però, Otacon scopre che il virus progettato da Naomi e in seguito sviluppato dalla piccola Sunny ("le ho cucinate bene" significava che la bimba aveva terminato la progettazione del worm) non si limita alla distruzione di GW, ma attacca l'IA di JD e la cancella, salvando solamente le strutture di quest'ultima che gestiscono la base della moderna società, come la comunicazione, la cultura, il cibo, i trasporti, l'energia. A sorpresa, il worm ha quindi cancellato l'IA centrale, JD, insieme al più piccolo GW. Al termine dell'operazione, sugli schermi della sala server compare un ultimo videomessaggio lasciato da Naomi, che spiega la sua nobile intenzione di rimediare alla creazione del virus FOXDIE mediante il nuovo cluster worm, FOXALIVE, che non avrebbe ucciso, ma salvato l'intero mondo.
Quando Snake perde i sensi, stremato, rinviene con innanzi a sé Liquid Ocelot che, trionfante, gli rivela che proprio la distruzione dei Patriots - e non l'impadronirsi del loro Sistema - era stato il suo intento fin dal principio. Dopo un epico scontro, in cui Old, innanzi a Liquid, ha nuovamente il vigore e la forza del Solid di una volta, Ocelot si accascia a terra senza vita, con un'ultima, enigmatica, affermazione: "io sono l'alter-ego di Liquid". Snake non ha tempo o voglia di interrogarsi ulteriormente sulle sue parole, ed abbandona per sempre la Haven al fianco di Otacon.
Il dottor Emmerich, a bordo del suo elicottero, osserva il mare finalmente in pace e, saggiamente, si domanda "Cosa abbiamo perso? Cosa abbiamo salvato?". Il mondo sarà davvero migliore senza i Patriots? Che cosa accadrà nel futuro? Quale futuro l'umanità saprà scriversi di per sé? Le incognite sono tante, ma la certezza di avercela fatta, di essere ancora vivi, culla gli eroi di Outer Haven, conducendoli ciascuno al proprio epilogo.
Dotato nuovamente delle sue braccia naturali, Jack giace in un tetro letto d'ospedale, solo e tormentato. Quando la sua ex-donna, Rosemary, fa il suo ingresso nella stanza accompagnata da un bimbo, il ragazzo sembra non avere nessuna intenzione di ascoltarla, ma Rose fa valere le sue ragioni, e gli rivela la verità: non è mai stata sposata con Roy Campbell, che ha finto di essere suo marito semplicemente per nasconderla dai Patriots, e mettere in salvo il bambino. Quello che Jack credeva essere il figlio di Campbell, John, è in realtà il suo stesso figlio, che Rose aspettava da lui al termine di Big Shell, già nel 2009. Incredulo, Jack si stringe addosso alla sua donna e a suo figlio, promettendole di aver smesso di fuggire. Dal canto suo, Rosemary - in lacrime - promette di essere madre e moglie degna della loro famiglia.
Snake ricorda le parole di Naomi: deve porre fine alla sua vita prima che la mutazione del FOXDIE all'interno del suo corpo causi un'epidemia. Terminata la missione, non deve fare altro che uccidersi. In un cimitero, a passo lento, il soldato leggendario, dopo una sigaretta, si prostra innanzi ad una grigia lapide e porta la pistola alla bocca. "Questa è la mia missione finale". Con tutta la paura degna di ciò che lui realmente è - un semplice uomo etichettato come eroe - Snake chiude gli occhi e, ansimando, tira il grilletto, adempiendo al suo ultimo incarico.Il boato dello sparo sembra far tremare anche il cielo, mentre - subito - segue un luttuoso silenzio pregno di cordoglio.
Mentre i festeggiamenti per il matrimonio dei neo coniugi Sasaki proseguono, Drebin avvicina Otacon, rivelandogli di aver agito sotto l'autorità dei Patriots per tutto il corso dell'operazione: proprio il Sistema di questi ultimi, infatti, voleva dare appoggio agli oppositori di Liquid. Purtroppo, i Patriots non avevano calcolato che Snake e alleati potessero arrivare perfino alla distruzione di JD, e sono stati rasi al suolo proprio dalla loro arma prediletta: Solid Snake. Anche il team di Meryl - il RAT PT 01, il cui anagramma è PATR10T - per quanto inconsapevolmente, è stato gettato nella mischia dai Patriots con quello scopo.
Mentre il mondo, senza più nanomacchine né SOP, va incontro ad una mutazione senza precedenti, che ha sconvolto gli eserciti e lasciato le nazioni che avevano fatto troppo affidamento sull'economia bellica con enormi debiti da pagare, Sunny si accosta ad Otacon, che le annuncia una nuova vita, finalmente fuori dal Nomad. La bimba - il genio capace di sconfiggere JD - domanda anche quando tornerà Snake. La risposta di Otacon, che malcela il suo pianto, "Snake è malato, deve stare da solo. Ha avuto una vita difficile, ed ha bisogno di tempo per riposare" consegna gli occhi di Sunny, ed il ricordo di Snake, allo splendido tramonto, che - l'uno fuori e l'altro dentro - li illumina entrambi in maniera accecante.
Con sé, Big Boss ha condotto anche un vecchio su una sedia a rotelle: si tratta di Major Zero, ormai moribondo ed incosciente, fondatore dei Patriots e creatore delle folli proxy IA che avevano reso eterni questi ultimi. Conscio che il mondo debba ripartire dal nulla in una sua nuova era, e che coloro che hanno rovinato la vecchia devono essere cancellati, Big Boss chiude la bombola dell'ossigeno che alimenta Zero, consegnandolo al riposo eterno.
Poi, ha delle ulteriori informazioni da condividere con Snake: Ocelot era stato posseduto da Liquid solamente ai tempi di Big Shell. Successivamente, si era fatto espiantare il braccio posseduto, sostituendolo con un nuovo, artificiale. La sua possessione da parte di Liquid nel 2014 era volontaria: il russo si era infatti sottoposto ad ipnosi e psicoterapie per impiantare in se stesso la personalità di quest'ultimo, in modo da attirare le attenzioni di Snake su di sé e, di conseguenza, sui Patriots, causandone la definitiva distruzione. Ocelot, dunque, ha recitato per tutto il tempo, con il solo fine di cancellare per sempre i Patriots di Zero, di cui anche lui, in gioventù, aveva fatto parte.
Big Boss svela anche a Snake la verità sul nuovo tipo di FOXDIE che Naomi rinvenne nel suo corpo in Sud America: iniettatogli da Drebin per volontà dei Patriots, il virus avrebbe cancellato tutti i membri restanti dei Patriots originari, eccetto Zero: è proprio a causa di questo nuovo FOXDIE che Big Mama e Ocelot sono morti innanzi agli occhi di Snake e che, a breve, lo stesso Big Boss morirà. Già debolissimo per l'effetto avanzato del virus, Big Boss rivela a suo figlio che il FOXDIE alterato sta decadendo, e che in realtà non causerà nessun contagio epidemico, poiché si estinguerà a breve. Tuttavia, il nuovo FOXDIE che Drebin gli iniettò non farà che ripetere il ciclo - questo erano le IA dei Patriots, un infinito ciclo di ripetizione per il mantenimento e la fossilizzazione di un equilibrio - e un giorno si altererà anch'esso, rischiando di causare l'epidemia.
Snake, dunque, per quanto gli rimanga breve vita a causa del suo invecchiamento precoce, non ha più l'obbligo di uccidersi, poiché non potrà più diventare un'arma di distruzione di massa. Sfinito, Big Boss implora il figlio di condurlo fino alla tomba della donna che, nel 1964, uccise per meri interessi internazionali della Guerra Fredda, la cui morte è stata lo sconvolgimento di tutti i suoi equilibri, di tutta la sua vita: The Boss. La donna dal fraintendimento dei cui ideali sono nati i Patriots, e la vecchia Outer Haven di Big Boss, nel 1995. Toccato, Snake accompagna suo padre morente alla tomba della donna, situata proprio accanto a quella innanzi a cui Snake ha fatto per uccidersi - che si svela essere proprio quella fittizia del padre stesso - e Big Boss, con le ultime forze rimastegli, come 50 anni prima, scatta sull'attenti, rendendole omaggio con assoluta devozione. "Boss, avevi ragione tu - le sussurra - non si tratta di fare il possibile per cambiare il mondo, ma di fare il possibile per lasciarlo così com'è. Se solo avessi capito prima l'eroismo dietro alle tue parole...".
Amareggiato dagli errori che hanno segnato la sua vita, Big Boss tenta di accendere uno dei suoi intramontabili sigari, accasciato sulla tomba di The Boss, ed invita suo figlio a smettere di combattere, a cominciare a vivere non da Serpente, ma da Uomo, quale è. Non Snake, ma David ha il diritto di veder tramontare l'epoca che ha vissuto, e di veder sorgere la nuova. Big Boss, mentre una lacrime gli sfugge, ammette che "il mondo sarebbe un posto migliore senza serpenti". Commosso dalla purezza delle parole di suo padre, Snake gli accende il sigaro e glielo porge. Big Boss ha il tempo di assaggiarlo appena, e di sorridere con lo sguardo a suo figlio, prima che il FOXDIE, nel surreale silenzio del vento tra le giunchiglie, lo porti via. Uccidendo una leggenda ed un padre. Ma lasciando al mondo non più un Serpente, ma un Uomo.
Con la morte di Big Boss, David è deciso a vivere da Uomo i suoi ultimi mesi di vita, con accanto il suo fedele amico, Otacon, che tramanderà tutto ciò lui può lasciare ai posteri: la sua memoria, il ricordo della sua vita. In chi ha avuto accanto, David lascerà tutto il meglio di se stesso al futuro. Lui, creatura di un'era fatta di mostri, sarà la memoria più toccante nel cuore di chi potrà non solo assaggiare, ma vivere la nuova era. Persone proiettate verso il futuro, e che intendono percorrerne il sentiero senza dimenticare il passato. Persone come Sunny che, nonostante tutto, sa bene che "il sole sorge ancora".
Introduzione : NEXT-GEN CONTROL
In seguito al drammatico incidente di Manhattan, che interessò l'impianto di Big Shell, alla costa della Grande Mela, nel 2009, il mondo vide cambiare notevolmente i suoi equilibri. L'America, minacciata fino al cuore pulsante della Federal Hall newyorchese, decise di non fare ulteriore affidamento sulle sue truppe, ma di confidare nel supporto di veri e propri gruppi mercenari organizzati come eserciti, conosciuti come Compagnie Militari Private (PMC). In breve tempo, i gruppi armati PMC vennero adottati in tutto il mondo, per il loro agire determinato e scisso da qualsiasi ideologia politica o morale. La loro diffusione su scala globale portò al generarsi di quella che può essere definita economia bellica mondiale. Qualsiasi nazione, conscia di poter contare - finanziandoli debitamente - sul supporto indipendente delle truppe PMC, le impiega in ogni ambito del controllo, portando la specialità di queste organizzazioni - la guerra e le uccisioni - all'interno della vita di tutti i giorni dei normali cosmopoliti: la guerra, nuova base dell'economia mondiale, poiché le PMC vogliono il denaro delle nazioni, e le nazioni vogliono l'appoggio militare delle PMC, invade così perfino i mezzi di comunicazione di massa. Si arriva a sponsorizzare prodotti ginnici affermando che "si diventerà in forma come soldati pronti a combattere". Il diffondersi a macchia d'olio dell'economia delle PMC è accompagnato però anche del digitalizzarsi del globale, dell'affermarsi e consacrarsi di una tecnologia di controllo definitiva, che opera attraverso le nanomacchine all'interno dei corpi degli individui: si tratta del sistema SOP, Sons of the Patriots. Queste microscopiche ed efficientissime apparecchiature, coordinate da un'intelligenza artificiale (IA) satellitare, operano all'interno di ogni soldato, ottimizzandone le capacità di combattimento e, sopratutto, estinguendone quanto più possibile i profili umani, in maniera tale che questi non siano presi dalla paura o dai rimorsi sul campo di battaglia. Il controllo globale delle truppe attive sul campo, PMC compresi, consente così alle superpotenze egemoni che ne usufruiscono di monitorare 24 ore su 24 le gesta e i sentimenti dei soldati schierati, e di ottenere da questi ultimi i migliori risultati possibili. Inoltre, l'avvento del sistema SOP ha portato con sé anche i nuovi ID Tag, applicati ad ogni mezzo o arma da guerra: ogni veicolo o, appunto, ogni arma attiva, sono dotati di un codice ID interno che ne assegna l'utilizzo solo al soldato dotato del corrispondente ID. In parole povere, ogni soldato può usufruire unicamente dell'arma di cui viene dotato, poiché, impadronendosi di un'altra, il riconoscimento automatico dei codici identificativi gli impedirebbe di utilizzarla, e ne bloccherebbe il funzionamento. Questo provvedimento, ulteriore accento sul controllo globale del campo di battaglia, impedisce così il proliferare di guerre incontrollate e, sopratutto, grandi azioni terroristiche: essendo sprovvisti di ID, infatti, gli eventuali estremisti non troverebbero armi funzionanti per i loro scopi. È in questo delirante clima di monitoraggio dell'essenziale e del superficiale, che Solid Snake afferma, a buon motivo, che "la guerra è cambiata".
Prologo : OLD SNAKE
Come veniva preannunciato dall'epilogo di Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, al termine dell'incidente di Big Shell, Solid Snake e Raiden cercano di mettersi sulle tracce del figlio che i Patriots avevano sottratto, fin dal giorno della sua nascita, alla sfortunata Olga Gurlukovich. Le ricerche di Snake non portano a nulla di buono e, anzi, questo inizia a preoccuparsi notevolmente quando si accorge che, col passare degli anni, il suo corpo è andato rapidamente deteriorandosi, in un vero e proprio processo di inspiegabile invecchiamento precoce. Nonostante tutto, i tre riescono o infine a rintracciare l'orfano della Gurlukovich, scoprendo che si tratta di una bimba, Sunny. Strappandola alle grinfie dei Patriots, Snake e il suo fedele amico, Hal "Otacon" Emmerich non possono far'altro che trascinarla con sé, nascondendo la bimba all'interno del loro aereo-fortezza: il Nomad. Col passare degli anni, Sunny dimostra un crescente interesse verso l'informatica e, spalleggiata anche dalle abilità e dai mezzi del dottor Emmerich, impara come muoversi abilmente all'interno di un computer, divenendo un vero e proprio talento dell'hacking e della programmazione. Intanto, Raiden fa perdere le sue tracce, e Snake ed Otacon si ritrovano, soli, a far fronte all'invecchiamento precoce e distruttivo del primo che, nel 2014, a soli 42 anni, ha ormai il viso e la pelle raggrinziti ed i capelli completamente bianchi, tralasciando i disagi e le disfunzioni atletiche e fisiche che questa senilità improvvisa gli comporta. Deciso a scoprire il motivo della sua malattia, Snake effettua delle analisi che, purtroppo, non lo conducono ai risultati sperati, annunciando semplicemente che il suo invecchiamento ha dell'inspiegabile. In questa situazione, con la personalissima convinzione di non avere ormai molto più di un anno di vita, quello che da Solid è ormai divenuto Old Snake, riceve una visita inaspettata: il suo vecchio comandante, il colonnello Roy Campbell, si mette sulle sue tracce, deciso ad assegnargli un'ultima e fondamentale missione.
Attraverso le sue parole, l'anziana Leggenda scopre che, nel precario equilibrio di guerra globale, cinque gruppi PMC sembrano avere in mano, da soli, un'enorme fetta dell'economia bellica. L'affare non suonerebbe in maniera così strana, se solo le cinque Compagnie Militari Private non appartenessero tutte ad una catena maggiore, la Outer Haven, che fa capo ad un unico ed ulteriore leader: Liquid Ocelot. Liquid Snake, la vecchia nemesi di Snake, il suo perfido ed inarrestabile gemello, che ha ormai preso il sopravvento sul corpo di Revolver Ocelot attraverso il braccio che quest'ultimo si era impiantato, pare essere sul punto, secondo Campbell, di lanciare una rivolta attraverso i suoi letali gruppi armati, sconvolgendo per sempre l'ordine mondiale. Le parole e gli intenti del colonnello sono diretti, lapidari: è necessario uccidere Liquid prima che la rivolta prenda piede, se si vuole salvaguardare l'ordine globale. Conscio di sapere dove trovare ancora, dentro sé, la forza di combattere un'ultima lotta per la salvezza del mondo, il Vecchio Snake parte alla volta del Medio Oriente, luogo in cui pare Liquid Ocelot si trovi, per affrontare la sua ennesima missione. Un vero e proprio omicidio su commissione, uno sporco lavoro per un sicario, non appoggiato ufficialmente da nessuna autorità mondiale.
Atto I : NO PLACE TO HIDE
Giunto in Medio Oriente, Snake si trova innanzi ad un vero e proprio focolaio di guerra: le truppe delle milizie locali stanno affrontando un violento scontro con la PMC Praying Mantis, una delle cinque forze controllate da Liquid Ocelot. Conscio che agire come al solito nell'ombra, senza atteggiamenti partigiani, può consentirgli di passare inosservato nei territori appartenenti ad entrambe le fazioni, Snake si addentra nel cuore dell'area Medio Orientale, alla ricerca di un gruppo di informatori del CID dell'Esercito USA che, secondo Campbell, dovrebbero fornirgli ulteriori indicazioni sulla posizione di Liquid all'interno della città. Lungo il cammino, però, Snake si imbatte invece in un misterioso e particolare uomo di colore, Drebin 893, che gli si presenta come un trafficante d'armi dell'associazione Drebin: rimuovendo i codici ID agli armamenti, questi è in grado di renderli utilizzabili da chiunque, anche e sopratutto da coloro che hanno un codice personale non corrispondente. La sua attività illecita, che interessa un'enorme catena di trafficanti sparsi in ogni punto del pianeta, dimostra così l'effettiva inaffidabilità del sistema di marchio a ID delle armi, che - secondo le autorità e come accennato in precedenza - dovrebbe salvaguardare il mondo dalla caduta delle armi sbagliate nelle mani sbagliate. In accordo con l'amico Otacon, con cui si tiene in contatto attraverso il piccolo robot Metal Gear MK II, che tiene sempre con sé, Snake decide di dare la sua fiducia a Drebin e, per poter usufruire dei suoi servigi, lascia che quest'ultimo gli inietti un nuovo tipo di nanomacchine inibitrici, in maniera tale da estinguere gli effetti delle nanomacchine di prima generazione che circolano nel corpo del Serpente fin dai tempi di Shadow Moses (2005). Dopodiché, Drebin si congeda, affermando di non essere altro che un commerciante in un'economia mossa e gestita dalla scacchiera della guerra.
Conscio di poter ora procurarsi, attraverso Drebin, qualsiasi arma di cui necessita, Snake riesce infine ad entrare in contatto con i suoi informatori, il RAT Patrol Team 01 del CID USA. Con suaenorme sorpresa, scopre che il comandante del piccolo manipolo di soldati non è altri che Meryl Silverburgh, sua ex compagna, sua alleata a Shadow Moses e figlia del colonnello Campbell. Felice di rincontrare Snake, seppur sconvolta per il suo invecchiamento precoce, Meryl presenta all'eroe i suoi compagni di team: un cecchino di colore amante dei tatuaggi e dalla profonda fede religiosa, Ed, un gigante sudcoreano, Jonathan, ed un imbranato tecnico esperto in trappole, Johnny "Akiba" Sasaki, che sia lei che Snake avevano già avuto modo di incontrare sull'isola di Shadow Moses. La giovane leader spiega a Snake di essere stata inviata in Medio Oriente con il suo team per monitorare le attività delle PMC presenti nell'area e, sopratutto, per una valutazione sull'effettiva minaccia che le armate di Liquid Ocelot potrebbero costituire in caso di rivolta. Venuto a conoscenza, attraverso Meryl, dell'ubicazione di Liquid, Snake fa il possibile per raggiungerlo e, trovatoselo innanzi, si apposta per falciarlo con un colpo letale. Quando sta però per tirare il grilletto, l'eroe rimane sorpreso ed esita: tutti i PMC che si trovavano attorno a lui, ignari della sua presenza, iniziano a contorcersi e ad urlare, come impazziti. Tra essi, anche il RAT Patrol Team 01. Nel bel mezzo di un inspiegabile ed improvviso agonizzare di decine e decine di soldati, Snake si accorge di essere a sua volta vittima di strani dolori e di una violentissima debolezza, al punto da trascinarsi a stento nella direzione di Liquid, con l'intenzione di finirlo. Le forze, però, gli abbandonano il corpo, e tutto ciò che Snake riesce a fare, prima di perdere misteriosamente i sensi in seguito alle tremende convulsioni che lo hanno scosso, è scorgere accanto a sé la dottoressa Naomi Hunter, che gli raccomanda di "adempiere al suo destino", prima di abbandonarlo lì. Ormai quasi incosciente, Snake si vede soccorrere da Akiba che, contrariamente a tutti gli altri soldati, non sembra riportare alcun malessere. Mentre Akiba lo trascina in salvo, Snake perde conoscenza.
Atto II : ENDLESS PAIN
Quando riprende conoscenza, Snake si ritrova sul Nomad, ed Otacon gli si fa' subito accanto, informandolo che le improvvise convulsioni che hanno colpito un gran numero di soldati impegnati in Medio Oriente sono state così violente da causare, a qualcuno di essi, perfino dei mortali arresti cardiaci. Saputo per bocca dell'amico che il RAT Patrol Team 01 è comunque uscito sano e salvo dall'accaduto, Snake assiste con lui ad un misterioso video-messaggio che Naomi ha inviato al Nomad: in esso, la donna afferma di essere stata trasportata da Liquid in Sud America, e da lui costretta a lavorare sul sistema SOP. Allarmata, la dottoressa chiede a Snake di venire a liberarla. Cosciente di dovere ancora eliminare Liquid, e da un altro lato felice di poter domandare ad un'autorità della medicina come la dottoressa Hunter le motivazioni del suo invecchiamento precoce, Snake parte verso il Sud America. Ignorando i violenti scontri che animano il tragitto tra un gruppo di ribelli avverso al nuovo regime e la PMC Le Pieuvre Armement (ovviamente di proprietà di Liquid) assoldata da quest'ultimo per mantenere l'ordine, Snake si imbatte per la seconda volta in Drebin, che lo mette in guardia: l'unità speciale delle PMC, la Beauty and the Beast Unit, si sta per mettere sulle sue tracce, con tutta l'intenzione di eliminarlo.
Guardingo, Snake continua ad avanzare, finché non viene contattato dal colonnello Campbell che, con collegamento audiovisivo, gli presenta un nuovo membro dello staff della missione: la psicologa Rosemary. Snake è stupito dal riconoscere in lei l'ex-fidanzata di Raiden, e di scoprire che quest'ultima è invece divenuta la moglie dello stesso colonnello Campbell, ulteriore motivo per cui sua figlia, Meryl Silverburgh, lo odia profondamente, definendolo un "donnaiolo pezzo di merda".
Dopo aver fatto la conoscenza di Rosemary, che gli chiede di tenere segreta la notizia del suo matrimonio con Campbell, Snake riesce a giungere fino al laboratorio in cui Naomi è tenuta prigioniera. La donna spiega che i misteriosi sintomi da cui i soldati sono stati affetti in Medio Oriente non erano dovuti ad un tentativo di manipolazione delle loro nanomacchine da parte di Liquid, ma semplicemente alla loro disattivazione: il rilascio improvviso delle emozioni e dei ricordi che queste sopprimevano all'interno dei loro corpi ha generato una vera e propria distruzione fisica e psicologica delle truppe. Si tratta dell'ennesima conferma, per Snake, che la guerra ha perso di vista ogni moralità: i soldati odierni uccidono senza remore per la mancanza di emozioni al loro interno, dovuta al controllo totale e dalle regolazioni che il sistema SOP - attraverso le nanomacchine - procura. Ma, se le nanomacchine verranno un giorno disattivate - proprio come, momentaneamente, ha fatto Liquid - le emozioni ed i ricordi repressi perché emotivamente shockanti verrebbero a galla tutti simultaneamente, causando in essi un disordine interiore senza precedenti.
Per eseguire ulteriori accertamenti su di Snake, Naomi lo sottopone a delle visite e gli preleva un campione di sangue. Al termine dei controlli, la dottoressa constata che l'invecchiamento precoce di Snake non è dovuto alla longeva presenza del virus FOXDIE, che lei stessa gli iniettò a Shadow Moses, con l'intento di vendicare l'uccisione del fratello Frank: la quarantenne senilità di Snake è invece semplicemente il processo ed il corso naturale a cui l'uomo è stato destinato fin dal giorno della sua nascita per clonazione, attraverso il progetto Les Enfantes Terribles. Consci di stare clonando un soldato leggendario come Big Boss, gli scienziati responsabili del progetto crearono i suoi figli sterili e con una breve durata della vita, in maniera tale che i loro geni - così preziosi a livello bellico e strategico - non cadessero nelle mani sbagliate. Con freddezza, Naomi diagnostica che a Snake rimangano più o meno sei mesi di vita, ormai. Già di per sé raggelato dalla notizia, Snake deve però affrontarne subito un'altra: i recettori del FOXDIE all'interno del suo corpo, nel corso dei 9 anni trascorsi dal giorno in cui vennero impiantati, hanno cominciato a mutare, e ben presto saranno totalmente rovinati. Le conseguenze di questa mutazione del virus saranno catastrofiche: i recettori non distingueranno più gli originari bersagli del virus, contagiando quest'ultimo a chiunque si avvicini a Snake, ed uccidendolo per apoptosi cellulare. Questo contagio incontrollato, che potrebbe dar vita ad una vera e propria epidemia mondiale, dovrebbe - secondo i calcoli di Naomi - avere inizio entro al massimo tre mesi. Distrutto dal Fato che gli è stato riservato, Snake scopre che l'unica via per evitare l'epidemia è la morte del corpo di colui che ospita il virus, ossia di se stesso. Con decisione, promette a Naomi che, al termine della missione, "ci libererò io entrambi dalla maledizione delle nanomacchine". Come se non bastasse, a quanto risulta dalle analisi, Naomi constata che nel corpo di Snake sia stato iniettato da poco un nuovo tipo di FOXDIE, i cui effetti sono totalmente sconosciuti.
Le notizie che Naomi ha da dargli, però, non sono ancora finite: la donna rivela che Liquid, disattivando le nanomacchine, non sta cercando di distruggere il sistema SOP controllato dai Patriots - delle misteriose entità che gestiscono il flusso della vita e delle informazioni a livello globale - ma semplicemente di prenderne il controllo. Il nome del suo progetto è fin troppo esplicativo: Guns of the Patriots. Il controllo del Sistema dei Patriots gli consentirebbe, infatti, di far sopravvivere unicamente il suo esercito e, dunque, di gestire a tutti gli effetti a suo piacimento l'intero globo. Quando Snake fa per portare in salvo Naomi, i due vengono però assaliti da alcuni membri dei corpi speciali delle truppe di Liquid, la FROG Unit, che Snake è costretto ad eliminare, ma solo per trovarsi innanzi ad un nuovo nemico: è Laughing Octopus, una delle donne della Beauty and the Beast Unit. Esitando innanzi alla totale follia che la guerra ha suscitato nella donna, Snake riesce comunque ad averne ragione.
Abbandonato il laboratorio, il Serpente si mette rapidamente sulle tracce della dottoressa, solo per ritrovarla prigioniera di una sua vecchia conoscenza: Vamp. Il sinistro vampiro, sopravvissuto miracolosamente a ben due proiettili in piena fronte, che gli furono riservati da Raiden e proprio da Snake su Big Shell, spinge Naomi all'interno di uno degli elicotteri di Liquid e, comunicando con quest'ultimo attraverso il suo cellulare, ordina di dare il via al secondo esperimento. Prima che qualsiasi cosa possa accadere, Snake tira con il suo fidato M4 dritto alla testa del rumeno, senza ottenere i risultati sperati: l'apparentemente immortale esperto di coltelli si accascia semplicemente senza sensi, sopravvivendo per l'ennesima volta. Quando le convulsioni lo fanno di nuovo loro preda, Snake comprende che quello che Vamp ha chiamato "secondo esperimento" è cominciato: tutte le truppe de Le Pieuvre Armement che si trovano attorno a lui mostrano i medesimi sintomi mostrati dalla Praying Mantis e dal RAT Patrol Team 01 in Medio Oriente, venendo rapiti da dolori improvvisi e da urla disperate. Per ovviare alle sue convulsioni, Snake utilizza un particolare e potentissimo farmaco in siringa che Naomi gli ha fornito mentre erano al laboratorio. Ripresosi dallo shock della nuova disattivazione delle nanomacchine, l'eroe trova l'insperato aiuto di Drebin che, pilotando il suo mezzo blindato, aiuta Naomi ad abbandonare l'elicottero di Vamp e offre un utile passaggio a Snake, scortandolo fino al punto d'incontro con Otacon, che li attende con il suo elicottero. In mezzo a soldati impazziti per via degli effetti collaterali dell'esperimento, e fuggendo da alcuni sistemi d'attacco militare automatizzati conosciuti come Gekko, Snake vede, poco lontano da sé, un vecchio amico: Raiden. Il ragazzo, che sembra aver assunto le sembianze di un ninja, maneggiando la sua spada si scontra acrobaticamente con i Gekko, coprendo le spalle a Snake, mentre questo è in fuga. L'ex-compagno di Rosemary si trova però in difficoltà quando è costretto al faccia a faccia con il redivivo Vamp e, al termine dello scontro con l'immortale, ha appena le forze di raggiungere Snake, Otacon e Naomi sull'elicottero. Sussurrando semplicemente "Big Mama, Europa dell'Est", il ragazzo sembra prossimo alla morte, quando lascia arrendere il suo collo e, dopo aver vomitato sangue, si accascia sotto gli sguardi impotenti di Naomi e Snake.
Atto III : GUNS OF THE PATRIOTS
Tornato sul Nomad, Snake lascia che Naomi e Sunny si occupino delle cure di cui Raiden necessita per sopravvivere. La dottoressa instaura un rapporto di materna e tenera complicità con la bimba, e rimane stupita quando il dottor Emmerich le rivela che Sunny è in realtà un hacker ed una programmatrice prodigio. Anche al cospetto di Snake, e dopo aver effettuato qualche ricerca, la dottoressa Hunter rivela che Liquid sta effettuando degli esperimenti per tentare l'accesso al sistema Sons of the Patriots: la password richiesta dallo stesso sistema per spalancargli le sue porte, infatti, non è che il preciso codice genetico di Big Boss, nonché i suoi dati biometrici. Dopo aver effettuato il primo tentativo in Medio Oriente inserendo come password il suo stesso codice - essendo figlio clonato di Big Boss - Liquid ha effettuato un secondo tentativo in Sud America, utilizzando i dati che Naomi aveva prelevato a Solid Snake durante la sua visita medica. In entrambi i casi, però, i risultati sono stati ben lungi da quanto Liquid Ocelot non si fosse auspicato, ed ora è deciso a rintracciare definitivamente il cadavere di Big Boss. Tutte le informazioni in possesso di Liquid lo conducono all'Europa dell'Est, al misterioso gruppo di Resistenza del Paradiso Perduto, capeggiato dall'ombrosa Big Mama. Sembra infatti che proprio Big Mama custodisca ciò che resta del corpo del leggendario soldato perfetto, mantenendolo - attraverso dei macchinari - allo stadio di biomorto. Deciso a rintracciare il cadavere di Big Boss prima che lo faccia Liquid, e lì diretto anche perché Naomi e Sunny rintraccino il dottor Madnar affinché si prenda cura di Raiden, Snake parte nuovamente, questa volta in direzione dell'Europa dell'Est.Durante la prima notte di viaggio aereo, però, avviene una svolta: Otacon e Naomi, mentre Sunny e Raiden sono addormentati e Snake finge di esserlo, entrano in confidenza e la donna, civettuola quanto basta per turbare il dottor Emmerich - del quale si è infatuata fin da quando lo ha scorto in Sud America - alla fine lo trascina con sé all'interno del loro elicottero, posteggiato nel ventre del Nomad. È lì che i due, mentre il viaggio prosegue, trascorrono una dolce ed intima notte insieme.
Giunto alla stazione della città in cui troverà Big Mama, Snake viene aiutato da Meryl ad eludere i controlli della PMC che si occupa del coprifuoco locale: la Raven Sword. La ragazza trattiene Snake a parlare per un po', e cerca in tutti i modi di farlo rinunciare al suo incarico, affermando che se ne occuperà lei in via ufficiale: dopo il disordine causato da Liquid in Medio Oriente, pare infatti che il presidente USA si sia convinto della minaccia che le truppe di quest'ultimo costituiscono per l'intero pianeta, e ha fornito alla Silverburgh un'intera squadra congiunta di truppe dell'Esercito e della Marina. Sorridendo, Meryl afferma di avere ora così tanti uomini da non sapere cosa farci, e che non vi è quindi alcun bisogno per Snake di mettersi inutilmente a rischio solamente per compiere un incarico da sicario. Il Serpente non si lascia però convincere dalla premura della ragazza che, infastidita e ancora visibilmente sensibile all'amore nei suoi confronti, si congeda invitandolo semplicemente ad aprire gli occhi innanzi alla realtà e a non intralciare le azioni delle forze armate da lei coordinate.
Ben attento a tenersi lontano dagli uomini di Raven Sword, Snake pedina con circospezione uno dei membri dell'Esercito del Paradiso Perduto, giungendo così fino al covo in cui potrà incontrare Big Mama. Una volta trovatosi innanzi alla donna, l'uomo è costretto a fare, attraverso le parole di quest'ultima, una scoperta sconvolgente: Big Mama non è altri che sua madre, la donna che prestò il grembo, nel 1972, al progetto Les Enfantes Terribles, partorendo due gemelli, Solid Snake e Liquid Snake. Big Mama, rivolgendosi maternamente al figlio con l'appellativo di 'David', gli rivela inoltre di essere EVA, la donna che, nel 1964, conobbe ed affiancò Big Boss - padre di Snake - per conto della Cina nell'Operazione Snake Eater, nell'area sovietica di Tselinoyarsk. Fu allora che EVA si innamorò di quello che era conosciuto con l'originario nome di Naked Snake: pochi anni dopo, furono loro due, insieme a Major Zero, Para-Medic, SIGINT e al giovane Ocelot - tutti ex collaboratori di Big Boss - a fondare i Patriots. Ciascuno di essi voleva infatti eternare il messaggio che la leggendaria eroina The Boss aveva lasciato ai posteri, morendo durante l'Operazione Snake Eater. Ben presto, però, le visioni dell'uno si scontrarono con quelle dell'altro, e Big Boss e Major Zero entrarono in inimicizia: smanioso di controllo militare il primo, vorace di un ordine globale e geometrico il secondo, i due uomini separarono i loro sentieri, e Zero approfittò di un grave incidente di Big Boss per dare il via, quando questi era in coma, al progetto Les Enfantes Terribles: dopo l'abbandono dei Patriots da parte di Big Boss, infatti, il maggiore inglese voleva eternare l'icona che quest'ultimo era divenuto, e creare delle sue copie perfette, dei cloni esattamente identici all'originale, sarebbe stato l'ideale per fare in modo che il mondo rimanesse devoto - ed obbediente - ad una imperitura leggenda. Major Zero era però così ossessionato dal controllo del presente e del futuro che realizzò una digitalizzazione del suo sistema di gestione dell'ordine mondiale, che sarebbe proseguito, anche dopo la sua morte, attraverso dei proxy, delle intelligenze artificiali (IA). Queste IA sopravvivono tutt'oggi, e sono costituite da quattro unità secondarie: GW, TJ, TR e AL (iniziali dei presidenti scolpiti sul monte Rushmore). Le quattro unità secondarie sono infine gestite da un'unità virtuale madre, JD, ossia John Doe. Così, guidate da JD, le IA di GW, TJ, TR e AL monitorano notte e giorno le informazioni, l'ordine, l'economia ed ogni singolo aspetto della vita quotidiana globale. Sebbene Snake ed Otacon fossero convinti di aver distrutto GW sulla Big Shell, in realtà il virus che questi ultimi avevano fatto infiltrare nel sistema è riuscito unicamente a deframmentare l'IA, senza distruggerla: per di più, ora GW - che gestisce le informazioni militari del mondo - è in mano a Liquid Ocelot: quando questi riuscirà ad avere accesso al Sistema, potrò controllare la guerra su scala mondiale. Big Mama mostra a Snake la pisside - un furgone - in cui è tenuto il cadavere biomorto di Big Boss, quando il suo nascondiglio viene scoperto dalle truppe di Liquid. Come nel 1964, la donna torna in sella alla sua moto Triumph e, aiutata da Snake, cerca di sfuggire all'assedio di Raven Sword, della FROG Unit e, sopratutto, delle truppe aeree - gli Slider - coordinate da Raging Raven, un'altra delle donne della Beauty & the Beast Unit.
La moto di Big Mama viene però coinvolta in un violentissimo incidente, e la donna - pur rimanendo cosciente - è gravemente ferita. Snake affronta e sconfigge Raging Raven, e porta sua madre alle sponde del fiume Volta, dove la pisside di Big Boss era stata portata in salvo con successo. Al loro arrivo al fiume, però, la scoperta è sconvolgente: Liquid si è già impadronito del corpo di Big Boss, e ne ha estratto tutti i dati necessari ad assumere il controllo globale del Sistema. Dopo uno scontro impari con il fratello, in cui Solid esce piuttosto malconcio, Liquid sale a bordo della sua nave militare e fa per allontanarsi lungo il Volta, portando con sé non solo alcune soldatesse della FROG Unit ed il fedelissimo Vamp, ma anche - con l'enorme stupore di Snake - la dottoressa Naomi Hunter, che sembra aver cambiato improvvisamente bandiera. Il tragitto di Liquid è però bloccato da un nemico inaspettato: il RAT Team Patrol 01, a bordo di una nave d'attacco, intima l'alt e, quando l'ordine viene ignorato da Liquid, Meryl chiama in schiera tutte le truppe che il presidente USA le ha fornito. Il dispiegamento di forze è impressionante: navi, elicotteri ed enormi jeep sbarrano qualsiasi possibile via di fuga a Liquid e i suoi che, impossibilitati a qualsiasi reazione, devono smettere di avanzare.
Ma Meryl ed i suoi uomini non possono nemmeno sospettare quanto sta per accadere: quando Snake, insieme a Big Mama, riesce a trascinarsi a bordo della nave del RAT PT 01, Liquid inizia a gesticolare in maniera preoccupante: prima ancora che Meryl ed i suoi riescano a sparare, il perfido gemello di Snake prende in mano il Sistema. Il risultato è terribile: tutte le armi ed i mezzi delle forze USA vengono bloccati e resi innocui all'istante, e Liquid - soddisfatto - non può non sottolineare di aver finalmente il controllo totale dell'SOP. Ordinando anche l'ennesimo violento rilascio delle emozioni dei soldati proprio attraverso l'SOP, l'uomo non si accontenta di vederli dimenarsi ed urlare, ordinando alle sue FROGS di aprire il fuoco su questi ultimi e sterminarli. Se Meryl, nonostante la crisi emotiva dovuta all'SOP, riesce a mettersi al riparo e a spingere a terra Akiba prima di farlo, Ed e Jonathan vengono investiti dalla violentissima raffica che gli viene riservata. Il massacro delle centinaia di soldati USA è totale e sanguinario, e Naomi - responsabile della mostruosità che il controllo delle nanomacchine ha causato - può solo chiudere gli occhi e lasciarsi divorare dai sensi di colpa. In mezzo alle urla e agli spari, Liquid alza le mani al cielo ed urla: "Stai guardando, Zero? Ammira la vittoria! Ammira... Guns of the Patriots!". Nel suo folle ruggito di trionfo, il suo piano è chiaro: distruggere i Patriots di Zero, ed assumere il totale controllo del Sistema. Con innanzi a sé un'infinita distesa di cadaveri, l'appetito sanguigno di Liquid Ocelot non è ancora pago: rivolge i cannoni verso la nave del RAT PT 01, e la centra in pieno. Ed e Jonathan vengono subito sbalzati nelle acque del Volta, mentre Akiba, nel vano tentativo di soccorrere Meryl, viene ingoiato dalle acque del fiume, e, in un disperato abbraccio, trascina la donna con sé. Sulla nave del RAT PT 01, accasciati e feriti, non rimangono che Snake e Big Mama. Mentre li oltrepassa con il suo mezzo, Liquid restituisce loro i resti del cadavere di Big Boss: in un gesto di una spietatezza estrema, ordina a Vamp di gettare tra le fiamme che si sono sprigionate in seguito all'esplosione sulla nave del RAT PT 01 ciò che rimane del vecchio eroe leggendario, e a nulla serve il vano tentativo di Big Mama di gettarsi sul fuoco per salvare il cadavere dell'amato. Disperato, Snake si fa a sua volta divorare dalle fiamme per spingere via sua madre: il fuoco avvolge e ustiona gravemente entrambi, al punto che Snake rimane sfigurato sulla parte sinistra del volto. Soddisfatto, Liquid se ne va lungo il Volta, lasciandosi alle spalle centinaia di morti, un uomo ed una donna consumati dalle fiamme e, sopratutto, un cadavere indegnamente carbonizzato. Lo scenario del Volta si dipinge di morti che galleggiano nelle sue acque e di gemiti disperati dei feriti. Ed e Jonathan, sopravvissuti alla raffica e alla cannonata, sono riusciti perlomeno a trascinarsi sulle sponde del fiume, mettendosi in salvo. Diversa, invece, la sorte di Meryl e Akiba: il secondo, cosciente ed immune agli effetti destabilizzanti dell' SOP, è riuscito a trascinare la prima fino alla riva del fiume. In pochi istanti, però, il giovane si accorge che la ragazza ha smesso di respirare, e solo quando le palpa sul collo una debole pulsazione del cuore, prende coraggio per tentare una disperata rianimazione. Con la voce strozzata per la paura di perderla, Akiba mette da parte il rispetto gerarchico che li divide e, effettuando il massaggio cardiaco e la respirazione bocca a bocca, la chiama semplicemente per nome, implorandola di non lasciarlo. È solo grazie alla sua premura e alla sua prontezza che, dopo diversi istanti di incoscienza, Meryl riprende a respirare. Debolissima ma ancora viva, la ragazza riesce solo a tirarlo a sé e a baciarlo sulle labbra per ringraziarlo. Akiba la aiuta a tirarsi su e, timidamente, le chiede di chiamarlo Johnny.
Anche Snake e Big Mama, intanto, sono riusciti a riguadagnare la riva del fiume: feriti allo stremo delle forze, i due si abbracciano e, quando la donna cerca per un'ultima volta la mano del figlio, allo stremo delle forze, riesce solamente ad arrendersi alla morte. Incapace di fare qualsiasi cosa, Snake può unicamente lasciarsi soccorrere dall'onnipresente Drebin, che lo porta via dal bagno di sangue che il Volta è diventato.
Atto IV : COLD MEMORIES
Nuovamente sul Nomad, Snake - con il viso sfigurato dalle fiamme celato da una fasciatura - si accosta al computer di Otacon per visualizzare un video che il piccolo Metal Gear MK II è riuscito a filmare, balzando al momento opportuno sulla nave di Liquid che si allontanava lungo il Volta. Il dottor Emmerich non può capacitarsi dell'apparente voltafaccia di Naomi, di cui si era innamorato, mentre deve ammettere che le intenzioni di Liquid sono ormai fin troppo chiare: per ottenere il controllo totale del Sistema a lui accessibile, Liquid deve liberarsi del satellite dell'unità centrale, JD, in maniera tale da lasciar sopravvivere solamente GW, di cui si è impossessato.Ma come si può abbattere un satellite se tutte le armi di distruzione di massa che potrebbero servire allo scopo sono state necessariamente disattivate sul Volta, per impedire le reazioni di qualsiasi truppa dotata di armamenti con ID? In un mondo in cui la guerra è stata arrestata dalle folli gesta di un solo uomo - Liquid, che ha disattivato l'SOP, e con esso tutte le nanomacchine e le armi marchiate da ID - esiste solamente un'arma non marchiata, con capacità di lancio nucleare: il cannone a rotaia del vecchio Metal Gear REX. Il sospetto di Otacon viene confermato da una comunicazione di Mei Ling, ora giovane comandante della Marina, che spalleggiò Snake via radio a Shadow Moses, nove anni prima: stando a quanto la ragazza è riuscita a scoprire dalla sua nave da guerra, la Missouri - che staziona generalmente alle Hawaii come nave scuola - pare proprio che Liquid sia diretto a Shadow Moses, dove il REX giace abbandonato. Facendo fronte anche alla rassegnazione di Otacon, alle cui parole "Abbiamo perso, non abbiamo mai avuto la possibilità di farcela" semplicemente risponde "Non si tratta di vincere o perdere: noi abbiamo iniziato tutto questo, ed è nostro dovere mettergli termine", Snake deve anche sedare l'interminabile dolore di Raiden che, martoriato dalla sua debolezza e dalla sua solitudine, prega l'eroe di portarlo con sé a Shadow Moses. Ma la risposta del Serpente è lapidaria: "Tu puoi ancora brillare nelle tenebre. Io non ho futuro". Ed il suo volto divorato dal fuoco, liberato dalle bende, è il punto definitivo della questione: senza paura, Snake trova la forza di tornare a Shadow Moses, il luogo in cui, nove anni prima, ha visto cominciare quell'incubo chiamato Liquid.
Avanzando nei meandri della base tormentato dai ricordi e dalle martellanti voci di Otacon, Fox, Liquid, Meryl, Mei Ling, Campbell, Raven e Wolf, il Serpente trova ad attenderlo al Nevaio l'ennesimo membro della Beauty & the Beast Unit: Crying Wolf. Al termine dell'epico scontro, è ancora una volta lui ad uscirne vincitore, e si addentra sempre più in profondità nella base, la cui sorveglianza è stata affidata alle truppe elettroniche automatiche della PMC Werewolf, ovviamente di proprietà di Liquid. Consapevole che si troverà ben presto davanti a Naomi, e mentre muove gli ultimi passi per raggiungere ciò che rimane del REX, Snake è scosso da un flashback della donna, dalle parole che, vivide e lapidarie, Naomi stessa gli rivolse nove anni prima: "Tu uccidesti mio fratello. Io giurai vendetta". E alla sua replica, "Non posso morire proprio ora", Snake ricorda ancora la gelida risposta della Hunter: "Io giurai vendetta".
Avanzando, il Serpente raggiunge finalmente quella che fu l'arena del suo scontro con il Metal Gear, scoprendo che il cannone a rotaia del REX è già stato rimosso e portato via da Liquid. Mentre si domanda come sia ora possibile cercare di fermare la sua nemesi, Snake è costretto ad un micidiale e violento scontro con Vamp: ingegnandosi, l'uomo comprende che l'immortalità del rumeno è dovuta unicamente alle sue nanomacchine - capaci di rimarginare le ferite in tempi inumani - e, utilizzando una delle siringhe che Naomi gli fece avere in Sud America, gliele disattiva. Sorpreso dalla sua astuzia, Vamp non può però ultimare lo scontro con Snake: alla disperata ricerca della sua morte, ingaggia battaglia con Raiden che, dopo essersi ristabilito dalle ferite, ha raggiunto Shadow Moses per aiutare Snake. Mentre i due maestri dell'arma bianca si contendono la vita e la morte, Snake respinge l'attacco di un'orda di Gekko kamikaze, lì inviati da Liquid affinché causassero l'esplosione e la distruzione totale di Shadow Moses. Sconfitta momentaneamente la minaccia, l'eroe assiste al colpo finale di Raiden su Vamp, che crolla a terra sconfitto e, finalmente, moribondo. Nella sanguinosa scena, Naomi compare alle spalle di Snake, informandolo che Liquid si è impadronito di una nave-fortezza, dalla quale lancerà il suo attacco contro il satellite JD: la Outer Haven. Proprio all'interno della sua nave, Liquid custodisce anche il cervello centrale di GW. Mentre ricorda a Snake che entro pochi mesi il suo FOXDIE mutato diventerà un'arma di distruzione di massa - e che gli sarà necessario uccidersi prima che questo avvenga - Naomi decide di espiare tutti i peccati di cui le sue nanomacchine l'hanno macchiata: rivela così di essere affetta da un cancro mortale, che solo le sue stesse nanomacchine sono riuscite a rallentare. Decisa, utilizza una delle sue iniezioni per disattivare l'azione inibitrice di queste ultime, consegnandosi alle lente mani della morte.
Disperato, attraverso l'occhio elettronico del suo nuovo Metal Gear MK III, Otacon assiste alla lenta e dolorosa agonia della donna di cui si era innamorato. Naomi si accascia con quiete, quando Raiden le comunica un messaggio da parte di Sunny: "le ho cucinate bene", apparentemente riferito alle uova che la bambina aveva appreso come preparare proprio grazie alla dottoressa.
Prima di spirare, mentre Snake e Raiden decidono di abbandonare la base - ormai prossima all'esplosione a causa di una nuova ondata di Gekko Kamikaze - a bordo del redivivo Metal Gear REX, Naomi sussurra le sue ultime parole, rivolgendole simbolicamente ad Otacon: "promettimi che porterai avanti il nostro intento". Nonostante il suo atteggiamento, ambiguo fino al momento della sua morte, è manifesta la sua intenzione di volere la distruzione di Liquid e dei suoi progetti. Mentre copre la fuga di Snake, Raiden assiste all'esplosione della base di Shadow Moses e, facendo per abbandonarla, rimane schiacciato sotto un cumulo di macerie, che lo bloccano sull'uscita. Rimasto solo, Snake si ritrova faccia a faccia con un Metal Gear RAY pilotato da Liquid, che ingaggia lo scontro: è il primo dei due ad avere la meglio, ma a caro prezzo.
Quando, abbandonando il REX, fa per inseguire il fratello in fuga, Snake è ferito e debolissimo. L'emersione della Outer Haven dalle acque dell'Alaska, a pochi metri da lui, lo consegna definitivamente alla debolezza: Snake crolla in ginocchio, e la gigantesca fortezza marittima gli si fa addosso per travolgerlo, squarciando l'isola di Shadow Moses. Assistendo alla scena, Raiden - pur di liberarsi dalle macerie che lo hanno sepolto e pur di aiutare Snake - recide con la spada il suo braccio destro - intrappolato sotto ai massi - e si getta addosso all'Outer Haven. Proprio come fece Gray Fox a Shadow Moses, Raiden trattiene con le sue sole forze l'enorme mezzo, invitando Snake a fuggire e mettersi in salvo. La spinta della fortezza però si rivela troppo forte perfino per il potente esoscheletro di Jack che, infilzandosi un piede al suolo per sostenere lo sforzo, è infine costretto a cedere, e viene violentemente travolto e stritolato dalla Haven, sotto gli impotenti occhi di Snake. Il suo ultimo urlo, così spontaneo e disperato, si incide per sempre nelle orecchie del Serpente: "Rose". Stremato dalla fatica, Snake si accascia innanzi a tutto ciò che gli rimane di Raiden - la sua spada - mentre la Haven si allontana e si inabissa nuovamente nel Mare di Bering, non lasciandosi però minimamente spaventare dall'arrivo della nave scuola di Mei Ling, la Missouri, che si avvia verso la costa di Shadow Moses per recuperare il povero Old Snake...
Atto V : FOR LIBERTY
A bordo della Missouri, Snake riprende le forze nella Sala Briefing di quest'ultima, dove - insieme ad Otacon, Meryl, Johnny e alcuni soldati USA, assiste alla coordinazione del piano finale tenuta da Mei Ling: la Missouri si è posta all'inseguimento della Haven che, per colpire il satellite di JD nel momento di perigeo, dovrà emergere dagli abissi e aprire la sua calotta superiore, svelando l'interno. In quel momento, avanzando a velocità costante quando la Haven sarà già in sosta, la Missouri la affiancherà e, attraverso apposite catapulte, lancerà al suo interno una squadra d'attacco. Gli uomini che si infiltreranno nella Haven avranno un doppio obiettivo: raggiungere la Sala Server di GW per inserire in quest'ultimo un distruttivo cluster worm, ed impedire al contempo il lancio del missile da parte del cannone a rotaia. Tutti i presenti hanno però un moto di paura quando Mei Ling rivela che - come Naomi ha lasciato detto - la Sala Server di GW è protetta da un corridoio a microonde, in cui è praticamente impossibile introdursi sperando di sopravvivere. Alle sue parole, solo Snake mostra una nota di consapevole ed eroico sarcasmo: "devi augurarti di morire per entrarci: un lavoro perfetto per me". Quando, al ricordo della tragica morte di Naomi - e del fatto che, da qualsiasi parte fosse schierata, non voleva altro che fermare Liquid - l'intero gruppo ha nuovamente un crollo d'umore, che Mei Ling prova a risanare con uno dei suoi proverbi: "Le parole dei moribondi attirano l'attenzione come una profonda armonia. Non si fa spreco di parole, quando ne rimangono poche". Nonostante la bellezza del concetto espresso, il proverbio riesce solo a peggiorare ulteriormente la condizione mentale del gruppo.Nonostante i tentativi di persuasione di Otacon quando i due rimangono da soli nella sala, Snake è deciso: sarà lui a sacrificarsi per superare il corridoio a microonde. Poche ore dopo, la Haven è immobile ed apre la sua calotta, mentre la Missouri la raggiunge e la affianca. Sul ponte della nave di Mei Ling, Snake, Meryl e Johnny si avviano verso le catapulte e, simbolicamente, verso una vera e propria missione suicida. Mentre imperversa una battaglia navale tra i due colossi del mare, il colonnello Roy Campbell parla alla squadra d'attacco, ricordando a questi ultimi che si tratta della loro ultima possibilità di salvare il mondo da Liquid. Infine, l'anziano veterano rivolge delle parole alla figlia, affermando che "non importa ciò che accadrà, io ti sarò accanto fino alla fine. Tu sei il mio orgoglio e la mia gioia". Nonostante quello che lei definisce odio per suo padre, Meryl si lascia commuovere e, determinata ad uscire viva dalla Haven, alza lo sguardo al cielo e si asciuga le lacrime, richiamando a sé tutto il coraggio di cui necessita per sopravvivere.
Quando la Haven e la Missouri sono perfettamente allineate, il momento del lancio è giunto: le catapulte vengono attivate, ed i tre membri della squadra d'attacco sono lanciati verso la fortezza mobile di Liquid. Sfortunatamente, Johnny prende una traiettoria errata e si schianta sul bordo della Haven, precipitando verso l'oceano. La catapulta di Meryl, invece, difetta lievemente al momento del lancio, imponendole una traiettoria differente rispetto a quella di Snake e, quindi, separandoli. I due prendono ad avanzare separatamente sul ponte, quando una comunicazione con Meryl viene sospesa da un turbinare di spari. Preoccupato, Snake si inoltra lungo il ponte eludendo le centinai di membri della FROG Unit che lo presidiano, e raggiunge la spettacolare sala comandi della Haven, un ambiente ottagonale al cui centro giganteggia un ologramma del globo terrestre. È lì che il Serpente rinviene il corpo di Meryl, e - prima di poterla soccorrere - è aggredito dalle FROGS. Affrontato l'assedio di queste ultime, si ritrova però innanzi ad un nuovo nemico: Screaming Mantis, l'ultimo e principale membro della Beauty & the Beast Unit. Sottoponendola ad un controllo mentale attraverso le nanomacchine, Mantis costringe Meryl a tirarsi su e a spararsi alla tempia con la sua Deagle. Prima che questa possa farlo, però, uno stoico Johnny - che ha riguadagnato con le sue sole forze l'interno della Haven - centra con il suo M82A2 il punto debole di Mantis, facendole perdere il controllo di Meryl. Ma la perfida donna ha ancora parecchie carte da giocare: costringe a rialzarsi le FROGS sconfitte e, controllandole, le spinge a far fuoco su di Meryl. Johnny, disperato, le fa da scudo, e viene investito da una violentissima raffica, da cui Meryl, gettandosi al suo braccio e spingendolo via, riesce a sottrarlo solo dopo diversi istanti, rimanendo a sua volta seriamente ferita.
Rimasto il solo in forze, Snake riesce ad avere la meglio sulla Bestia e sulla Bella e, quando fa per proseguire, incrocia Meryl che, ferita, si è trascinata fin quasi sulla porta che le avrebbe permesso di proseguire. Nonostante le ferite, la ragazza si decide a proteggere Snake dall'assedio delle nuove FROGS in arrivo, coprendogli le spalle e conscia che potrebbe trattarsi del suo definitivo addio all'eroe della sua infanzia. Dopo un pianto liberatorio, Meryl apre il fuoco sulle FROGS e corre al riparo e - convinta anche che Johnny sia rimasto ucciso nello scontro con Mantis - rivolge al suo eroe delle simboliche e decise parole, prima che questo si congedi, andando avanti: "ci incontreremo ancora... dall'altra parte."
Da sola, e senza più alcun SOP su cui contare, Meryl resiste all'assedio delle decine di FROGS, fin quando non scopre di avere un solo proiettile rimanente, a fronte delle centinaia di nemici che continuano ad assediarla. Richiamando a sé il coraggio, si espone per esplodere l'ultimo colpo e, rimasta disarmata, evita disperatamente la raffica che le viene esplosa contro. Quando sta però per essere colpita, Johnny, pur ferito, fa l'ennesimo ritorno, sorprendendo i nemici alle spalle e soccorrendo Meryl, portandole anche nuove munizioni. Combattendo al suo fianco, Johnny rivela a Meryl di aver sempre evitato le iniezioni di nanomacchine e che, per questo motivo, non riusciva a coordinarsi tramite SOP con il resto del RAT PT 01. L'altra faccia della medaglia, scaturita dalla semplice paura di Akiba per gli aghi, è che gli esperimenti che Liquid ha condotto in Medio Oriente e in Sud America, e lo sconvolgimento sul Volta, non hanno avuto effetti su di lui. Nel bel mezzo della loro resistenza, Johnny rivela a Meryl di essere sempre stato innamorato di lei, fin dai tempi di Shadow Moses, e le domanda di sposarlo. Dopo un po' di esitazione, e proseguendo la sparatoria fino al punto da venire nuovamente feriti entrambi, Meryl acconsente, e affermando "voglio essere una sposa, è il mio sogno da quando ero ragazzina", chiude la bocca a Johnny con un bacio, prima di riprendere a lottare al suo fianco contro le FROGS, che proseguono il loro spietato assedio.
Superate le prime difficoltà, intanto, Snake - già allo stremo delle forze - viene soccorso da Raiden, sopravvissuto al drammatico travolgimento da parte della Haven, che cerca in tutti i modi di convincerlo a lasciare che sia lui ad affrontare il corridoio a microonde. Nonostante la debolezza, Snake non si abbatte, e lascia dietro di sé un Jack senza più braccia, disposto a lottare contro le FROGS presenti in quel corridoio anche solo tenendo la sua spada con la bocca, pur di coprire Snake.
Il corridoio a microonde è la vera agonia dell'eroe che, affiancato da Otacon attraverso il MK III, perde via via le forze, strisciando verso il suo obiettivo - la sala di GW - con la sola forza di volontà. Mentre il corpo e l'uniforme di Snake cadono a brandelli, la Missouri di Mei Ling viene letteralmente invasa dai Metal Gear RAY della Haven, che si preparano a distruggerla. Raiden viene disarmato ed infilzato dalle lame dei nemici, mentre Meryl e Johnny vengono ripetutamente trapassati dai proiettili delle troppo numerose FROGS che stanno affrontando. Finalmente, uno Snake quasi agonizzante riesce a raggiungere la Sala Server di GW e, attraverso il MK III, introduce il cluster worm all'interno del cervello elettronico di quest'ultima. Mentre Otacon programma l'azione del virus, Snake viene sepolto da un'invasione di aggressivi Gekko nani, Raiden - a terra - sta per essere finito dai nemici, un RAY sta per polverizzare la cabina di comando della Missouri con il suo idrogetto e Meryl esplode l'ultimo proiettile ancora a sua disposizione, prima di afferrare la mano di Johnny e attendere di essere uccisa insieme a lui.
Ma la tempestività del cluster worm salva la vita a ciascuno di loro: infettato GW, i Ray, i Gekko e le FROGS impazziscono letteralmente, cessando i loro attacchi e divenendo innocui. Sorpreso, però, Otacon scopre che il virus progettato da Naomi e in seguito sviluppato dalla piccola Sunny ("le ho cucinate bene" significava che la bimba aveva terminato la progettazione del worm) non si limita alla distruzione di GW, ma attacca l'IA di JD e la cancella, salvando solamente le strutture di quest'ultima che gestiscono la base della moderna società, come la comunicazione, la cultura, il cibo, i trasporti, l'energia. A sorpresa, il worm ha quindi cancellato l'IA centrale, JD, insieme al più piccolo GW. Al termine dell'operazione, sugli schermi della sala server compare un ultimo videomessaggio lasciato da Naomi, che spiega la sua nobile intenzione di rimediare alla creazione del virus FOXDIE mediante il nuovo cluster worm, FOXALIVE, che non avrebbe ucciso, ma salvato l'intero mondo.
Quando Snake perde i sensi, stremato, rinviene con innanzi a sé Liquid Ocelot che, trionfante, gli rivela che proprio la distruzione dei Patriots - e non l'impadronirsi del loro Sistema - era stato il suo intento fin dal principio. Dopo un epico scontro, in cui Old, innanzi a Liquid, ha nuovamente il vigore e la forza del Solid di una volta, Ocelot si accascia a terra senza vita, con un'ultima, enigmatica, affermazione: "io sono l'alter-ego di Liquid". Snake non ha tempo o voglia di interrogarsi ulteriormente sulle sue parole, ed abbandona per sempre la Haven al fianco di Otacon.
Il dottor Emmerich, a bordo del suo elicottero, osserva il mare finalmente in pace e, saggiamente, si domanda "Cosa abbiamo perso? Cosa abbiamo salvato?". Il mondo sarà davvero migliore senza i Patriots? Che cosa accadrà nel futuro? Quale futuro l'umanità saprà scriversi di per sé? Le incognite sono tante, ma la certezza di avercela fatta, di essere ancora vivi, culla gli eroi di Outer Haven, conducendoli ciascuno al proprio epilogo.
Epilogo : EVERYTHING BEGINS
Innanzi ad uno specchio, all'interno del Nomad in compagnia di Mei Ling, Meryl indossa il suo abito da sposa. Quando suo padre, Roy Campbell, le si fa accanto per farle le congratulazioni, dopo l'esitazione iniziale Meryl lo avvicina e lo perdona per tutti i suoi sbagli, ammettendo a lui e a se stessa di volerlo avere accanto. Roy accompagna la figlia verso quello che a breve sarà suomarito, Johnny Sasaki, ed i due vengono uniti in matrimonio da Ed, sotto agli occhi degli altri invitati, Jonathan, Otacon, Mei Ling e Sunny. A breve, anche Drebin si unisce alle celebrazioni e, con una splendida cascata di fiori bianchi che quest'ultimo - abile prestigiatore - fa comparire, Johnny bacia sua moglie, pronto a regalarle una nuova, felice, vita insieme a lui. Quando Mei Ling domanda ad Otacon dove sia finito Snake, quest'ultimo si volta, evitando abilmente di darle una risposta sincera.Dotato nuovamente delle sue braccia naturali, Jack giace in un tetro letto d'ospedale, solo e tormentato. Quando la sua ex-donna, Rosemary, fa il suo ingresso nella stanza accompagnata da un bimbo, il ragazzo sembra non avere nessuna intenzione di ascoltarla, ma Rose fa valere le sue ragioni, e gli rivela la verità: non è mai stata sposata con Roy Campbell, che ha finto di essere suo marito semplicemente per nasconderla dai Patriots, e mettere in salvo il bambino. Quello che Jack credeva essere il figlio di Campbell, John, è in realtà il suo stesso figlio, che Rose aspettava da lui al termine di Big Shell, già nel 2009. Incredulo, Jack si stringe addosso alla sua donna e a suo figlio, promettendole di aver smesso di fuggire. Dal canto suo, Rosemary - in lacrime - promette di essere madre e moglie degna della loro famiglia.
Snake ricorda le parole di Naomi: deve porre fine alla sua vita prima che la mutazione del FOXDIE all'interno del suo corpo causi un'epidemia. Terminata la missione, non deve fare altro che uccidersi. In un cimitero, a passo lento, il soldato leggendario, dopo una sigaretta, si prostra innanzi ad una grigia lapide e porta la pistola alla bocca. "Questa è la mia missione finale". Con tutta la paura degna di ciò che lui realmente è - un semplice uomo etichettato come eroe - Snake chiude gli occhi e, ansimando, tira il grilletto, adempiendo al suo ultimo incarico.Il boato dello sparo sembra far tremare anche il cielo, mentre - subito - segue un luttuoso silenzio pregno di cordoglio.
Mentre i festeggiamenti per il matrimonio dei neo coniugi Sasaki proseguono, Drebin avvicina Otacon, rivelandogli di aver agito sotto l'autorità dei Patriots per tutto il corso dell'operazione: proprio il Sistema di questi ultimi, infatti, voleva dare appoggio agli oppositori di Liquid. Purtroppo, i Patriots non avevano calcolato che Snake e alleati potessero arrivare perfino alla distruzione di JD, e sono stati rasi al suolo proprio dalla loro arma prediletta: Solid Snake. Anche il team di Meryl - il RAT PT 01, il cui anagramma è PATR10T - per quanto inconsapevolmente, è stato gettato nella mischia dai Patriots con quello scopo.
Mentre il mondo, senza più nanomacchine né SOP, va incontro ad una mutazione senza precedenti, che ha sconvolto gli eserciti e lasciato le nazioni che avevano fatto troppo affidamento sull'economia bellica con enormi debiti da pagare, Sunny si accosta ad Otacon, che le annuncia una nuova vita, finalmente fuori dal Nomad. La bimba - il genio capace di sconfiggere JD - domanda anche quando tornerà Snake. La risposta di Otacon, che malcela il suo pianto, "Snake è malato, deve stare da solo. Ha avuto una vita difficile, ed ha bisogno di tempo per riposare" consegna gli occhi di Sunny, ed il ricordo di Snake, allo splendido tramonto, che - l'uno fuori e l'altro dentro - li illumina entrambi in maniera accecante.
Conclusione : FATHER AND SON
Il proiettile lo ha mancato. Ansimando, Snake - che ha fallito il colpo che lo avrebbe ucciso - ode una voce rassicurarlo e trasale. Riconoscerebbe quella voce tra milioni di altre. Alle sue spalle, suo padre, il suo incubo di gioventù - dall'uccisione del quale Snake ha cominciato a disgustarsi di se stesso come parricida - Big Boss, lo osserva. Vivo. Snake è confuso, tira su l'arma e si prepara a difendersi da quello che un tempo fu suo nemico, ma Big Boss gli si fa vicino e facilmente lo disarma, abbracciandolo. In totale paralisi, Snake si lascia stringere, mentre suo padre gli parla "non sono qui per combattere, figlio mio". Entrambi vittime dei Patriots, l'uno consapevole e l'altro no, i due uomini hanno molto da dirsi: Big Boss afferma di essere stato tenuto in vita con dei macchinari, e che il suo corpo è stato ricostruito delle sue parti mancanti attraverso dei pezzi di Liquid e Solidus. Erano gli stessi macchinari a tenerlo in uno stato di sonno costante. Quando questi hanno cessato di funzionare, con la distruzione di JD, il soldato più grande di tutti i tempi ha potuto alzarsi e raggiungere Snake. Il corpo che Liquid aveva bruciato sul Volta, infatti, quello che Big Mama custodiva nella pisside allo stadio di biomorto, non era affatto quello di Big Boss, ma quello del suo clone perfetto: Solidus Snake. Per questo motivo, nonostante l'inautenticità della salma, Liquid ha potuto comunque utilizzare i dati di quest'ultimo per accedere al Sistema: essendo un clone perfetto, Solidus aveva il codice genetico ed i dati biometrici perfettamente corrispondenti a quelli di Big Boss.Con sé, Big Boss ha condotto anche un vecchio su una sedia a rotelle: si tratta di Major Zero, ormai moribondo ed incosciente, fondatore dei Patriots e creatore delle folli proxy IA che avevano reso eterni questi ultimi. Conscio che il mondo debba ripartire dal nulla in una sua nuova era, e che coloro che hanno rovinato la vecchia devono essere cancellati, Big Boss chiude la bombola dell'ossigeno che alimenta Zero, consegnandolo al riposo eterno.
Poi, ha delle ulteriori informazioni da condividere con Snake: Ocelot era stato posseduto da Liquid solamente ai tempi di Big Shell. Successivamente, si era fatto espiantare il braccio posseduto, sostituendolo con un nuovo, artificiale. La sua possessione da parte di Liquid nel 2014 era volontaria: il russo si era infatti sottoposto ad ipnosi e psicoterapie per impiantare in se stesso la personalità di quest'ultimo, in modo da attirare le attenzioni di Snake su di sé e, di conseguenza, sui Patriots, causandone la definitiva distruzione. Ocelot, dunque, ha recitato per tutto il tempo, con il solo fine di cancellare per sempre i Patriots di Zero, di cui anche lui, in gioventù, aveva fatto parte.
Big Boss svela anche a Snake la verità sul nuovo tipo di FOXDIE che Naomi rinvenne nel suo corpo in Sud America: iniettatogli da Drebin per volontà dei Patriots, il virus avrebbe cancellato tutti i membri restanti dei Patriots originari, eccetto Zero: è proprio a causa di questo nuovo FOXDIE che Big Mama e Ocelot sono morti innanzi agli occhi di Snake e che, a breve, lo stesso Big Boss morirà. Già debolissimo per l'effetto avanzato del virus, Big Boss rivela a suo figlio che il FOXDIE alterato sta decadendo, e che in realtà non causerà nessun contagio epidemico, poiché si estinguerà a breve. Tuttavia, il nuovo FOXDIE che Drebin gli iniettò non farà che ripetere il ciclo - questo erano le IA dei Patriots, un infinito ciclo di ripetizione per il mantenimento e la fossilizzazione di un equilibrio - e un giorno si altererà anch'esso, rischiando di causare l'epidemia.
Snake, dunque, per quanto gli rimanga breve vita a causa del suo invecchiamento precoce, non ha più l'obbligo di uccidersi, poiché non potrà più diventare un'arma di distruzione di massa. Sfinito, Big Boss implora il figlio di condurlo fino alla tomba della donna che, nel 1964, uccise per meri interessi internazionali della Guerra Fredda, la cui morte è stata lo sconvolgimento di tutti i suoi equilibri, di tutta la sua vita: The Boss. La donna dal fraintendimento dei cui ideali sono nati i Patriots, e la vecchia Outer Haven di Big Boss, nel 1995. Toccato, Snake accompagna suo padre morente alla tomba della donna, situata proprio accanto a quella innanzi a cui Snake ha fatto per uccidersi - che si svela essere proprio quella fittizia del padre stesso - e Big Boss, con le ultime forze rimastegli, come 50 anni prima, scatta sull'attenti, rendendole omaggio con assoluta devozione. "Boss, avevi ragione tu - le sussurra - non si tratta di fare il possibile per cambiare il mondo, ma di fare il possibile per lasciarlo così com'è. Se solo avessi capito prima l'eroismo dietro alle tue parole...".
Amareggiato dagli errori che hanno segnato la sua vita, Big Boss tenta di accendere uno dei suoi intramontabili sigari, accasciato sulla tomba di The Boss, ed invita suo figlio a smettere di combattere, a cominciare a vivere non da Serpente, ma da Uomo, quale è. Non Snake, ma David ha il diritto di veder tramontare l'epoca che ha vissuto, e di veder sorgere la nuova. Big Boss, mentre una lacrime gli sfugge, ammette che "il mondo sarebbe un posto migliore senza serpenti". Commosso dalla purezza delle parole di suo padre, Snake gli accende il sigaro e glielo porge. Big Boss ha il tempo di assaggiarlo appena, e di sorridere con lo sguardo a suo figlio, prima che il FOXDIE, nel surreale silenzio del vento tra le giunchiglie, lo porti via. Uccidendo una leggenda ed un padre. Ma lasciando al mondo non più un Serpente, ma un Uomo.
Con la morte di Big Boss, David è deciso a vivere da Uomo i suoi ultimi mesi di vita, con accanto il suo fedele amico, Otacon, che tramanderà tutto ciò lui può lasciare ai posteri: la sua memoria, il ricordo della sua vita. In chi ha avuto accanto, David lascerà tutto il meglio di se stesso al futuro. Lui, creatura di un'era fatta di mostri, sarà la memoria più toccante nel cuore di chi potrà non solo assaggiare, ma vivere la nuova era. Persone proiettate verso il futuro, e che intendono percorrerne il sentiero senza dimenticare il passato. Persone come Sunny che, nonostante tutto, sa bene che "il sole sorge ancora".
