Trama
Metal Gear Solid 3: Snake Eater è ambientato nel primo lustro degli anni '60, mentre il mondo era in tensione per la Guerra Fredda che, degenerando lentamente, rischiava seriamente di trasformarsi nel Terzo Conflitto mondiale. Nella Guerra Fredda, come è noto, entrarono in collisione le differenti ideologie tra occidente ed oriente, con il capitalismo statunitense contrapposto al comunismo sovietico. Affianco di queste due superpotenze che, lo si annoti, non si scontrarono mai direttamente in questa guerra, si schierarono degli alleati, alcuni capitalisti ed altri comunisti. Il mondo era in condizione pietose per la ripresa dalla Seconda Guerra Mondiale, e sia gli Stati Uniti che la Russia erano consci del fatto che una guerra vera e propria avrebbe portato ad una distruzione globale. Il conflitto si svolse quindi in maniera del tutto indiretta, con una particolare strategia di superamento dell' avversario: la corsa agli armamenti e la battaglia delle spie. A questo si aggiunga poi l'enorme spesa per la conquista dello spazio e le guerre d'intermezzo come dimostrazione di potere, come, si cita la più famosa, quella tra il Vietnam del Nord, di stampo comunista, e quello del Sud, alleato USA. Gli Stati Uniti, per evitare che il comunismo prendesse piede anche al Sud, si schierarono contro i Vietcong. Ma, nei primi anni '60 la crisi missilistica Cubana ed alcune mosse di stampo politico portarono ad un passo dall' esplosione della guerra d' impatto vero e proprio. Snake Eater, essendo ambientato nel 1964, si svolge esattamente in questo critico periodo che avrebbe potuto far scaturire la Terza Guerra Mondiale.

MISSIONE VIRTUOSA, 24 Agosto 1964

Jack è un agente segreto al quale viene assegnato il nome in codice di Naked Snake. Questo viene inviato in Russia dai dirigenti governativi USA perché riporti sano e salvo in occidente uno scienziato chiamato Nikolai Stepanovich Sokolov, che sta sviluppando, messo alle strette dalla Russia, un nuovo e potentissimo carro armato capace di lanciare missili nucleari. Il suo nome è Shagohod. Ovviamente, la riuscita dello sviluppo di questo dispositivo può portare ad una svolta fatale per la Guerra Fredda: chi delle due superpotenze riuscirà ad impadronirsi di una simile arma di distruzione potrà dirsi senza dubbio vincitrice e superiore. Tuttavia, bisogna dire che se il nostro Naked Snake venisse scoperto in territorio sovietico si scatenerebbe un terribile conflitto diplomatico per via della violazione da parte degli USA di un trattato di livello internazionale. Nel corso della sua Missione Virtuosa Snake può contare su un supporto radio di eccelso livello: egli upò mettersi in contatto con il ferreo Major Tom, con l'espansiva Para - Medic e con il suo mentore, l' imbattibile ed intramontabile The Boss.
Naked Snake è un vero esperto per quanto riguarda le tecniche di combattimento, le tecniche di sopravvivenza in un luogo avverso come la foresta ed anche per quanto riguarda il sapere sfruttare gli sfondi offerti dalla foresta stessa a suo vantaggio, incrementando la sua mimetizzazione e rendendosi quindi invisibile al nemico. L'agente, sicuro e senza esitazione, arriva nella struttura dove Sokolov è tenuto prigioniero e riesce a liberarlo, affrontando anche un manipolo di GRU della Spetznaz capitanati dal maggiore Ocelot. Quando Snake, però, percorrendo il precedente percorso a ritroso scortando Sokolov, attraversa il ponte di corde sospeso, tutto si complica. I due si ritrovano infatti faccia a faccia con la leggendaria The Boss, che ha disertato a favore dell' Unione Sovietica mettendo i suoi servigi a disposizione del colonnello Yevgeny Borisovitch Volgin. Il piano di Volgin è rovesciare il regime del primo ministro Sovietico, Nikita Sergeevic Krusciov, in maniera tale da consentire a Leonid Breznev di salire al potere. Inoltre, il Colonnello Volgin ha intenzione di portare l'URSS vincere la Guerra Fredda, in maniera tale che essa possa diventare l'unica grande e vera superpotenza mondiale, e che possa esercitare la sua sfera d'influenza sul mondo intero. Quest'obiettivo non è certo di facile raggiungimento, ma potrebbe diventarlo valutando che il Colonnello Volgin dispone ora del terribile Shagohod, ed è in oltre in possesso di una inesauribile fonte di fondi, chiamata Eredità dei Filosofi. Così Volgin è riuscito ad ottenere il controllo di un'organizzazione chiamata GRU, spesso in contrapposizione con il KGB. Inoltre, Volgin ha ottenuto l' appoggio del maggiore Ocelot e di tutti i suoi soldati, oltre a The Boss e la sua Unità Cobra. The Boss, come dimostrazione di fiducia al Colonnello, gli fornirà due missili nucleari portatili, detti Davy Crockett. Naked Snake, ritrovatosi innanzi allo shock del suo mentore che lo tradisce disertando nell'Unione Sovietica, tenta inutilmente di attaccarla. La donna, con delle capacità di battaglia sovraumane, gli afferra il braccio e, con un'immane prova di forza, riesce a gettare il nostro uomo oltre al ponte. Snake cade da un' altezza agghiacciante e l'impatto, in basso, sul fiume di Dolinovodno, è terribile. L' agente americano viene dato per morto. Intanto, Volgin e la sua congrega prendono nuovamente tra le loro mani Sokolov perché seguiti a lavorare sul progetto Shagohod. Naked Snake riesce miracolosamente a salvarsi la vita e, in uno stato pietoso, assiste ad una micidiale esplosione causata da una delle due testate regalate da The Boss a Volgin, il quale ne ha, per l' appunto, lanciata una. Il missile manda in frantumi il laboratorio di ricerca di Stepanovich Sokolov. La Missione Virtuosa si è conclusa, e la sconfitta da parte della FOX Unit, di cui Snake è agente operativo, è schiacciante e senza appello.

OPERAZIONE SNAKE EATER, dal 30 Agosto al 2 Settembre 1964

Le conseguenza esplosive della Missione Virtuosa furono devastanti. L'URSS venne a sapere che gli USA avevano inviato un soldato nel loro territorio, violando i trattati internazionali. Così, mentre Naked Snake si riprende lentamente all' ospedale, in uno stato di semi - coma, il Presidente USA Johnson riceve una telefonata dal Primo Ministro Russo, Krusciov. Il missile lanciato da Volgin, essendo di fabbricazione statunitense, pone non pochi quesiti alle autorità russe, ed il premier Krusciov intende ascoltare come il presidente Johnson possa escludere un ufficiale coinvolgimento degli USA nel lancio del missile nucleare. Krusciov pretende una dimostrazione di buona fede da parte degli americani, e gli chiede di eliminare il pericolo per lui più grande, cioè il Colonnello Volgin. Così, Naked Snake e Major Zero, che hanno corso seri rischi per la loro carriera e per la loro vita con il flop della Missione Virtuosa, hanno una seconda possibilità di risolvere la drammatica crisi della Guerra Fredda. I nuovi ordini? La missione è l'Operazione Snake Eater, ed è ancora più intricata della Missione Virtuosa: Naked Snake deve ritrovare e liberare ancora Sokolov e deve distruggere lo Shagohod. Inoltre, come ulteriore prova di fiducia per la Russia, il soldato USA deve uccidere The Boss e tutta la sua unità, la Cobra Unit, composta, appunto, da The Boss, The Fear, The End, The Pain e The Fury. Così, Snake viene di nuovo abbandonato nel territorio russo, ed il suo primo obiettivo è quello di incontrare una spia che porta il nome di Adam. Questi deve rispondere alla sua domanda "Chi sono i Patriots?" dicendo "I La - Li - Lu - Le - Lo" così che Snake possa essere certo della sua identità. Ma lo stupore di Snake è grande quando, anziché trovarsi innanzi ad un Adam, si trova innanzi ad una Eva. La ragazza, con il suo ruolo di spia, utilizza la sua vicinanza con il Colonnello Volgin per aiutare Snake a rintracciare la posizione di Sokolov. Quando i due vengono assaliti in un' imboscata tesa dal giovanissimo Maggiore Ocelot, Eva si dimostra abilissima nelle tecniche di combattimento e una vera e propria scheggia sulla moto. Mentre Eva scappa in moto verso Volgin per interpretare il ruolo di vicinanza con lui che le permette di informare Snake e spianargli la strada, il nostro eroe avanza nella gelida foresta sovietica e, dopo essersi imbattuto nuovamente nella Colt di Ocelot, si trova per la prima volta a dover affrontare in uno scontro diretto una membro dei Cobra: questo è The Hornet Man, cioè The Pain. Dopo una battaglia insolita, The Pain, sconfitto, muore. Dopo esser avanzato ulteriormente, Naked Snake entra in contatto con Aleksandr Leonovitch Granin, uno scienziato di primo livello e diretto rivale di Sokolov. Questi ha presentato a Volgin il progetto di un carro armato bipede con capacità nucleare, al quale però è stato preferito lo Shagohod. Pertanto, Granin ha intenzione di aiutare Snake a distruggere la macchina che gli ha impedito di sviluppare il suo carro armato bipede, che si rivelerà poi essere niente poco di meno che il Metal Gear REX.
Così, Snake avanza oltre basi e radure, arrivando ad affrontare ed uccidere gli altri membri dei Cobra: trovano così la morte nello scontro diretto con lo statunitense sia The Fear che il micidiale cecchino The End. Snake scala la montagna di Krasnogorje ed incontra Eva, che gli fornisce indicazione sulla posizione di Sokolov all'interno dell'apparentemente impenetrabile Groznyj Grad. Da un passaggio sul versante di Krasnogorje, Snake, con i binocoli, assistente ad una violentissima scena dove Granin viene torturato ed ucciso da Volgin, che sospetta che l' uomo fosse una spia. Snake, dopo uno scontro al buio con il pazzo The Fury, riesce a penetrare a Groznyj Grad e, dopo aver rubato l'uniforme ed essersi camuffato da ufficiale al maggiore Ivan Raidenovitch Raikov, riesce ad infiltrarsi nell'ala della base dove Sokolov è stato rinchiuso. Questi rivelerà al soldato statunitense di aver consegnato ad Eva il microfilm con i dati dello Shagohod. Ma, quando i due meno se l'aspettano, nella stanza irrompe il Colonnello Volgin che, mostrando l' insolita tendenza a palpare i genitali del Maggiore Raikov, scopre che l'uomo che gli sta innanzi altri non è se non un impostore. Snake, con l'aiuto di The Boss, viene bloccato e picchiato a sangue. Successivamente, Volgin lo sottopone a torture terribili. Durante le fasi di tortura, in seguito ad un incidente, Naked Snake perde l' occhio destro, che gli viene colpito di striscio da un proiettile di Ocelot. Dopo una breve "sosta" nelle celle di Groznyj Grad, dove conoscerà una sentinella di nome Johnny, Snake riesce ad evadere dalla base e a fuggire da Ocelot lanciandosi in un fiume da un' altezza vertiginosa. L' impatto è tremendo, e dopo di esso Naked Snake si ritrova inaspettatamente innanzi ad un nemico a dir poco insolito: questi è The Sorrow, un membro dei Cobra con la capacità di mettersi in contatto con i morti ed evocare i loro spiriti. Innanzi a questo folle personaggio, Snake rivede innanzi ai suoi occhi le anime di tutti coloro che ha dovuto uccidere nel corso della missione. Snake sente in sé la Morte, e durante lo scontro con The Sorrow, si accascia a terra senza vita.
Quando riapre gli occhi, però, questi si rende conto di essere ancora in vita, salvato da una così detta Pillola del Risveglio, e di essere praticamente sul fondo del fiume nel quale si è tuffato. Snake si riprende dallo shock ed avanza nella sua missione, incontrando nuovamente Eva dietro ad una cascata. In questa scena, Snake si benda l' occhio destro, oramai cieco. Eva consegna a Snake delle cariche di C3, ed il piano è semplice: piazzare l' esplosivo nei serbatoi di carburante vicini allo Shagohod in maniera tale che l' esplosione distrugga l'infernale invenzione di Sokolov e la base di Groznyj Grad. Snake si intrufola nuovamente nella base di Groznyj Grad e piazza le cariche nei serbatoi. Quando il conto alla rovescia è già partito, però, questo si imbatte in Ocelot e Volgin, che hanno scoperto l' identità di spia di Eva, che ha da sempre fatto con loro il doppio gioco. The Boss la prende con sé annunciando che la ucciderà, mentre Snake è costretto a vedersela con l' enorme Volgin. Dopo una battaglia all'ultimo sangue, Snake riesce ad avere la meglio e, una volta fuggito fuori per scampare all'esplosione dei serbatoi, incontra Eva che annuncia di essere stata liberata da The Boss, la quale ora aspetta solo Snake al lago oltre il ponte.
Snake ed Eva iniziano una folle corsa si una moto sidecar, inseguiti da un numero indicibile di sentinelle e da Volgin, ancora vivo, e dallo Shagohod stesso, che non risulta essere stato danneggiato dall'imponente esplosione. Dopo il tentativo di distruggere lo Shagohod facendo esplodere il ponte sospeso, i due sono costretti ad affrontare faccia a faccia la micidiale macchina da guerra. Snake ed Eva, con degli atti di coraggio e di abilità sovraumani, riescono a distruggere il carro armato dai cingoli a spirale e ad uccidere il Colonnello Volgin, che viene colpito da un fulmine mentre imperversa un temporale. Snake ed Eva, nuovamente braccati dalle sidecar nemiche, continuano la loro folle corsa fino a quando, dopo averle seminate, i due non hanno un incidente. Sfortunatamente, vengono sbalzati via dalla moto e impattano violentemente contro il suolo. Snake se la cava con qualche frattura, mentre Eva impatta di schiena contro un tronco abbattuto, restando infilzata in un ramo piuttosto tagliente. Miracolosamente, Snake riesce a salvarle la vita ed i due riescono, con qualche difficoltà, ad arrivare al lago. Snake deve completare l' ultimo obiettivo della sua missione: deve uccidere The Boss, la donna che è stata per lui una madre e che gli ha insegnato tutto. Eva corre verso l' aereo che, in caso di vittoria di Snake contro il suo mentore, li riporterà a casa. Il nostro eroe giunge al cospetto della sua insegnante di vita e di arte militare. Prima che lo scontro inizi, The Boss gli parla di tutti i sacrifici che ha dovuto affrontare nella sua gloriosa carriera, ed annuncia anche di aver avuto un figlio da una relazione con The Sorrow. Quando lo scontro inizia, dentro Snake si altalenano una miriade di emozioni. Questo, nonostante la sua situazione, riesce ad avere la meglio sulla più grande eroina di tutti i tempi e, prima di morire, la donna gli consegna un microfilm contenente tutti i dati necessari per poter localizzare l'ubicazione dell'Eredità dei Filosofi.
Snake torna all' aereo e, dopo un ultimo ed originale scontro con Ocelot, lui ed Eva riescono a fuggire dalla Russia. I due, nella sequenza successiva, si trovano in una casa e, dopo una romantica scena d'amore, Snake si addormenta. Al suo risveglio, trova sul tavolo una foto che Eva gli aveva scattato ed un nastro audio da ascoltare. Nel nastro, Eva gli rivela di essere al servizio della Cina e di aver rubato a Snake il microfilm con i dati riguardanti l'ubicazione dell'Eredità dei Filosofi semplicemente perchè si trattava della sua missione. Inoltre, nonostante i due si siano amati e nonostante lui le abbia salvato la vita, nella registrazione Eva dice a Snake che l'avrebbe ucciso se solo non avesse promesso a The Boss di non farlo. Naked Snake è stato convocato nell' ufficio del presidente degli Stati Uniti per ricevere un grande riconoscimento. Veniamo a sapere che il tradimento e la diserzione di The Boss nell'Unione Sovietica erano stati progettati e pianificati dalle autorità statunitensi e facevano parte di un'operazione segreta di altissimo livello. L'obiettivo di questa missione era riuscire ad avvicinare Volgin ed ottenere da lui l'Eredità dei Filosofi. Così, accettando la missione, The Boss aveva accettato di sacrificare la sua fama ed il suo nome per il raggiungimento del suo scopo. Quando però Volgin lanciò il Davy Crockett di fabbricazione statunitense contro il laboratorio di ricerca di Sokolov, tutto andò a monte. La nuova missione di The Boss era quella di evitare una micidiale crisi diplomatica internazionale, lasciandosi uccidere da Naked Snake ed evitando quindi l'inevitabile scoppio di un'eventuale Terza Guerra Mondiale. Inoltre, la morte di The Boss faceva veramente comodo agli USA, visto che, diffondendo la voce del suo tradimento, avrebbero potuto nascondere la reale motivazione del suo coinvolgimento, e cioè il raggiungimento dell'Eredità dei Filosofi. Assediato da mille interrogativi, Naked Snake avanza, in uniforme, verso il Presidente che gli conferisce un'onorificenza di livello supremo che supera quella di The Boss: lui ora è Big Boss. Snake è diventato un eroe, è diventato una leggenda. Ma per farlo, ha dovuto uccidere la persona che più amava: The Boss. Non è stata soltanto Eva a portare dentro sé per tutta la missione un indicibile segreto, ma anche Ocelot. Scopriamo infatti che il ragazzo lavora per gli Stati Uniti e che il microfilm del quale Eva è entrata in possesso è solo una copia falsa. Il vero microfilm è tra le mani di Ocelot, che entra così in possesso dell' Eredità dei Filosofi. Questi, però, rende solo la metà dell' Eredità agli statunitensi, affermando che la restante quantità sembra essere scomparsa nel nulla.
Non sapendo cosa fare di una medaglia ottenuta sul sangue di chi amava, Snake si reca presso la tomba di The Boss e, bagnandola di lacrime e senso di colpa, la onora di un dovuto e rispettosissimo saluto.