Trama
Mentre ancora Snake si trova sul ponte, scorge qualcuno passeggiare fuori, parlando alla radio. Subito, esce per verificare di chi si tratti. Così il nostro eroe assiste ad una comunicazione tra la giovane Olga Gurlukovich e suo padre, il Colonnello Sergei Gurlukovich, noto come amico di Revolver Ocelot e già citato durante Shadow Moses come colui che pareva essere il possibile compratore del REX. Origliando, Snake scopre che il Colonnello Gurlukovich vuole che sua figlia, portante nel grembo quello che sarà suo nipote, abbandoni immediatamente la nave. Ma Olga sembra non volerlo fare, quando la comunicazione via radio termina e Snake sorprende la russa. Nasce un duello che vedrà la perdita di coscienza da parte di Olga, sedata dall' arma a tranquillanti portata da Snake. Quando Snake si accosta alla ragazza, viene fotografato da un Drone Chyper che poi vola subito via.
Piuttosto titubante, Solid Snake viene contattato da Otacon che comunica di aver individuato l' identità del capo dei russi, che risulta per certo essere Sergei Gurlukovich. Inoltre Otacon, capendo che la situazione si sta complicando, rivela una cosa fondamentale al suo amico: questa volta la Philantrophy non è entrata a conoscenza delle informazioni riguardanti questo Metal Gear autonomamente, ma ha ricevuto una soffiata. Immediatamente Snake si mostra insospettito, sapendo che Otacon non ha mai dato fiducia alle fonti anonime, ma questi gli dice che l' informatore si firmava "E.E.", soprannome con il quale Hal era solito chiamare la sua sorellastra, Emma Emmerich. Pieno di dubbi, Snake avanza fino alla stiva, dove trova dozzine di soldati in riunione innanzi al comandante Scott Dolph. Il nostro eroe evita la sorveglianza e scatta quattro fotografie al Metal Gear Ray, che subito poi invia ad Otacon. Mentre il comandante Dolph seguita a parlare, il russo Revolver Ocelot fa la sua comparsa. Dopo una breve parlata tra Ocelot e Dolph, ancora ignaro della presenza dei soldati russi a bordo, scoppia una gran confusione nel corso della quale Sergei Gurlukovich stringe a sé come ostaggio il comandante dei Marines.
Ben presto però il Colonnello russo si renderà conto che in realtà Revolver Ocelot non ha alcuna intenzione di collaborare con lui per portare il Ray in mano alla Madre Russia: questi, infatti, pare stia lavorando ad un altro piano. Nel polverone scatenato dalla comunicazione tra i due, Ocelot estrae la pistola e fredda gli uomini di Gurlukovich. Dopo di che, annuncerà di aver piazzato abbastanza esplosivo SEMTEX nella nave tanto da poterla affondare premendo semplicemente un tasto. E così fa: le esplosioni a catena iniziano a danneggiare il Tanker, mentre nella stiva scoppia una tragica sparatoria ed Ocelot uccide Sergei Gurlukovich ed il comandante Dolph. Snake si avventa su Ocelot quando questo, all' improvviso, inizia ad urlare stringendo il suo nuovo braccio destro. Non appena l' uomo smette di urlare, la sua voce risulta differente e Snake non esita a riconoscerla: è la voce di suo fratello, Liquid Snake. Ocelot - Liquid sale nel cockpit del Ray e lo avvia mentre Snake, colpito d' impatto da un'onda d'urto, viene scaraventato contro il muro e perde i sensi. Il Ray squarcia le pareti della stiva e, mentre il Tanker Discovery inizia ad inabissarsi, il Metal Gear anfibio si lancia in acqua ed inizia a nuotare. Ocelot, che è tornato in sé, parla con tale "Signor Presidente" delle foto scattate a Snake dal Drone Chyper, convintissimo del fatto che queste ultime risulteranno particolarmente utili.
Mentre Raiden avanza per i primi corridoi della struttura A di Shell 1, il primo esagono che costituisce la Big Shell, individua un manipolo di soldati stesi al suolo, malmenati da un uomo che si dilegua in ascensore. Il Colonnello, subito dopo, mette al corrente Raiden del nome della donna che farà parte dell' unità di supporto: questa è Rosemary, la fidanzata del biondissimo agente operativo. Raiden avanza fino al supporto B, dove può assistere, con occhi straniti, al massacro di un' intera squadra di SEAL da parte di un membro di Dead Cell: questi è Vamp. Quando il violento rumeno dai poteri sovrannaturali fa per uccidere Raiden, questi viene salvato da un membro dei SEAL, che viene a sua volta ferito. Vamp fugge via ed il soldato dei SEAL, ferito ad un braccio, si toglie il passamontagna.
Questi, alla domanda "Chi sei?" risponde presentandosi come il Sottotenente di Vascello Iroquois Pliskin. Ma l' occhio di un giocatore esperto riconoscerà nei lineamenti di Pliskin nientemeno che il leggendario Solid Snake, ma Raiden non si accorge della doppia identità del Sottotenente. Pliskin si adagia a terra a riposare, mentre Raiden abbandona la struttura B, cercando di rintracciare il Presidente e tenendo alla mente la frequenza Codec del Sottotenente della marina.
Uscito nel ponte di collegamento tra il supporto B e il supporto C, Raiden si trova innanzi ad un' altra strage: quella compiuta dall' immortale Fortune, che spazza via un manipolo di SEAL. Nonostante i soldati sparino a raffica sulla donna, sembra che i proiettili non possano colpirla. Il Presidente è steso a terra, quando Vamp lo prende in spalla e lo porta via. Immediatamente, il Colonnello Campbell si dice sospettoso del fatto che i terroristi, scoperta la presenza dei SEAL, possano far saltare immediatamente in aria la Big Shell. I nuovi ordini di Raiden sono espliciti: rintracciare l' artificiere, giunto nella Big Shell insieme alla Marina, Peter Stillman, e chiederne il supporto per disinnescare gli ordigni. Raiden avanza verso la struttura C, dove riesce a rintracciare proprio Stillman. Lì trova nuovamente anche Iroquois Pliskin; l'artificiere illustra al biondo e all'espero soldato la situazione e spiega ad entrambi come intercettare l' ubicazione delle bombe e come disinnescarle. Pliskin sceglie di disinnescare tutti gli ordigni su Shell 2, mentre Raiden si occuperà di Shell 1. Mentre Raiden si preoccupa di disattivare gli ordigni, riceve una chiamata da un anonimo che inizialmente dice di chiamarsi Gola Profonda ma, non appena capisce che Raiden sapeva chi fosse Gola Profonda a Shadow Moses, opta per il nome in codice di Mr. X. L'anonimo uomo dalla voce robotica spiega a Raiden che il ponte di connessione tra il supporto F ed il supporto E nel quale sta passando è un campo minato. Schivato il pericolo, Raiden si spinge all' eliporto del supporto E dove incontra Olga Gurlukovich che, alla radio, parla della fantomatica presenza di un Ninja. Raiden cerca di bloccarla ma la ragazza con un balzo acrobatico gli sfugge via. Terminata la disattivazione degli ordigni, Pliskin e Raiden scoprono che proprio questo procedimento ha portato all'attivazione di altri due enormi ordigni, uno sul supporto H di Shell 2 e uno nel supporto A di Shell 1. Pliskin e Stillman non hanno la possibilità di disinnescare l' ordigno a Shell 2, che esplode irrimediabilmente distruggendo il supporto H e sbilanciando la struttura esagonale di Shell 2. Raiden, invece, con una corsa contro il tempo, riesce a raggiungere il supporto A e a congelare il timer della bomba, salvando sé stesso e Shell 1. Quando fa per riprendere la ricerca del Presidente Johnson, si imbatte nuovamente in Fortune e Vamp. Il ragazzo cerca di uccidere la misteriosa donna di colore capace di evitare i proiettili, ma riesce a colpire solo Vamp, in piena fronte e all' addome. L' uomo rumeno sgrana gli occhi e si accascia impotentemente al suolo. Mentre la donna lo stringe a sé piangendone la morte, Raiden passa dietro ai due e si dilegua utilizzando l' ascensore.
Solo ora scopriamo che, per la sorpresa della stessa Fortune, Vamp è ancora vivo. Raiden si trova ora all'eliporto del supporto E, dove si imbatte nell' artificiere della Dead Cell, nonché ex - allievo del Peter Stillman che ha ucciso: Fatman. Raiden riesce ad avere la meglio sull' ingombrante avversario e, dopo averlo eliminato, risolve una volta per sempre il problema degli ordigni sulla Big Shell.
Dopo aver parlato con lo stesso Fatman e con Pliskin, però, il biondo sembra convincersi del fatto che i suoi superiori, Campbell e Rose, stiano nascondendogli qualcosa. Piuttosto incerto, il ragazzo avanza, imbattendosi in Mr. X, che si rivela essere un agilissimo e misterioso Cyborg Ninja. Questi riferisce a Raiden che i "La-Li-Lu-Le-Lo" gli hanno dato ordine di fornirgli supporto. Raiden scopre così dove è tenuto Richard Ames, responsabile della sicurezza del Presidente, e viene a conoscenza del fatto che i terroristi possiedono delle armi nucleari e che sotto alla Big Shell è tenuto nascosto un nuovo, definitivo, tipo di Metal Gear. Subito dopo, Mr. X si dilegua con disarmante rapidità.
Raiden riesce ad introdursi nella sala dove sono tenuti gli ostaggi e, grazie al microfono direzionale che rileva il suono del suo pacemaker, riesce a rintracciare Richard Ames. L' uomo crede che Raiden sia stato inviato dai "La-Li-Lu-Le-Lo" per liberarlo, e inizia ad informarlo di concetti top - secret. Gli spiega che i terroristi non possono torcere un solo capello al Presidente in quanto la valigetta di quest' ultimo è indispensabile per il lancio del nuovo dispositivo nucleare e per l' attivazione del Metal Gear. Un tecnologico sistema di sicurezza tiene infatti sotto controllo tutti i dati biologici del Presidente: se questi sarà costretto ad agire o sarà ucciso, la valigetta disattiverà il lancio. Dopo di che Ames racconta che l'incidente del Tanker Discovery era già stato pianificato perché la costruzione della Big Shell coprisse lo sviluppo del nuovo Metal Gear. Il Presidente si trovava sulla struttura di depurazione Big Shell per un semplice giro d'ispezione, quando i terroristi hanno invece messo a punto il loro attacco. Quando Raiden chiede ad Ames cosa questi abbia da raccontargli riguardo la richiesta dei 30 miliardi di riscatto, l'uomo spiega al ragazzo che le reali intenzioni dei terroristi sono ben altre: essi vogliono liberare Manhattan e renderla una Repubblica sotto al loro controllo. Inoltre i terroristi hanno intenzione di usare ad un'elevata altitudine il loro dispositivo nucleare, in maniera tale da creare un campo elettromagnetico di isolamento che disattivi tutti gli impianti tecnologici della zona, senza eccezione alcuna. Ad un certo punto, la comunicazione tra Raiden ed Ames viene interrotta da Revolver Ocelot e, all' improvviso, Ames muore per quello che sembra un infarto.
Nella sala degli ostaggio piovono proiettili da tutte le parti quando Ocelot scopre Raiden ma il nostro biondo soldato riesce a darsela a gambe aiutato dal provvidenziale intervento di Mr. X. Quando Raiden fa per recarsi a Shell 2, viene sorpreso dal leader dei terroristi, Solidus Snake e, combattendo contro quest' ultimo, scopre finalmente che Iroquois Pliskin è in realtà Solid Snake. Nasce uno scontro tra Raiden, a terra armato di Stinger, l'Harrier, pilotato da Solidus e il Kasatka, pilotato da Otacon e con a bordo Snake. Raiden e Snake riescono ad avere la meglio e l'Harrier con a bordo Solidus fa per precipitare, quando dal mare emerge il Metal Gear Ray, pilotato da Vamp, che lo trae in salvo.
Raiden avanza così fino al centro di Shell 2, dove, finalmente, riesce ad incontrare il Presidente. Purtroppo, lo attende un' amara sorpresa: il Presidente Johnson ha inserito di sua spontanea volontà il codice di lancio. Il Presidente rivela di essersi stufato di essere solo una marionetta manipolata dai Patriots, che sono in realtà e veri padroni degli Stati Uniti d' America. Il suo predecessore, il Presidente George Sears, che era niente poco di meno che Solidus Snake, aveva voltato le spalle ai Patriots architettando quello che divenne l' incidente di Shadow Moses. Dopo di che, il terzo fratello di Snake venne costretto a dimettersi, e sparì dalla circolazione. Solidus costituì così i Sons of Liberty, un gruppo formato dai militari della Dead Cell, da mercenari e dai soldati russi comandati dalla stirpe Gurlukovich. Il suo intento è solo uno: avere la sua vendetta grazie al nuovo Metal Gear. Solidus intende impadronirsi non del Metal Gear Ray, ma dell'Arsenal Gear, una vera e propria fortezza mobile nascosta sotto alla Big Shell e protetta da numerosi Metal Gear Ray prodotti in copia. Inoltre, oltre ad ospitare numerosi missili nucleari, l'Arsenal Gear ha a bordo il nuovo sistema di intelligenza artificiale conosciuto come GW, arma che i Patriots intendono utilizzare per proporre la verità secondo i loro scopi e che quindi gli permetterà di avere sulla società un controllo altrimenti impensabile. Johnson, ancora, dice a Raiden che l'unico modo per provare a fermare il GW è contattare uno dei suoi programmatori, e cioè Emma Emmerich Dazinger, anche lei tenuta su Shell 2. Poi Johnson ordina a Raiden di ucciderlo per impedire il lancio, ma il biondo appare incerto, quando, all' improvviso, sbuca Revolver Ocelot che fredda il Presidente con un colpo al cuore e si dilegua.
Raiden si lancia immediatamente alla ricerca di Emma, sconfiggendo anche Vamp per rintracciare la ragazza. Subito la scorta verso il punto d' incontro con Solid Snake ed Otacon, quando Vamp si fa nuovamente vivo ed aggredisce Emma, ferendola gravemente. Raiden elimina Vamp e Snake, a pochi metri dalla zona dell' accaduto, corre verso Emma e la porta via in braccio. Raiden corre verso la sala computer di Shell 1, dove Snake ha portato Emma, e si preoccupa di raggiungere la ragazza prima che muoia per inserire il disco del virus che solo lei può attivare. Quando Raiden giunge sul luogo, Emma è accasciata al suolo in punto di morte e parla con suo fratello Hal, con il quale non è mai andata d'accordo.
Mentre i due fratelli Emmerich tentano di chiarire i disguidi di una vita, Snake e Raiden introducono il dischetto nel computer, speranzosi che questo possa bloccare GW. Mentre tutto sembra procedere per il meglio, il conteggio percentuale dell'installazione del virus si arresta improvvisamente. Il sistema GW non è stato danneggiato totalmente. Emma spira tra le braccia del fratello. Ora Snake, Raiden ed Otacon hanno un solo obiettivo: fermare i Sons of Liberty. Otacon decide, sotto spinta di Snake, di salvare gli ostaggi con il Kasatka. Snake e Raiden, invece, devono introdursi sull'Arsenal Gear. Mentre i due sono innanzi all' ascensore, Mr. X fa la sua comparsa. Quando questo protende la spada contro Raiden, Snake rimane immobile. Finalmente, Mr. X rivela il suo volto: egli è niente poco di meno che Olga Gurlukovich. Prima che Raiden possa capire qualcosa, Olga lo tramortisce. Il biondo crolla al suolo inerme. Quando Jack (Raiden) riprende conoscenza, è bloccato contro una macchina da tortura che i fan della serie riconosceranno come quella di Shadow Moses, all' interno dell'Arsenal Gear. Innanzi a lui, ci sono Ocelot e Solidus Snake. Vedendo quest' ultimo, la mente di Raiden si proietta indietro, nei ricordi della sua infanzia, dove si rivede bambino soldato in Africa, il terribile bimbo bianco soprannominato Jack lo Squartatore dai suoi compagni. Solidus allora fu quello che lo addestrò, fu esattamente il suo padrino e, dopo aver ucciso i suoi genitori, decise di adottare Jack.
Quando Solidus ed Ocelot lasciano la stanza, fa la sua comparsa in scena Olga Gurlukovich, che chiarisce le idee al biondo: Snake e lei hanno sfruttato la sua cattura per introdursi senza problemi nell'Arsenal Gear. Poi spiega a Raiden che i Patriots hanno preso in ostaggio il suo bambino e lo uccideranno se il caro soldato biondo fallirà nella missione. Raiden è piuttosto titubante dal trovarsi a lavorare con Olga, ma questa non gli da tempo di pensare e, dopo averlo liberato, lo lascia solo, nella sala. Raiden è solo, al freddo, totalmente disarmato e, oltretutto, completamente nudo. Il biondo dal fisico tatuato, dopo impervi e pericolosi corridoi, riesce a raggiungere Snake. Prima di farlo, però, viene contattato da Rose e dal Colonnello Campbell che iniziano ad argomentare su questioni insensate ed illogiche, apparendo come totalmente impazziti. Otacon spiega a Raiden che, a quanto pare, le frequenze radio emesse dalle comunicazioni dei suoi superiori provengono dall' interno dell'Arsenal Gear. Raiden scopre qualcosa di assolutamente sconvolgente: il Colonnello Campbell e la Rosemary con la quale ha parlato per larghi tratti nel corso della missione non esistono. Essi sono in realtà delle sequenze di Intelligenza Artificiale create dal GW sfruttando le esperienze e le aspettative contenute nei pensieri di Raiden. Jack raggiunge Snake ed i due, affrontando nemici a non finire, avanzano nell'Arsenal Gear.
Sono però costretti a dividersi quando si trovano innanzi a Fortune. Solid Snake decide di restare ad affrontarla ed ordina a Raiden di levarsi di mezzo e proseguire da solo. Raiden si ritrova così faccia a faccia con Solidus, suo patrigno, che gli scaglia contro intere schiere di Metal Gear Ray prodotti in serie. Raiden ne abbatte di innumerevoli con i suoi missili Stinger ma alla fine, stremato, si accascia a terra. Il giovane viene salvato solo da Olga, che, innanzi a Solidus, rivela di essere passata alla schiera a lui nemica e, proprio per questo, viene freddata da Solidus Snake stesso con un micidiale colpo che le passa la testa da parte a parte. Raiden appare a dir poco raggelato, mentre Solidus spiega che ha intenzione di utilizzare l'Arsenal Gear per scoprire i nomi del Consiglio dei Saggi dei Patriots. Quando sembra che il sistema GW stia totalmente andando in corto, fa la sua comparsa Revolver Ocelot che rivela qualcosa di impensabile: egli è un agente dei Patriots inviato per dar vita al piano S3, che secondo Solidus significa "Solid Snake Simulation". Il piano prevede la simulazione degli eventi di Shadow Moses in maniera tale da poter creare dei soldati abili almeno quanto il leggendario Solid Snake. Ma il russo non ha ancora finito di sorprenderci: egli spiega anche a Fortune, che fa la sua comparsa portando con sé un ammanettato Solid Snake, che la sua fortuna non dipende certo da poteri sovrannaturali ma da un marchingegno elettromagnetico di alta tecnologia che rende impossibile l'avvicinamento di proiettili. Dopo di che, Ocelot mostra di avere lui stesso addosso un marchingegno che gli impedisce di essere ucciso dalle armi nemiche. Esplosa su tutte le furie, Fortune attacca Ocelot ma non riesce a colpirlo, mentre il russo sfrutta il fatto che il dispositivo della ragazza sia stato disattivato per freddarla con un colpo in pieno petto. Poco prima di morire, Fortune salva la vita a Snake e Raiden, mostrando la sua vera potenza naturale e deviando dei missili che, altrimenti, avrebbero irrimediabilmente ucciso il nostro beniamino ed il suo biondo ed improvvisato compagno. Quando Ocelot fa per montare su uno dei Ray, Liquid lo sorprende nuovamente con i suoi spasmi e, dal braccio che il russo si è impiantato, riprende il controllo del suo corpo. Liquid ora, essendo dentro al corpo di quello che pare essere il più saccente in materia di Patriots, sale sul Ray e fugge via minacciando di uccidere i Patrioti. Solid Snake, però, con un'immane sforzo spezza le manette e si lancia all'inseguimento del Ray, con un acrobatico ed emozionante tuffo che lo proietta nel mare. Raiden si ritrova così solo innanzi a suo patrigno Solidus Snake.
L' Arsenal Gear viene diretto verso Manhattan, quando Raiden riceve la chiamata Codec del Colonnello e di Rose che, con voce incalzante e solenne, spiegano la vera identità del piano S3. Questo non è infatti il Solid Snake Simulation come Ocelot ritiene, ma è la "Selezione della sanità mentale sociale", un sistema di controllo mentale assoluto sugli uomini che, dopo il controllo dell' operazione Big Shell, risulta totalmente operativo. I superiori virtuali ordinano un'ultima cosa a Raiden: uccidere Solidus Snake, in maniera tale che la simulazione, finalmente, abbia termine. Dopo una stremante battaglia sulla cima della Federal Hall, Raiden uccide il suo patrigno, nonché fratello di Solid Snake. Dopo di che, incontra lo stesso Solid Snake che lo incita a scegliere la vita che vuole vivere e l'identità che vuole avere. Poi Snake si dilegua. Innanzi a sé, Jack ritrova la fidanzata Rose, alla quale chiede "Ma chi sono io veramente?". La ragazza lo osserva e, con due occhi pieni d'amore, gli risponde: "Non lo so. Ma lo scopriremo insieme, d' accordo?".
A quanto pare, l' intera scala degli eventi di Sons of Liberty era già stata organizzata e pre - pianificata dai Patriots. Tutto ciò che è accaduto sulla Big Shell era solo il copione di una simulazione che doveva ricostruire in linea di massima gli eventi verificatisi a Shadow Moses. Secondo quanto è stato fatto sapere ad Ocelot, il piano di simulazione S3 è la Simulazione di Solid Snake, cioè una finzione che doveva servire a creare guerrieri abili tanto quanto lo stesso Solid Snake. Come spiegheranno invece gli immaginari Rose e Campbell al Codec, creati come facciata di comunicazione dal sistema d' intelligenza artificiale GW, l' S3 è invece un piano per la manipolazione di tutte le informazioni ed il controllo totale sulla società da parte dei Patriots, capaci di piegare chiunque al loro volere.
Per quanto riguarda Ocelot, dobbiamo precisare, per chi non lo sapesse, che la mano destra gli venne amputata dal Cyborg Ninja durante Shadow Moses e questi, per non perdere la sua dote di pistolero, si è impiantato il braccio destro del defunto Liquid Snake. Tuttavia Liquid ha tenuto la vita dentro questo braccio e, non si sa con quale potere, dimostra di avere facoltà di impadronirsi del corpo di Ocelot. Le informazioni arrivate al gruppo Philantrophy e firmate anonimamente con le iniziali "E.E.", che hanno ricondotto Otacon alla sorellastra Emma Emmerich, provenivano in realtà da Liquid Snake che si è così firmato solo per far cadere Snake nel tranello, risultando assolutamente attendibile. Così Snake ed Otacon sono pienamente caduti nella trappola messa a punto dai Patriots che, ritenendo Solid Snake un grave pericolo per le loro intenzioni, hanno deciso di neutralizzarlo facendolo passare come il terrorista responsabile della distruzione del Tanker e del disastro ecologico da esso comportato.
Così, la prima parte del piano era conclusa. Ora i Patriots realizzando la seconda parte del loro progetto, facendo costruire l' impianto Big Shell e sfruttando la copertura che esso serva alla depurazione delle acque inquinate dal petrolio. In realtà, sotto alle fondamenta della Big Shell si nasconde un qualcosa di ben più grande: la fortezza Arsenal Gear, protetta da centinaia di Metal Gear Ray prodotti in serie. La funzione dell' Arsenal Gear era una sola: proteggere il sistema di Intelligenza Artificiale assoluto creato da Emma Emmerich, il GW, che i Patriots progettavano di utilizzare per controllare la società da ogni punto di vista, regolando le informazioni da distribuire ad essa. Solidus Snake porse i primi problemi: questo aveva intenzione di impadronirsi dell' Arsenal Gear per utilizzarlo in maniera tale da distruggere i Patriots. L' ex presidente americano era convinto di poter trovare all' interno del GW tutti i nomi dei membri del Consiglio dei Saggi e questo non era tuttavia previsto, ma venne implementato nel piano come una variabile del progetto S3.
Raiden per i Patriots era niente poco di meno che una cavia: tutto ciò che lui ha affrontato nella missione, la presenza di Rose e del Colonnello Campbell, la disattivazione delle bombe e giù di lì erano state progettate e pianificate in precedenza e facevano parte dell' intricato piano dei Patriots. Ma non solo Raiden ha giocato il ruolo di pedina nella recita: Ocelot, fedele servo dei Patriots, si è ritrovato anch' egli ad ignorare la realtà. Solidus Snake e la Dead Cell recitavano inconsapevolmente la parte della FOX - HOUND nella recita che doveva presentare analogie con Shadow Moses. Olga obbediva invece agli ordini sotto il ricatto esercitato dai Patriots per via del rapimento di suo figlio.
Così, al termine della simulazione, emergono i diversi profili dei personaggi: Solid Snake ed Hal Otacon Emmerich, nonostante il tentativo di controllo dei Patriots, non sono stati pesantemente coinvolti nel piano S3 e ne escono da uomini liberi quali erano. Raiden, invece, è la prova del potere di controllo dei Patriots: nonostante egli in cima alla Federal Hall abbia scoperto la manipolazione effettuata dai Saggi, accetta senza discutere i loro ordini, ed uccide Solidus Snake.
Raiden è però totalmente sconcertato, e, capendo di essere solamente uno strumento dei Patriots, arriva a chiedersi chi sia in realtà. Snake gli si accosta e gli spiega che nella vita tutti possono essere ciò che scelgono. Rincuorato ma ancora piuttosto scosso, Jack si trova innanzi alla sua ragazza Rosemary, ed i due si promettono una nuova vita a iniziare da allora, giorno del loro anniversario di incontro: è infatti oramai il 30 Aprile 2009.
Le scene della trama si concludono con una telefonata di Otacon a Snake: lo scienziato dice all' amico di aver individuato all' interno dell' Arsenal Gear un disco che ha rubato e che presenta i nomi di tutti i membri del Consiglio dei Saggi. Tutti, però, sono oramai morti almeno cento anni prima...
 
TANKER INCIDENT, 2007
Dopo l' incidente di Shadow Moses, alcuni dei sopravvissuti, Solid Snake, il suo amico Otacon Hal Emmerich e Mei Ling, fondano un gruppo segreto chiamato Philantrophy, riconosciuto dall' ONU, che si affida il compito di distruggere qualsiasi Metal Gear esistente. Siamo nel 2007 e i nostri due beniamini, secondo informazioni segretissime, scoprono che un nuovo modello di Metal Gear è in fase di trasporto sul Tanker Discovery della Marina. L' obiettivo della Philantrophy è solo uno: portare al pubblico prove attendibili e insindacabili dell' esistenza di questo nuovo Metal Gear. Solid Snake si infiltrerà sotto coperta, dove il Metal Gear dovrebbe essere tenuto, e lo fotograferà. Dopo di che, invierà le foto ad Otacon e lascerà il Tanker. Siamo a Manhattan, Snake apre i giochi lanciandosi sul Tanker dal George Washington Bridge. Inaspettatamente, Snake si trova ad assistere alla strage dei soldati della Marina di pattuglia e alla presa del controllo della petroliera di quello che sembra essere un esercito russo. Mentre osserva attraverso l' obiettivo zoomato della sua fotocamera, Snake individua quello che sembra essere l leader dei russi e, dopo averlo fotografato, inoltra l' immagine ad Otacon, con il quale si tiene in contatto via Codec. La prima idea di Snake è semplice: scoprire verso dove la nave è diretta. Per farlo, riesce ad infiltrarsi fino al ponte di comando dove scopre che il Discovery si sta dirigendo in mare aperto. Se, quindi, la direzione è così lontana a definitiva, significa che il Metal Gear è pronto per essere utilizzato.BIG SHELL INCIDENT, 2009
Dopo queste scene, l' avventura riprende in data 29 Aprile 2009. L' agente "Snake", in contatto con il Colonnello Roy Campbell, viene inviato nella costa di Manhattan perché si infiltri nell' impianto di depurazione Big Shell, costruito nel luogo esatto dove il Tanker Discovery è affondato due anni prima. Sembra che un gruppo di terroristi chiamato Dead Cell, ex squadra speciale in forza agli Stati Uniti, abbia occupato la Big Shell e tenga con sé degli ostaggi tra cui si cela niente poco di meno che il Presidente USA James Johnson. Se la Dead Cell non riceverà un riscatto di 30 miliardi di dollari, farà saltare in aria la Big Shell. Così, tutte le tossine che la Big Shell si preoccupa di depurare esploderebbero e il disastro ambientale per New York sarebbe a dir poco abissale. Il nostro "Snake" riceve dal Colonnello un nuovo nome in codice: ora è Raiden. Il capo dei terroristi sembra si faccia chiamare Solid Snake, ma non ci sono possibilità che si tratti dell' eroe di Shadow Moses visto che è stato dato per morto nell'incidente del Tanker Discovery. Raiden deve raggiungere due obiettivi: liberare gli ostaggi ed eliminare i terroristi. Mentre Raiden nuota verso la barriera anti - petrolio, si accorge che le reti di sicurezza sono state tagliate e che qualcuno deve essersi introdotto nella Big Shell furtivamente. Il Colonnello informa Raiden che un squadra di SEAL sta tentando un'operazione di salvataggio e gli ordina di non entrare in collaborazione con i soldati, che sono del tutto ignari della sua presenza. Sembra inoltre che la Dead Cell abbia stretto alleanza con i soldati russi del defunto Gurlukovich, ora capitanati da Olga.Dopo aver parlato con lo stesso Fatman e con Pliskin, però, il biondo sembra convincersi del fatto che i suoi superiori, Campbell e Rose, stiano nascondendogli qualcosa. Piuttosto incerto, il ragazzo avanza, imbattendosi in Mr. X, che si rivela essere un agilissimo e misterioso Cyborg Ninja. Questi riferisce a Raiden che i "La-Li-Lu-Le-Lo" gli hanno dato ordine di fornirgli supporto. Raiden scopre così dove è tenuto Richard Ames, responsabile della sicurezza del Presidente, e viene a conoscenza del fatto che i terroristi possiedono delle armi nucleari e che sotto alla Big Shell è tenuto nascosto un nuovo, definitivo, tipo di Metal Gear. Subito dopo, Mr. X si dilegua con disarmante rapidità.
IN CONCLUSIONE
A quanto pare, l' intera scala degli eventi di Sons of Liberty era già stata organizzata e pre - pianificata dai Patriots. Tutto ciò che è accaduto sulla Big Shell era solo il copione di una simulazione che doveva ricostruire in linea di massima gli eventi verificatisi a Shadow Moses. Secondo quanto è stato fatto sapere ad Ocelot, il piano di simulazione S3 è la Simulazione di Solid Snake, cioè una finzione che doveva servire a creare guerrieri abili tanto quanto lo stesso Solid Snake. Come spiegheranno invece gli immaginari Rose e Campbell al Codec, creati come facciata di comunicazione dal sistema d' intelligenza artificiale GW, l' S3 è invece un piano per la manipolazione di tutte le informazioni ed il controllo totale sulla società da parte dei Patriots, capaci di piegare chiunque al loro volere.Per quanto riguarda Ocelot, dobbiamo precisare, per chi non lo sapesse, che la mano destra gli venne amputata dal Cyborg Ninja durante Shadow Moses e questi, per non perdere la sua dote di pistolero, si è impiantato il braccio destro del defunto Liquid Snake. Tuttavia Liquid ha tenuto la vita dentro questo braccio e, non si sa con quale potere, dimostra di avere facoltà di impadronirsi del corpo di Ocelot. Le informazioni arrivate al gruppo Philantrophy e firmate anonimamente con le iniziali "E.E.", che hanno ricondotto Otacon alla sorellastra Emma Emmerich, provenivano in realtà da Liquid Snake che si è così firmato solo per far cadere Snake nel tranello, risultando assolutamente attendibile. Così Snake ed Otacon sono pienamente caduti nella trappola messa a punto dai Patriots che, ritenendo Solid Snake un grave pericolo per le loro intenzioni, hanno deciso di neutralizzarlo facendolo passare come il terrorista responsabile della distruzione del Tanker e del disastro ecologico da esso comportato.
Così, la prima parte del piano era conclusa. Ora i Patriots realizzando la seconda parte del loro progetto, facendo costruire l' impianto Big Shell e sfruttando la copertura che esso serva alla depurazione delle acque inquinate dal petrolio. In realtà, sotto alle fondamenta della Big Shell si nasconde un qualcosa di ben più grande: la fortezza Arsenal Gear, protetta da centinaia di Metal Gear Ray prodotti in serie. La funzione dell' Arsenal Gear era una sola: proteggere il sistema di Intelligenza Artificiale assoluto creato da Emma Emmerich, il GW, che i Patriots progettavano di utilizzare per controllare la società da ogni punto di vista, regolando le informazioni da distribuire ad essa. Solidus Snake porse i primi problemi: questo aveva intenzione di impadronirsi dell' Arsenal Gear per utilizzarlo in maniera tale da distruggere i Patriots. L' ex presidente americano era convinto di poter trovare all' interno del GW tutti i nomi dei membri del Consiglio dei Saggi e questo non era tuttavia previsto, ma venne implementato nel piano come una variabile del progetto S3.
Raiden per i Patriots era niente poco di meno che una cavia: tutto ciò che lui ha affrontato nella missione, la presenza di Rose e del Colonnello Campbell, la disattivazione delle bombe e giù di lì erano state progettate e pianificate in precedenza e facevano parte dell' intricato piano dei Patriots. Ma non solo Raiden ha giocato il ruolo di pedina nella recita: Ocelot, fedele servo dei Patriots, si è ritrovato anch' egli ad ignorare la realtà. Solidus Snake e la Dead Cell recitavano inconsapevolmente la parte della FOX - HOUND nella recita che doveva presentare analogie con Shadow Moses. Olga obbediva invece agli ordini sotto il ricatto esercitato dai Patriots per via del rapimento di suo figlio.
Così, al termine della simulazione, emergono i diversi profili dei personaggi: Solid Snake ed Hal Otacon Emmerich, nonostante il tentativo di controllo dei Patriots, non sono stati pesantemente coinvolti nel piano S3 e ne escono da uomini liberi quali erano. Raiden, invece, è la prova del potere di controllo dei Patriots: nonostante egli in cima alla Federal Hall abbia scoperto la manipolazione effettuata dai Saggi, accetta senza discutere i loro ordini, ed uccide Solidus Snake.
Raiden è però totalmente sconcertato, e, capendo di essere solamente uno strumento dei Patriots, arriva a chiedersi chi sia in realtà. Snake gli si accosta e gli spiega che nella vita tutti possono essere ciò che scelgono. Rincuorato ma ancora piuttosto scosso, Jack si trova innanzi alla sua ragazza Rosemary, ed i due si promettono una nuova vita a iniziare da allora, giorno del loro anniversario di incontro: è infatti oramai il 30 Aprile 2009.
Le scene della trama si concludono con una telefonata di Otacon a Snake: lo scienziato dice all' amico di aver individuato all' interno dell' Arsenal Gear un disco che ha rubato e che presenta i nomi di tutti i membri del Consiglio dei Saggi. Tutti, però, sono oramai morti almeno cento anni prima...