Alternative
 

In Substance, oltre alle Missioni VR, Kojima ci ha presentato anche delle nuove missioni di addestramento, progettate sempre in Realtà Virtuale ma con nuovi obiettivi, prettamente legati al nuovo sistema di gioco introdotto in Metal Gear Solid 2. Le ambientazioni, però, non saranno più realizzate in maniera astratta e le sentinelle con il Cell Shading: nelle Alternative Missions varierete tra il Tanker ed il Plant con nemici in tutto simili a quelli dell' avventura principale. Andiamo ora ad analizzarne le modalità:

BOMB DISPOSAL MODE

- Prevede di prendere confidenza con il sistema di individuazione e blocco degli ordigni inserito in Metal Gear Solid 2.

ELIMINATE ALL MODE

- Bisogna semplicemente eliminare tutti i nemici dell' ambientazione proposta.

HOLD UP MODE

- Prevede di sorprendere tutte le guardie alle spalle costringendole ad alzare le mani. Il tutto senza farsi scoprire, ovviamente.

PHOTOGRAPH MODE

- Nella divertente Photograph Mode si deve fotografare quanto richiesto negli ordini della missione.

I personaggi utilizzabili nelle Alternative Missions sono esattamente gli stessi delle VR Missions.