Trama
Anno 2005. Nel corso di quest'anno, una squadra speciale portante nome di Fox - Hound assale in Alaska l'impianto di smaltimento nucleare di Shadow Moses. Il gruppo terroristico, ora in possesso di pesanti armi atomiche, impone un ultimatum: pretendono che entro 24 ore gli vengano consegnati niente meno che i resti del corpo di Big Boss o lanceranno una testata atomica in un punto mondiale aloro scelta. La Fox - Hound agisce in alleanza con il corpo speciale Next Generation, una squadra di soldati senza alcuna reale esperienza di battaglia ma con una grandissima preparazione ottenuta nell'addestramento in Realtà Virtuale, meglio noto come VR Training. Le autorità Statunitensi si vedono costrette a mobilitarsi immediatamente ed il Segretario alla Difesa Jim Houseman affida al Colonnello Roy Campbell le redini dell'operazione. Il Colonnello a sua volta ritiene di poter contare sull'agente Solid Snake, da oramai sei anni ritiratosi in Alaska dove conduce una vita da eremita, a contatto solo con i suoi cani da slitta. Solid Snake viene prelevato dalla sua casa da soldati armati e condotto su un sottomarino, dove incontra faccia a faccia il suo ex comandante, Roy Campbell. Questi gli spiega solennemente quanto la situazione sia tesa sull'isola di Shadow Moses, ma Snake non sembra disposto ad accettare. Tuttavia il sottomarino si sta già muovendo verso le isole Fox e Snake non può più tirarsi indietro. Costretto ad accettare la missione e per nulla felice del ricatto propostogli dal Colonnello Campbell, che gli ricorda tutti i suoi delitti sul campo di battaglia, Snake si vede fare un'iniezione di nanomacchine dalla dottoressa Naomi Hunter. Intanto il Colonnello spiega a Snake gli obiettivi della sua missione: la Fox - Hound ha con sé in ostaggio il direttore della DARPA Donald Anderson ed il Presidente della ArmsTech, Kenneth Baker. Il compito di Snake è di salvare i due ostaggi VIP e di verificare le reali capacità di lancio da parte dei terroristi. Snake, insospettito dalla presenza di Roy Campbell, che era andato in pensione anni prima, chiede il motivo del suo ritorno in servizio. Questi gli spiegherà che tra gli ostaggi in pugno ai terroristi c'è la sua giovanissima nipote Meryl Silverburgh. Comprendendo i motivi del Colonnello, Snake seguita ad ascoltarlo, mentre questi gli illustra chi sono i componenti della squadra Fox - Hound presenti a Shadow Moses. Tra questi si cela Liquid Snake, semi - omonimo di Solid, che risulta essere il comandante dell'operazione terroristica e dell'intera squadra Fox - Hound e che, dalla foto, appare identico in tutto e per tutto allo stesso Solid. Con lui, risultano presenti sull'isola il temibile pistolero Revolver Ocelot, l'infallibile cecchino donna Sniper Wolf, l'enorme sciamano Vulcan Raven, il maestro del travestimento Decoy Octopus e il sovrannaturale Psycho Mantis, dotato di poteri psichici.
Dopo essere penetrato nella struttura di Shadow Moses, Snake riceve una chiamata Codec dal suo vecchio istruttore, Master Miller. Poi, finalmente, Snake entra in contatto con Donald Anderson. Snake inizia a porre domande al Direttore della DARPA, che gli spiega che i terroristi non solo dispongono di un armamento nucleare, ma anche di una nuova, rivoluzionaria, arma capace di lanciare missili atomici: il carro armato bipede sviluppato segretamente a Shadow Moses conosciuto come Metal Gear REX. Snake vuole subito saperne di più sul sistema REX, capendo che la sua missione ora si amplia anche a disarmare i terroristi. Anderson spiega che lui e Baker conosco una password ciascuno e che solo inserendo i due codici il REX può essere attivato. E'scontato che entrambi siano stati posti sotto interrogatorio, ma Anderson rivela che la sua parola chiave è stata scoperta dai poteri di Psycho Mantis, capace di leggere nel pensiero. Il modo migliore per disarmare i terroristi, spiega ancora Anderson, sembra essere l'inserimento di tre chiavi PAL nel terminale di comando. Le tre chiavi PAL, però, sono in mano a Kenneth Baker. Quando Snake ed Anderson stanno ancora parlando, però, questo crolla a terra senza vita, colto da quello che sembra essere un improvviso infarto. Piuttosto stranito, Snake si imbatte in una ignota donna soldato che fugge subito via attraverso un ascensore. Snake riesce a rintracciare Kenneth Baker, legato ad un pilastro ed attorniato di esplosivi al plastico, ma ad attenderlo trova Revolver Ocelot, che lo sfida a duello. Dopo uno stremante scontro all'ultimo caricatore, compare sulla scena un Cyborg Ninja che, con un fendente netto, mozza la mano destra a Revolver Ocelot. Il pistolero fugge via sanguinante, mentre il Ninja con un altro fendente libera Baker prima di fuggire via. Snake soccorre il Presidente della ArmsTech che, affranto, rivela di aver fatto sapere, posto sotto terribile tortura, il suo codice di lancio ad i terroristi. Snake allora gli chiede di consegnargli le chiavi di blocco d'emergenza, ma Baker afferma di averle date ad una donna soldato che, durante la rivoluzione, ha categoricamente rifiutato di far parte dei terroristi. Baker parla poi a Snake di uno scienziato capace di dirgli il metodo migliore per distruggere il REX nel caso il PAL non dovrebbe funzionare: questi è l'ingegnere capo Hal Emmerich. Inoltre, Baker consegna a Snake un disco ottico, unica copia rimasta dei dati scaturiti dai test del REX. Snake chiede all'uomo anche delle informazioni sul Cyborg che ha mozzato la mano ad Ocelot e questi gli rivela che si tratta di un ex membro della Fox - Hound che è stato sottoposto a degli shockanti esperimenti genetici. Prima che possa accennare qualsiasi altra cosa, Baker si accascia in preda a degli spasmi, morendo all'improvviso per un altro apparente infarto, proprio come Anderson. Snake contatta immediatamente i suoi superiori, ma nemmeno la dottoressa Naomi è capace a spiegare una simile coincidenza.
Sconcertato per la macabra coincidenza, Snake riesce finalmente a mettersi in contatto con la donna soldato che si rivela essere Meryl, la nipote del Colonnello Campbell. I due decidono di aiutarsi l'una l'altro ad avanzare e, mentre Snake arriva al Canyon, si imbatte nel gigantesco Vulcan Raven. Snake riesce ad avere la meglio sullo sciamano e si reca verso il laboratorio del dottor Emmerich. Mentre avanza tra i corridoi della struttura di stoccaggio, Snake si trova nuovamente anche innanzi al Cyborg Ninja che lo sfida in un corpo a corpo.
Snake riesce ad avere la meglio e, stupefatto, si rende conto che il Ninja è niente poco di meno che il suo amico ed ex commilitone Frank Jaeger, conosciuto con il nome in codice di Gray Fox, che divenne suo nemico nella crisi di Zanzibar Land e lì venne sconfitto dallo stesso Solid Snake. Negli anni che separarono Zanzibar Land dall'incidente di Shadow Moses, il corpo di Gray Fox venne preso da uno scienziato che condusse su di esso numerosi esperimenti, potenziandone le qualità e dotandolo poi di una corazza esterna elettronica. Mentre il Ninja si dilegua in preda a tremende urla di dolore, Snake incontra il dottor Emmerich, che si presenta a lui con il soprannome di Otacon. Snake spiega allo scienziato le reali intenzioni dei terroristi e questi, terrorizzato dall'idea di aver creato una macchina di morte, decide di schierarsi subito dalla parte di Snake e Meryl, fornendo supporto via Codec. Snake rintraccia Meryl che gli consegna la chiave di blocco del lancio PAL, ma per lo stupore di Snake l'adolescente ne ha solamente una, mentre al Serpente è stata indicata l'esistenza di tre diverse schede. Il problema è dunque grosso: dove saranno le altre due schede? Colti da mille dubbi, Snake e Meryl avanzano insieme, quando trovano ad attenderli al varco nientemeno che Psycho Mantis.
I due riescono a sconfiggerlo e questi gli spalanca la via per proseguire, ma i due vengono sorpresi, nel buio, dalla tiratrice scelta Sniper Wolf che, fulminea, gli spara addosso. La donna non riesce a colpire Snake ma, in compenso, ferisce gravemente Meryl e la sfrutta come esca per provare ad attirare Snake allo scoperto. Il soldato si vede costretto ad indietreggiare per trovare un fucile di precisione e, quando fa ritorno nel luogo dove Meryl è stata ferita, la ragazza è scomparsa. Dopo un duello tra cecchini, Snake viene preso alle spalle e fatto prigioniero proprio dalla bellissima Sniper Wolf e dalle truppe della Next Generation.
Quando Snake rinviene, è irrimediabilmente bloccato contro un'enorme macchina da tortura che lui definisce "letto girevole". Innanzi a lui trova Liquid Snake, che gli rivela che entrambi sono dei cloni di loro padre, Big Boss. Solid e Liquid sono fratelli. Ocelot lo sottopone ad una straziante tortura sottoponendolo ad un altrettanto straziante ricatto: se cederà al supplizio, Ocelot ucciderà spietatamente Meryl, che è nuovamente ostaggio dei terroristi. Snake stringe i denti e riesce a resistere al supplizio. Sfinito, viene gettato in un cella e lì rinchiuso, dove viene anche contattato dal Colonnello Campbell. Questo gli rivela che il Presidente statunitense George Sears in realtà non è a conoscenza di quanto sta accadendo nell'isola di Shadow Moses e tanto meno sa dello sviluppo del REX. Anzi, egli è in procinto di firmare il trattato internazionale START 3 per il blocco dello sviluppo di armi nucleari. Venuti a conoscenza di questi dettagli, i terroristi sanno di poter piegare il governo Statunitense anche minacciando di rendere di dominio pubblico la notizia dell'esistenza del REX, violando così il trattato START e creando non pochi grattacapi diplomatici alle autorità e in particolar modo al Presidente Sears. Solamente Snake può risolvere la complicatissima situazione, distruggendo il REX. Snake riesce ad evadere dalla cella eludendo la sorveglianza e si lancia a tutta velocità verso l'hangar sotterraneo dove è tenuto il REX. Prima di giungerci, però, si deve imbattere nell'Hind D pilotato da suo fratello. Snake riesce a sconfiggerlo e l'elicottero con a bordo Liquid precipita da un'altezza vertiginosa, tanto che Solid è convinto che il suo biondo gemello sia deceduto nell'impatto. Snake continua il suo progredire verso l'hangar, ma deve trovarsi anche innanzi a Sniper Wolf, che lo attende al nevaio. Nasce un secondo scontro tra tiratori scelti che si conclude con la morte della giovane Curda, mentre scopriamo che Otacon era innamorato pazzo di lei, tanto da piangere disperatamente innanzi al corpo della sua amata.
Mentre continua a scendere in ambientazioni interrate, Snake riceve una chiamata Codec di Master Miller che rivela di stare nutrendo numerosi dubbi su chi sia in realtà la dottoressa Naomi Hunter. Infatti sembra che questa abbia raccontato un mucchio di fandonie facendole passare per il suo passato e Master sospetta addirittura che la giovane dottoressa abbia qualcosa a che fare con la morte del direttore Anderson e del presidente Baker. Il sospetto più grande di Master è che Naomi sia addirittura segretamente in combutta con il Cyborg Ninja, e cioè Gray Fox, oppure direttamente con i terroristi. Il verdetto di Master è esplicito: a suo avviso, Naomi è niente meno che una spia. Snake si trova nuovamente faccia a faccia con Vulcan Raven e, dopo averlo sconfitto, il gigante gli rivela un particolare agghiacciante: l'uomo che ha incontrato e ha riconosciuto come Donald Anderson era in realtà Decoy Octopus, il maestro del travestimento, che doveva avvicinare Snake per sincerarsi del fatto che quest'ultimo sapesse il codice del REX oppure no. Dopo queste shockanti rivelazioni, Snake riceve un'altra chiamata da Master Miller, che dice di aver trovato dei dettagli sulla vera identità di Naomi. Il Colonnello Campbell assiste alla conversazione e, incredulo, non accetta di mettere agli arresti la dottoressa. Sentendolo così parlare, Snake inizia a sospettare realmente che anche il Colonnello stia nascondendo qualcosa e la sua fiducia nei confronti del comandante inizia a calare vorticosamente. Snake arriva nell'hangar del REX e, dopo essere rimasto sbalordito innanzi alla grandezza del carro armato bipede, arriva fino alla sala comandi, dove può origliare una conversazione tra le due massime autorità della Fox - Hound: Liquid Snake ed il torturatore Revolver Ocelot. I due discorrono riguardo le nuove richieste da inoltrare al governo, ed entrambi concordano per il DNA di Big Boss più una cifra pari ad un miliardo di dollari, che servirà a curare le malattie genetiche che si stanno mettendo in evidenza tra i Soldati Genetici della Next Generation. Inoltre i due hanno intenzione di richiedere il vaccino per il virus FoxDie, presunto responsabile della morte di Donald Anderson e di Kenneth Baker. I due continuano a parlare dicendo che l'uomo che gli ha fornito i finanziamenti necessari all'armamento delle loro truppe è Sergei Gurlukovich, un uomo che sogna di comprare il REX e di utilizzarlo poi per far rinascere la Madre Russia dalle sue ceneri.
Otacon contatta Snake e gli rivela un enorme segreto appena venuto alla luce: la chiave PAL che gli ha consegnato Snake è in realtà una lega a memoria di conformazione. Né Snake, né Meryl né lo stesso Otacon sapevano che in quella singola scheda ve ne erano contenute in realtà tre, le tre necessarie alla disattivazione del sistema di lancio. La scheda, esposta a diverse temperature, mostra una forma diversa, per un totale di tre diverse forme. La chiave normale, chiamata GENIUS LOCI, compare a temperatura normale. La seconda forma, chiamata WS UNDINE, compare se la scheda viene esposta a bassa temperatura. La terza forma, ZALAMANDER, compare se la scheda viene esposta ad un'alta temperatura. Snake inserisce la GENIUS LOCI, poi fa ritorno al magazzino dove ha affrontato Raven in maniera tale che la scheda passi alla forma WS UNDINE. Svolto questo procedimento, inserisce la scheda e torna indietro, spingendosi fino alla fornace dove la scheda, esposta all'alta temperatura, assume la forma ZALAMANDER. Mentre Snake compie tutto questo, viene contattato nuovamente da Master Miller, che gli rivela di aver scoperto che Naomi gli ha iniettato il virus FoxDie, una micidiale arma biologica che causa la morte del bersaglio simulandone l'attacco cardiaco. Il Colonnello comunica subito a Snake che Naomi è stata messa agli arresti in quanto scoperta a mandare messaggi in codice all'interno della base. Nonostante ciò, Naomi riesce a mettersi in contatto con Snake, che si dimostra disponibile ad ascoltarla. La ragazza gli rivela che il suo obiettivo era solo uno: vendicare suo fratello, Frank Jaeger, alias Gray Fox, che Snake ha distrutto a Zanzibar. Fox si era infatti preso cura di Naomi dopo la morte dei suoi genitori e per lei divenne la sola famiglia. Dopo la morte di Frank, Naomi giurò vendetta e decise di entrare nella Fox - Hound, convinta che prima o poi sarebbe incappata in Solid Snake. Prima che il Colonnello interrompa bruscamente la comunicazione, Naomi rivela che comunque la decisione di iniettare il FoxDie a Snake non è partita solo dalla sua mente, ma proveniva addirittura da ordini superiori. Snake allora interroga il Colonnello, ma questi si rifiuta di fornirgli qualsiasi spiegazione e gli ricorda i suoi ordini: fermare il REX.
Indignato dalla risposta dell'uomo che considera suo amico, Snake si reca nuovamente alla sala comandi del REX per inserire l'ultima scheda chiave, la ZALAMANDER. Egli rimane però a dir poco allibito quando la voce proveniente dal computer gli comunica che la testata risulta non esser stata disattivata ma attivata. In quello che è il colpo di scena forse più strabiliante, Snake viene contattato da Master Miller, che inizia a parlare con voce canzonante: egli rivela di non essere riuscito ad ottenere il codice dal vero direttore della DARPA, Donald Anderson, che è morto durante l'interrogatorio di Ocelot. Come detto in precedenza, l'uomo che Snake ha incontrato non era il vero Donald Anderson ma solo un sosia, interpretato da Decoy Octopus che è stato però ucciso dal FoxDie trasmessogli dall'ignaro portatore, e cioè Snake. Di conseguenza, i terroristi, non disponendo del codice di Anderson, erano assolutamente impossibilitati a lanciare un attacco atomico ma, anzi, avevano tra le mani un REX pressoché inutile. L'unica opzione di attivazione che restava ai terroristi era quella di utilizzare la chiave PAL, inseribile una sola volta, non per disattivare il missile attivato, come Snake pensava, ma per attivare un lancio disattivato ed altrimenti impossibile. L'effetto sortito dalla laboriosa operazione con le schede da parte di Snake è totalmente contrario a quanto sperato. Il Colonnello Campbell interviene nella comunicazione rivelando che il cadavere del vero Master Miller è appena stato ritrovato nella sua abitazione. Inoltre, Mei Ling annuncia che il segnale della comunicazione da parte di Master proveniva dall'interno della base.
Pochi secondi dopo, quando Snake scopre l'agghiacciante verità, rimane impietrito: per tutto il corso della missione egli non ha parlato con il suo ex mentore ma bensì con suo fratello gemello, Liquid Snake. Vedendoselo innanzi, Snake rincorre Liquid e l'uomo inizia a parlargli, spiegandogli, con un ironico sorriso, che è stato manipolato sin dall'inizio, nonché preso in giro da tutti i suoi superiori, compreso il suo governo che, infatti, aveva solamente intenzione di mettere le mani sul REX. Il virus FoxDie era stato iniettato a Solid per pura volontà della autorità, in maniera tale che eliminasse tutti coloro che, sul campo, erano predisposti al contagio. Con questa eliminazione involontaria e con la copertura del salvataggio dall'armata terroristica, Snake avrebbe portato fuori sano e salvo da Shadow Moses il REX, consegnandolo bell'e pronto agli Stati Uniti. Naomi, incaricata di introdurre il virus nel corpo di Snake insieme alle nanomacchine, effettuò invece una sconosciuta modifica al virus, alterandone in maniera del tutto ignota valori e coordinate. Dopo di che, Liquid annuncia che lui e Solid Snake sono i figli del leggendario Big Boss, come il nostro beniamino già sapeva. Ma non sono figli normali: essi sono stati clonati dal loro padre perché fossero perfette copie viventi di quest'ultimo. Tuttavia sembra che a Solid siano stati dati tutti i geni dominanti, mentre Liquid ha avuto tutti quelli recessivi. Pieno d'odio, Liquid urla di essere lo scarto dei prodotti utilizzati per far nascere il clone perfetto di Big Boss: Solid Snake. All'improvviso, Liquid si chiude all'interno del cockpit del REX, pronto ad attaccare suo fratello. E così fa, mentre Snake tenta disperatamente di difendersi, sotto consiglio di Otacon, con dei missili Stinger. Quando Snake sta per soccombere al nemico, sbuca nuovamente Gray Fox, ossia il Ninja, che salva la vita al suo ex compagno d'armi. Dopo che i due si sono nascosti al fuoco del REX, Fox spiega a Snake di non ritenere di meritare l'amore di Naomi in quanto fu proprio lui ad uccidere i suoi genitori e portò con sé l'allor bambina solo perché non riuscì ad uccidere anche lei. Fox chiede a Snake di riferire questo a sua sorella e, una volta ottenuta la parola del nostro eroe, si lancia, come un pezzo, ad attaccare il Metal Gear REX. Snake gli urla disperatamente di non farlo, ma Fox si lancia nel disperato scontro e riesce a danneggiare seriamente il REX prima di essere prima mutilato e poi spazzato via dal micidiale carro armato bipede. Fox ha sacrificato la sua nuova vita per Snake e per Naomi.
Pieno di rabbia per la morte del suo amico dei tempi di Outer Heaven, Snake imbraccia ancora lo Stinger e distrugge una volta per sempre il Metal Gear REX, che esplode. L'onda d'urto scaraventa Snake contro un muro e gli fa perdere i sensi.

Quando Snake riprende i sensi, è sulla cima del REX, con ancora innanzi suo fratello Liquid. Il fratellone ha ancora di che riferire a Solid, ed inizia ad illustrargli tutto ciò che sa sul progetto dei "Les Enfants Terribles", la clonazione del soldato perfetto: Big Boss. Gli obiettivi del progetto erano diversi: ricreare delle perfette copie del soldato perfetto, Big Boss, e, in secondo luogo, riuscire ad identificare i geni - soldato dello stesso Big Boss in maniera tale da isolarli ed eventualmente impiantarli ad altre truppe non clonate. Questi geni infatti sono poi stati impiantati ad un'intera truppa perché riprendesse le caratteristiche sul campo di Big Boss. Questa truppa prese nome di Soldati Genetici. Snake viene immediatamente contattato dal Colonnello, che gli comunica che degli aerei con missili nucleari perforanti sono appena decollati dalla base aerea di Galena con un solo scopo: distruggere l'impianto di smaltimento nucleare di Shadow Moses. Quando Snake sta per porre a Campbell ulteriori domande, si ritrova a comunicare con il Segretario alla Difesa, Jim Houseman, che gli dice che il bombardamento nucleare cancellerà tutte le prove e le testimonianze di quello che è uno scomodissimo incidente terroristico che potrebbe dare problemi a livello diplomatico. Snake, non senza aver dovutamente dato del bastardo ad Houseman, si ritrova così faccia a faccia con suo fratello Liquid, entrambi proiettati in una prospettiva di morte certa dovuta all'imminente bombardamento. Sulla cima del REX Liquid fa notare a Snake anche il corpo di Meryl accasciato a terra senza alcun segno di vita. Inizia un duello corpo a corpo tra i due gemelli e Solid riesce ad avere la meglio, spingendo Liquid oltre il bordo della cima del REX. Snake scopre che Meryl è viva ed i due tentano insieme una disperata fuga rubando una jeep, quando si ritrovano ancora una volta faccia a faccia con Liquid che, incredibilmente ancora vivo, li insegue armato fino ai denti imprecando contro di loro.
Dopo un terribile scontro tra le due jeep, Liquid protende il fucile contro Snake e Meryl ma, quando questi fa per premere il grilletto, viene colto all'improvviso dal virus FoxDie che lo costringe a terra, finalmente senza vita.

Il Codec di Snake emette nuovamente un segnale di chiamata e, per il suo stupore, a contattarlo è nuovamente Roy Campbell. Questi gli spiega di essere riuscito a bloccare l'attacco aereo e di aver fatto arrestare Jim Houseman informando il Presidente George Sears di quanto accaduto. Inoltre Campbell specificherà che Meryl non verrà assolutamente uccisa dal FoxDie in quanto non geneticamente modificata, mentre sembra che lo stesso portatore, Solid Snake, non ne sortisca gli effetti. Snake, dopo aver parlato con Naomi elogiando suo fratello Gray Fox, fa un'ultima richiesta a Campbell: inviare una squadra di soccorso che porti fuori Otacon dalla struttura di Shadow Moses. Snake e Meryl rintracciano una motoslitta indicatagli da Mei Ling ed a bordo di questa si allontanano, lasciandosi alle spalle l'impianto di smaltimento nucleare.
Nell'ultima parte del finale, assistiamo ad una telefonata dove possiamo riconoscere la voce di Revolver Ocelot, unico sopravvissuto della Fox - Hound, che parla con niente poco di meno che George Sears, Presidente degli Stati Uniti. Viene così rivelata la vera identità del Presidente: egli è niente poco di meno che Solidus Snake, terzo figlio clonato di Big Boss. E'stato lui, con la complicità di Ocelot, ad organizzare il tragico incidente di Shadow Moses, costato la vita a decine di coinvolti.

IN CONCLUSIONE

Non si esita certo a dire che gli elementi chiave dei fatti di Shadow Moses siano l'inganno ed il tradimento, attorno ai quali girano tutte le vicende. La missione portata a compimento dal nostro Solid Snake era in realtà già stata pianificata da Solidus Snake o Presidente George Sears che dir si voglia, che, con l'intenzione di sfuggire ai Patriots, informa Liquid dell'esistenza del REX, ne organizza la distruzione ed ordina ad Ocelot di rubare il disco ottico contenente i dati del carro armato bipede, mentre il FoxDie e Solid Snake sterminano i testimoni.

Andando con ordine, tutto ha inizio quando Solidus Snake mette al corrente Liquid dell'esistenza del REX, sapendo che questi gli avrebbe dato immediatamente l'assalto. Ma, una volta che si è impadronito del REX, Liquid capisce che per attivarlo ha bisogno di due codici, uno in possesso del Direttore della DARPA, Donald Anderson, e l'altro in mano al Presidente della ArmsTech, Kenneth Baker. Liquid e la sua squadra riescono ad ottenere il codice di Baker ma non quello di Anderson, che, posto sotto tortura, muore per mano di Ocelot che si scusa col suo capo definendo la morte del Direttore un "semplice incidente".

Liquid, sapendo della presenza di suo fratello Solid Snake, sospetta che questi conosca in qualche modo il codice e, per verificarlo, gli fa incontrare Decoy Octopus camuffato da Donald Anderson. Snake inconsciamente non incontra così il Direttore della DARPA, ma un membro della Fox - Hound. Tuttavia, questi deluderà le loro aspettative, non essendo per niente a conoscenza del codice di lancio. Snake però non sa di essere il portatore sano del virus FoxDie, che Naomi gli ha iniettato insieme alle nanomacchine poco prima dell'inizio della missione, e così si ritrova a contagiare inconsciamente Decoy Octopus, che si accascia a terra in preda a quel che a Snake sembra un infarto.

Liquid ha solo un'altra alternativa per attivare il lancio: inserire le tre chiavi PAL nel terminale di comando del REX. Le tre chiavi dovrebbero essere in possesso di Baker, che invece le consegna alla nipote del Colonnello Campbell, Meryl Silverburgh. Per evitare di cercare lui stesso le chiavi, Liquid si finge Master Miller, vecchio mentore di Snake, e si tiene in contatto con questo attraverso Codec. Il vero Master Miller, in realtà, è stato ucciso nella sua abitazione in Alaska per ordine di Liquid da almeno tre giorni prima dell'accaduto quì narrato. Fingendosi Master, Liquid riesce astutamente a manipolare suo fratello, che si mette sulle tracce della PAL Key.

Mentre avanza, Solid Snake affronta e sconfigge Revolver Ocelot, vice di Liquid, al quale viene amputata la mano destra per opera di un misterioso Cyborg Ninja che si rivela poi essere Gray Fox, ex compagno d'armi e poi avversario dello stesso Solid Snake. L'agente Solid Snake riesce così ad incontrare il Presidente della ArmsTech, Kenneth Baker, e questi gli consegna un disco ottico contenente tutti i dati riportati nei test del REX. Prima che Baker possa dire qualcos'altro, anch'egli muore vittima di un altro apparente infarto. In realtà, anche Baker era stato designato come bersaglio del virus FoxDie. Snake si fa consegnare da Meryl la PAL Key e sconfigge Psycho Mantis. Pochi minuti dopo, però, viene fatto prigioniero dalla mortale Sniper Wolf. Viene posto sotto tortura da Revolver Ocelot, che ne approfitta per portargli via il disco ottimo consegnatogli da Baker. Snake riesce a fuggire, uccide Sniper Wolf e Vulcan Raven e inserisce le schede chiave nel terminale di comando del REX, scoprendo che questo era disattivato e che è stato proprio lui ad attivarlo, proprio come voleva Liquid. Liquid Snake sale a bordo del REX e fa subito per attaccare Snake, ma in suo soccorso arriva il Ninja Gray Fox che si immola nella battaglia danneggiando seriamente il carro armato bipede. Con questo sacrificio Fox vuole cancellare i crimini commessi in passato, come l'omicidio dei genitori di Naomi, che poi portò con sé come una sorella. Nasce un ulteriore scontro tra Snake e Liquid ed è il primo ad avere la meglio, distruggendo il REX e poi sconfiggendo suo fratello in un corpo a corpo. Quando Snake rincontra Meryl e fa per fuggire, però, si trova ancora con alle costole suo fratello che, un istante prima che possa uccidere entrambi, crolla al suolo, freddato anch'egli dal FoxDie.

Il Colonnello Campbell contatta quindi Snake rivelandogli che è stato costretto a mentirgli ed a tenergli nascoste molte cose perché manipolato da entità superiori che hanno trasferito di proposito sua nipote, Meryl, a Shadow Moses in maniera tale da poter ricattare Roy. Il Segretario alla Difesa da ordine di distruggere Shadow Moses con un attacco aereo e di uccidere tutti i testimoni ma il Presidente Sears, sicuro del fatto che Ocelot abbia con sé il disco ottico, annulla l'attacco salvando la vita ad i pochi superstiti. La notizia della creazione e dell'esistenza del Metal Gear REX si diffonde proprio alla vigilia della firma del patto di disarmo nucleare START 3. L'occasione della crisi presidenziale è ottima per i Patriots, che cacciano Solidus Snake e introducono al potere James Johnson, senz'altro più manipolabile e controllabile.

Solidus Snake, alias George Sears, si dilegua rendendosi irrintracciabile per due anni, con una potente arma in mano: i dati del progetto REX.