Next Generation
 

Le truppe che spalleggiano il gruppo Fox-Hound a Shadow Moses costituiscono la squadra speciale Next Generation, i cui membri sono stati sottoposti alla cosiddetta terapia genetica: dopo aver individuato dei geni soldato, gli scienziati hanno deciso di impiantarli a questi ultimi per affinarne le capacità sul campo di battaglia. Tuttavia, i soldati della Prossima Generazione non hanno alcuna reale esperienza sul campo, essendo stati istruiti esclusivamente tramite simulazioni VR.
Il corpo speciale Next Generation suddivide i suoi membri in diverse categorie:

- Arctic Warfare Troops: abbigliati con un uniforme bianca ed un passamontagna bianco, i soldati di questa squadra pattugliano il Dock, l'Heliport ed il Warehouse. Sono armati di un fucile d'assalto Fa-Mas e di granate a frammentazione. Per ucciderli è necessario sparare due colpi di Socom.

- Light Infantry: abbigliati in uniforme verde con passamontagna nero, pattugliano l'area del Tank Hangar, del Nuke Building B1 e B2. Sono armati di un fucile d'assalto Fa-Mas e di granate a frammentazione. Per ucciderli è necessario sparare tre colpi di Socom. Anche Johnny Sasaki, sorvegliante delle celle, è un membro della fanteria leggera.

- NBC Warfare Troops: abbigliate con un uniforme gialla ed una maschera anti-gas, le sentinelle che fanno parte di questo gruppo pattugliano il Nuke Building e la Blast Furnace. Sono equipaggiati di un fucile d'assalto Fa-Mas, granate a frammentazione ed una maschera anti-gas. Per ucciderli è necessario sparare tre colpi di Socom.

- Heavily Armed Troops: abbigliate con un uniforme verde scuro, armatura antiproiettile e caschetto nero. Pattugliano la Torre A, il Cargo Elevator e la Undergound Base del Metal Gear. Sono equipaggiati di un fucile d'assalto Fa-Mas, delle granate, una giacca antiproiettile ed un casco protettivo. Per ucciderli è necessario sparare quattro colpi di Socom.